Néhány hónap elteltével a mexikói kábítószer-kartell vezetője, Paloma Reynosa bukkan fel, aki egykor meg akarta ölni Gibbs édesapját, ám nem sikerült neki. Az NCIS régi csapata pedig újra összeáll és mindent megtesznek azért, hogy megtalálják és elkapják Paloma-t, akinek ezúttal Gibbs is a célpontjává válik.

Egy rendelésre készült altatógáz jelenik meg a Quantico-i tengeri bázis középiskolájában. A szellőző berendezésen keresztül juttatják be a gázt, így el tudják rabolni a fiatal Rebecca Mason-t, akinek a szülei a haditengerészetnél dolgoznak. Az emberrabló persze váltságdíjat követel, s az NCIS csapat munkáját az is nehezíti, hogy a lány eltökélt nagyapja a saját kezébe akarja venni az ügyet.

Egy Afganisztánban szolgált, veterán tűzszerésznő, Dempsey otthonába betör egy ismeretlen férfi, akit a nő azonnal lelő. Az NCIS csapatának nehéz dolga van a férfi azonosítását illetően, ugyanis nem rendelkezik ujjlenyomattal. Dempsey eközben egy FBI ügynökkel keveredik szorosabb viszonyba, hogy megtudja annak a személynek a nevét, aki meglőtte a testvérét. A nő persze bosszút forral, majd egy bombát erősít az ellenségére.

Egy gyanútlan férfi medencéjében holtan találnak egy, a haditengerészetnél szolgáló tisztet. Az áldozatot pedig minden bizonnyal a haditengerészet hajóján ölték meg. Ám aikor Gibbs és a csapata a hajón akarnak kutakodni, a britek és a CIA is megnehezíti a dolgukat.

Egy kisvárosi rádiónál három férfit meggyilkolnak. A hallgatók lövésekre lesznek figyelmesek, amikor az NCIS csapata a helyszínre érkezik és a hangmérnökön, valamint a műsorvezetőn kívül a meghívott vendéget is holtan találják, aki nem más, mint Walter Daniels, a haditengerészet sajtósa. Az NCIS csapata gyorsan kideríti, hogy Daniels el akart valamit mondani és ezért ölték meg. A szálak pedig egy titkos terrorcsoporthoz vezetnek, akik az Al-Kaida pénzét lopják, és most egy nagyszabású robbantásra készülnek.

Egy tudós nő, aki a Haditengerészetnél dolgozik, nagyon zavartan viselkedik az utcán, majd elüti egy busz. A vegyészmérnök egész testén komoly kémiai képletek és összefüggések szerepelnek, amit még az NCIS csapatának is nehéz megfejtenie. A nő szervezetében később mérget találnak, így minden bizonnyal megölték őt. Az NCIS csapata pedig nagy erőkkel nyomoz, hogy megtalálja a gyilkost.

Woodrow Iverson egykori katonatisztet holtan találja az egyik barátja, Chase admirális, akivel épp találkozója lett volna. A férfi egy befolyásos üzletember magángépén érkezett az országba, egy üzleti csúcstalálkozóra. A felvételekről pedig kiderül, hogy Tony apja is azon a gépen utazott, ezért bevonják a nyomozásba, amelyet természetesen Gibbs vezet.

Egy bankkártyák utáni nyomozás során Gibbs csapata felfed néhány Mosad ügynököt Ziva régi társai közül. Kiderül, hogy Eli David egy csúcstalálkozón készül részt venni az Egyesült Államokban, és közben több bérgyilkos célpontja is ő lesz. Gibbs csapatának így kell megszervezniük a védelmét.

Egy bankkártyák utáni nyomozás során Gibbs csapata felfed néhány Mosad ügynököt Ziva régi társai közül. Kiderül, hogy Eli David egy csúcstalálkozón készül részt venni az Egyesült Államokban, és közben több bérgyilkos célpontja is ő lesz. Gibbs csapatának így kell megszervezniük a védelmét.

Jerry egy gyilkossági ügy koronatanúja, s egy menedékhelyen várja a tárgyalás napját. Az egyik este azonban kap egy DVD-t, amelyen azt látja, hogy az éjszaka valaki behatolt a lakásába és egy kést tartott a nyakához, mintegy fenyegetésként. Ekkor persze úgy dönt, hogy inkább felszívódik. Mivel azonban a fiú tengerészgyalogos, az államügyész bevonja az NCIS csapatát is az ügybe.

Abigail Borin, a Parti Őrség egyik ügynöke holtan talál egy tisztet, akivel nem sokkal korábban még beszélt egy hajó fedélzetén. Mivel Gibbs és a csapat korábban már sikerrel dolgozott együtt Borin ügynökkel, őket bízzák meg azzal, hogy egy közös nyomozás keretében derítsék fel az ügyet.

A katonatiszti főiskola toborzóján megölnek egy tisztet, ezért az NCIS segítségét kérik az eset felderítéséhez. A csapat hamarosan tudomást szerez a katona homoszexuális beállítottságáról, amit lehetséges indítékként kezelnek. Ziva távollétében Tony és McGee együtt kezdenek nyomozni, de hamarosan váratlan segítséget kapnak Dr. Walter Magnus-tól, aki Doki elődje volt az NCIS-ben. Rövidesen aztán visszatér Ziva is, a akinek hiányát Tony nehezen viselte - legalábbis McGee szerint.

