Tony-t és McGee-t nagyon megviseli Ziva hiánya, és azt is furcsának találják, hogy a lány már két hónapja nem hívja őket. Gibbs-től azonban megtudják, hogy Ziva egy hajón utazott az új küldetése helyszínére, amely elsüllyedt, és túlélőről nincs értesülés. Tony persze bosszút akar állni, ezért Gibbs és Leon segítségével elindul a Szaharába Salim Ulman után, akinek a hajó elleni támadást tulajdonítják.

Egy lakásban, három rituálisan kivégzett áldozat holttestére bukkan egy sztriptíztáncosnő, s az ügyet az NCIS kapja meg. A nyomozás során egy baltimore-i rendőrhöz vezetnek a szálak, ám később őt is holtan találják. Ziva eközben vissza akar térni az egységhez, ám Leon azt kéri, hogy végezzen el egy pszichológiai felmérést. Így végre tisztázza minden csapattaggal a konfliktusait.

Egy blogger folyamatosan támadja az NCIS-t, mert úgy véli, hogy egy gyilkossági esetet eltussoltak, majd balesetként tüntették fel. A férfit később holtan találják, miközben az eljáró rendőrkapitány nem bízik meg a csapatban, ezért nem osztja meg velük a bizonyítékokat. Tony-nak és McGee-nek így be kell törniük a rendőrségi telepre, ám ekkor rajtakapják őket. Ziva eközben még mindig nem mehet terepre, ezért az irodából próbál segíteni.

Egy halott tengerészgyalogos csontvázát találják meg halászok, nem messze attól a helytől, ahol a Demokhlesz elsüllyedt, amely Ziva utolsó Moszados küldetésével volt összefüggésben. A lány azonban nem segíthet az NCIS-nek, mert akkor hazaárulást követne el, de Gibbs és Leon a megmaradt bizonyítékok segítségével, fényt derítenek az ügyre.

Halloween estéjén egy, a csínytevéseiről ismert tengerészgyalogost holtan találnak az autójában. Az első pillantásra öngyilkosságnak tűnő esetről csakhamar kiderül, hogy gyilkosság, és több gyanúsított is akad. Tony a feleségre gyanakszik, aki már több katona-férjet is eltemetett, míg a csapat kideríti, hogy az áldozat bajtársai nem nézték jó szemmel a tréfákat. Ziva pedig eközben igyekszik napirendre térni a fölött, hogy most már az NCIS ügynöke, és nem a Moszadé.

Egy katonai cirkáló egy vitorlásra bukkan a nyílt vízen, amelyen két holttest található. Az NCIS-t riasztják az esethez, majd Leon gyorsan rájön, hogy Gibbs egyik hajójáról van szó, amelyet még a keresztlányának adott, és Mike Franks-nél hagyott Mexikóban. Gibbs és Leon persze mindent megtesznek azért, hogy igazolják, Mike önvédelemből lőtte le a két férfit.

Leon Vance személyesen látogat el egy gyilkossági helyszínre, amelyen az egész csapat nagyon meglepődik. Később azonban kiderül, hogy felismerte a módszert, mellyel az orvost meggyilkolták. Kait, a koreai kormány által kiképzett bérgyilkost ugyanis egy korábbi akcióban meglőtte. A csapat közben rájön, hogy Kai azokon akar bosszút állni, akik érzéketlen gyilkoló-gépekké tették. McGee pedig megismerkedik egy lánnyal.

A csapat ezúttal szó szerint a sötétben tapogatózik, amikor egy internetszolgáltató központja elleni támadás során egész Washingtonban elmegy az áram. A központban később egy hadnagy holttestére bukkannak, aki maga is részt vett a szabotázs akcióban. Áram nélkül azonban egyetlen elektronikus berendezés sem működik, ezért az NCIS csapatnak régimódi módszerekhez kell folyamodniuk, hogy az ügy végére járjanak.

Egy kukoricaföld kellős közepén két kisfiú, játék közben egy tengerészgyalogos holttestét találja meg. Az őrvezetőt egy póznához kötözték, a fejére egy zsákot húztak, a jobb kezét pedig levágták. Az NCIS csapata rájön, hogy a férfi kezét ahhoz használták, hogy egy szigorúan őrzött kormányépítménybe bejussanak az ujjlenyomatával, ahol különleges képességű fiatalok képzésével foglalkoznak.

Egy tengerészgyalogost egy imaszőnyegen kuporogva, a fején egy tompa tárggyal ütött sebbel, halálra fagyva találják meg kirándulók. Majd hamarosan kiderül, hogy a férfi nemrég tért át az iszlám hitre. Több gyanúsított is szóba jöhet, hiszen a felesége csalta a tengerészgyalogost, az édesapja pedig nem nézte jó szemmel, hogy más hitre tért át. Eközben Gibbs édesapja látogatóba érkezik karácsonyra.

