Terwijl het verleden nog steeds onopgelost is, moet het NCIS-team zich weer concentreren op een nieuwe zaak en moet het op zoek gaan naar een vervanger voor Ziva. Tijdens die zoektocht komen ze tot een schokkende ontdekking.

Het NCIS-team ontdekt dat de bizarre dood van een marinier en zijn twee vrienden mogelijk gelinkt is aan hun verleden. Het is echter Gibbs die geconfronteerd wordt met gebeurtenissen uit zijn eigen verleden.

Een blogger die het NCIS-team beschuldigde een zaak in de doofpot te hebben gestopt, wordt dood aangetroffen. Hij is vermoord en om de dader te vinden moet het team de gesloten zaak heropenen.

Aan de andere kant van de wereld wordt het dode lichaam van een marinier gevonden. Het NCIS-team wordt op de zaak gezet en Ziva moet noodgedwongen een afgesloten hoofdstuk uit haar leven heropenen.

Een marinier die bekend stond om zijn flauwe grappen, wordt vermoord tijdens Halloween. Het NCIS-team onderzoekt de zaak en ontdekt dat de grappen van het slachtoffer mogelijk geleid hebben tot een dodelijke wraakactie. Ondertussen krijgt Ziva een nieuwe rol binnen het team.

Een van Gibbs boten wordt teruggevonden met twee vermoorde soldaten aan boord. Om een mogelijke internationale confrontatie te voorkomen, moet Gibbs noodgedwongen de betrokkenheid van zijn mentor Mike Franks onderzoeken.

Het gezin van Vance loopt gevaar, wanneer een vijand uit zijn verleden opduikt. Het team helpt hem zijn innerlijke demonen te bestrijden.

Het team moet inventief te werk gaan wanneer een poging tot diefstal leidt tot de dood van een luitenant en de hele stad donker wordt door een stroomstoring. McGee en Ziva komen hierdoor vast te zitten in een lift.

Een vermoorde marinier bleek werkzaam te zijn in een brainstormgroep van de regering. Dit leidt Gibbs en het team naar een twaalfjarig wonderkind, dat mogelijk het volgende doelwit is van de moordenaar.

De zoon van een voormalig kolonel die priester is geworden, wordt dood aangetroffen. Het NCIS-team denkt dat het om een haatmoord gaat. Ondertussen krijgt Gibbs vakantiebezoek van zijn vader.

Als een marinepiloot op een vreemde manier dood wordt aangetroffen, krijgt het NCIS-team te maken met een eigenaardige advocaat. Hij is rechtdoorzee, maar houdt er ook een dubbele agenda op na.

Gibbs maakt zich zorgen om Tony's werkzaamheden als blijkt dat Tony's vader betrokken is bij hun huidige zaak: Een mislukte moordaanslag op een buitenlandse prins.

Op de terugvlucht vanuit Parijs realiseren Tony en Ziva zich dat hun opdracht om een overheidsgetuige te beschermen in een duistere zaak in groot gevaar is. Op dezelfde vlucht blijkt namelijk een moordenaar te zitten.

Het NCIS-team bevindt zich in een race tegen de klok. Een terroristische groepering wil een bom laten ontploffen en het team moet ze daarvan weerhouden.

Wanneer een van de chauffeurs van een schimmig vervoersbedrijf dood aangetroffen wordt, moet het team samenwerken met de FBI.

Gibbs is gedwongen om zijn pijnlijke verleden naar boven te halen als zijn ex-schoonmoeder getuige blijkt te zijn in een moordonderzoek.

Het team stuit op een verrassende ontdekking als ze onderzoek doen naar een schietpartij van een marinier.

Het NCIS-team wordt gedwongen samen te werken met de Coast Guard Investigative Service. Ze moeten een moord op een marinier oplossen.

Het team vindt een link tussen de dood van een marinier en een callgirl. Ze roepen de hulp in van Holly Snow om de dader te vinden.

Wanneer er een moord wordt gepleegd tijdens de nachtdienst van een NCIS-lid moet het team uitzoeken wat er werkelijk gebeurd is.

Het NCIS-team moet op zoek naar een seriemoordenaar en hun onderzoek leidt ze naar een verrassende openbaring. Ondertussen reist McGee met Abby naar het zuiden waar Abby een toespraak moet houden.

Het NCIS-team doet een verrassende ontdekking terwijl ze de schokkende moord op een collega onderzoeken.

Gibbs wordt weer eens geconfronteerd met zijn verleden als hij naar Mexico gaat. Hij wordt daar gedwongen om een belangrijke beslissing te nemen met grote gevolgen.