Egy katonát halálra vernek a saját kertjében. Az NCIS csapat feladata pedig a gyilkos személyének felderítésén kívül, a halott kusza családi kapcsolataira is fényt deríteni. Ráadásul több furcsaság is történik a házuk táján: McGee guminőt kap postán, Tony-t és Ziva-t pedig civakodó párocskának nézik egy biliárdklubban.

A csapat ezúttal egy haditengerészeti parancsnok halálát vizsgálja, akit ráadásul a saját hajója fedélzetén gyilkoltak meg. Az ügyet pedig még az is nehezíti, hogy eközben zajlik a csapattagok éves pszichológiai felmérése is, amely konfliktusokkal jár. Sőt, még Vance is bizonytalan a saját jövőjét illetően.

Amikor a hadügyminisztérium vendégeként Washingtonban tartózkodó külföldi miniszter ellen merényletet kísérelnek meg, természetes, hogy az NCIS veszi át a nyomozást. Ráadásul rájuk bízzák a miniszter Washingtonban tanuló lányának védelmét is, aki meglepetésre, hamar közel kerül McGee-hez.

A csapat egy feltehetően ámokfutó gyilkos után nyomoz, miután egy meggyilkolt matróz több megcsonkított ujját, és kitépett fogait találják meg egy zsebtolvaj által ellopott tárcában. Rövidesen kiderül, hogy jó nyomon járnak, amikor is az egyik épp kihallgatott tanút megpróbálják megölni. Úgy tűnik, hogy az ügy egy számítógépes programot fejlesztő céggel áll összefüggésben, amely McGee-t nagy lelkesedéssel tölti el.

Egy fiatal pár, brutálisan leszúrt férfit talál egy autó alatt. Mint kiderül, az áldozat visszaélt a beosztásával, és tippeket adott bűnözőknek arról, hogy hogyan rabolhatnak ki bűnüldöző szervek által lefoglalt raktárakat. A nyomok egy értékes holmikkal teli raktárhoz vezetnek, amely egy csalás miatt elítélt nő tulajdonában volt. Gibbs felkeresi a nőt a börtönben, Tony és Ziva pedig megfigyelés alá vonják a raktárat. Közben új különleges ügynök érkezik az irodába, aki hamar felkelti Tony érdeklődését, és úgy tűnik, a vonzalom kölcsönös.

Gibbs megkérdőjelezi Vance indítékait, amikor is az igazgató különös dolgot rendel el. Arra utasítja ugyanis a csapatot, hogy vegyenek át egy ügyet a rendőrségtől, és kérdezzenek ki egy kamaszt, akit apa-gyilkossággal gyanúsítanak.

Két kiránduló fiatal egy katonatiszt holttestére bukkan az erdőben. A helyszín közelében később Tony megtalálja az áldozat vérrel írt üzenetét. Kiderül, hogy az üzenet a Védelmi Hírszerző Ügynökség egy kéziratára utal, amely titkos katonai információkat tartalmaz.

Gibbs tiltakozása ellenére Barrett ügynök veszi át a nyomozást egy fóliába burkolt, meggyilkolt tengerész ügyében, mivel az a "Kikötői Vándor" nevű sorozatgyilkos műve, aki után Barrett már régóta nyomoz. Közben az irodában is felpörögnek az események. Ziva ugyanis bemutatja a barátját a csapatnak, ráadásul úgy tűnik, hogy Tony is a "Kikötői Vándor" célpontja lett, mert figyelmeztetésül emberi szemet csempésznek az italába.

Amikor a Pentagon biztonsági kamerája rögzíti egy katona meggyilkolását, és a felvételen jól látható a gyilkos, Gibbs csapatának első látásra nincs más dolga, mint a tettes kézre kerítése. Hamarosan kiderül azonban, hogy a felvétellel nincs minden rendben. Közben Gibbs megtudja, hogy Barrett ügynök saját csapatot kap a "Kikötői Vándor" néven ismert sorozatgyilkos felkutatására.

A "Kikötői Vándor" most ismét lecsap, ráadásul a következő áldozata Danny Price, aki évekkel ezelőtt Tony társa volt a Baltimore-i rendőrségnél. A nyomozás kapcsán Tony visszaemlékezik a Danny-vel eltöltött időkre, Baltimore-i munkájára, és az első találkozására Gibbs-szel.

A Kikötői Vándor újonnan kiszemelt áldozata nem más, mint Ziva. A tettes úgy próbálja őt Ray lakására csalni, hogy egy telefonüzenetet hagy neki. Az NCIS csapata pedig csak azután ér a helyszínre, hogy Ziva-t már elrabolta. A csapatot azonban meglepetés fogadja, amikor is megjelenik a Kikötői Vándor és fel akarja adni magát. Ám Gibbs és a többiek hamar rájönnek, hogy ez része az őrült tervének, és egyáltalán nincsenek biztonságban.