Az erdőben két erdész egy holttestet talál. Rövidesen kiderül, hogy a férfi a haditengerészet pilótája volt, aki szabadidejében különböző cégeknél vállalt tesztpilóta feladatokat. A holttest körül pedig egy háti-rakéta darabjait találják meg, ám a két rivális cég számára is ismeretlen alkatrészekre nincs magyarázat. Gibbs ekkor úgy dönt, hogy McGee vezesse a nyomozást.

Tony és Ziva különleges megbízást kapnak. Egy sikkasztási ügy szemtanúját kell épségben az Egyesült Államokba kísérniük. Rövidesen kiderül azonban, hogy a repülőgépen velük együtt utazik a tanút követő gyilkos is.

Ziva és Tony egy gyanúsítottat kísérnek be az NCIS központba, de mivel a férfi nem akar beszállni a liftbe, Ziva erőszakkal lép fel ellene. A férfi azonban meghal, Gibbs pedig nem tudja, hogy vajon Ziva ölte-e meg. Az NCIS igazgatóját később elrabolja a halott férfi bátyja, aki az öccsére és a lefoglalt nagy értékű drogra akarja kicserélni a túszát.

Egy teherszállító-vállalat egyik sofőrjét meggyilkolják. A társa pedig, mivel egy korábbi tengerészgyalogos, Gibbs segítségét kéri az ügyben. Az NCIS azonban ezúttal kénytelen az FBI közreműködésével nyomozni, amely korántsem alakul zökkenőmentesen.

Gibbs ügynök és csapata ezúttal egy ezredes meggyilkolásának ügyében kezd el nyomozni. A dolog érdekessége pedig az, hogy a halott férfi özvegye Gibbs anyósa. Valami azonban nem stimmel a vallomásával, és ez mindenki számára nyilvánvalóvá válik.

Az NCIS csapata egy igen különös esettel áll szemben. Egy meggyilkolt tengerészről kiderül, hogy azonos azzal a férfival, aki a hivatalos nyilvántartás szerint évekkel ezelőtt egy afganisztáni bevetést követően eltűnt. A jelek szerint a férfi új személyazonossággal új életet kezdett. Az NCIS-re vár a feladat, hogy kiderítse, kinek állhatott érdekében a férfit ismét "eltüntetni".

A tengerparton egy több napja halott búvár holttestére találnak. Gibbs ügynök és a csapata pedig azonnal nyomozásba kezd a parti-őrség segítségével. A parti-őrség eközben egy másik gyilkosság ügyében is nyomoz, s minden bizonnyal összefüggés lehet a két halott között. Kiderül, hogy a kincsek után kutató búvárokat egy gazdag orvos támogatja, akit már hetek óta nem láttak a munkatársai, miközben ráadásul az orvos felesége megpróbálja az NCIS-t félrevezetni.

A rendőrség a haditengerészetnek dolgozó riporter holttestére bukkan. A riporter nem sokkal halála előtt egy Holly Snow-nak dolgozó prostituálttal készített interjút. Holly megegyezik Gibbs-szel, hogy segít megtalálni a prostituáltat, és a nyomozásban mindenben a segítségére lesz.

Gyilkosság történik az NCIS poligráf-specialistájának éjszakai műszakja alatt. Majd kiderül, hogy a nő párhuzamosan máshol is alkalmazásban áll. Így hát, Gibbs-nek és a csapatának kell kiderítenie, hogy mi is történhetett.

Jeffrey Hutton százados eszméletlen állapotban hajt bele egy kórház előtt parkoló autóba, s mire az orvosok odaérnek hozzá, már az életét veszti. Az NCIS csapat kapja a feladatot, hogy kiderítsék, vajon mi is történhetett. Tony rájön, hogy a férfi testvére, Dana Hutton, aki a CNN riportere, már pár napja eltűnt, miközben a legjobb barátja és mentora néhány napja az életét vesztette.

Egy roncstelep tulajdonosa és annak unokája, egy autó összepréselése során azt veszik észre, hogy vér szivárog a kocsiból. Az NCIS-hez kerül az eset, mert egy levágott lábú tengerészt találnak a csomagtartóban. Abby-t eközben nélkülözniük kell, mert meghívják Mexikóba, hogy tartson az ottani kollégáknak előadást a halott ügyekről.

Az NCIS csapatát valósággal sokkolja a hír, hogy az egyik munkatársuk gyilkosság áldozatává vált. Ám a nyomozást mindenképpen nekik kell lefolytatniuk. Gibbs ekkor meglepő összefüggést talál a bűntény körülményeivel kapcsolatosan.

Gibbs Mexikóban ismét rákényszerül, hogy szembenézzen a múltjával. Nagy horderejű döntés előtt áll.