De leden van het NCIS-team worden het doelwit van Paloma Reynosa wanneer zij wraak wil nemen op Gibbs.

Het NCIS-team moet een jong meisje vinden dat ontvoerd is, maar hun onderzoek verandert als haar opa er teveel bij betrokken raakt.

Het NCIS-team moet samenwerken met de FBI als ze erachter komen dat een vrouwelijke bomexpert betrokken is bij een moord.

Het team is betrokken bij een internationaal incident als ze de moord onderzoeken op een Amerikaanse onderofficier wiens lichaam is gevonden aan boord van een Brits schip.

Het team onderzoekt de dood van een radio-dj en een marineofficier, die beiden vermoord werden tijdens een live radio-uitzending. Het werk wordt echter bemoeilijkt door de ontdekking van verschillende verdachten.

Abby raakt té gefixeerd bij het oplossen van de moord op een marinewetenschapper en de rest van het team maakt zich zorgen om haar. Ondertussen brengt Tony’s nieuwe liefde problemen met zich mee.

Het team is verrast wanneer Gibbs aan Tony’s vader vraagt om mee te helpen aan een moordonderzoek.

Het team moet Ziva’s vader beschermen als hij aanwezig is op een NCIS-conferentie, waardoor Ziva met haar verleden wordt geconfronteerd als er zich een paar verrassingen voordoen.

Na een hinderlaag verandert de manier van onderzoek en het NCIS-team moet razendsnel antwoorden vinden. Eén teamlid blikt terug op hun allereerste NCIS-opdracht.

Wanneer een onderofficier van de marine plotseling vermist wordt terwijl hij moest getuigen in een moordproces, krijgt het NCIS-team hulp van de adjunct-officier van justitie om de ontbrekende getuige te vinden.

Het NCIS-team werkt samen met de kustwacht als ze de moord op een marinier tijdens een dinercruise moeten onderzoeken.

Wanneer het bezoek aan een beurs resulteert in de moord op een onderofficier, probeert het NCIS-team de dader te vinden door samen te werken met Ducky’s voorganger.

Wanneer een marine-commandant doodgeschoten op een marineschip wordt aangetroffen, start het team een onderzoek.

Wanneer een marinier sterft om een moordaanslag op een premier te voorkomen, wordt het NCIS-team op de zaak gezet om de dochter van de premier te beschermen die in de Verenigde Staten studeert.

Het NCIS-team moet een meedogenloze moordenaar zien op te sporen, nadat zij lichaamsdelen van een vermoorde marinier in een gestolen portemonnee vinden.

Het NCIS-team vindt een voormalige onderzoeksassistent die gewelddadig is doodgestoken. Het team komt erachter dat zij tips verkocht over het beroven van een warenhuis. Ondertussen wordt er een nieuwe agent aangenomen.

Gibbs vraagt Vance naar zijn motieven, wanneer hij een tiener ondervraagt die verdacht wordt voor de moord op zijn gepensioneerde vader.

Het NCIS-team ziet een verband tussen het bloed dat gevonden is bij een vermoorde marinier en een geschrift dat belangrijke geheime militaire informatie bevat.

Tot groot ongenoegen van Gibbs, leidt agent Barrett het onderzoek naar de dood op een zeeman. De rest van het team is bang dat Gibbs hierdoor weer het NCIS-team zal verlaten. Ondertussen stelt Ziva haar nieuwe vriend voor aan het team.

Wanneer een beveiligingscamera vastlegt dat een onderofficier een moord pleegt, moet het NCIS-team deze man opsporen. Ondertussen onthult Gibbs dat agent Barrett en haar team de Port-to-Port moordzaak overnemen.

Tony's ex-partner Danny Price wordt vermoord gevonden en blijkt een slachtoffer van de Port-to-Port seriemoordenaar. Tony gaat terug in de tijd toen hij detective in Baltimore was, waarbij ook zijn eerste ontmoeting met Gibbs ter sprake komt.

Het NCIS-team moet alle mogelijkheden nagaan als het laatste slachtoffer van de Port-to-Port moordenaar iemand blijkt te zijn met persoonlijke banden met het team.

Als eindelijk de identiteit van de Port-to-Port moordenaar bekend is, komt het hele NCIS-team in groot gevaar.