Ривкин умира от раните си в болница, а апартаментът на Зива е разрушен от експлозия и екипът заминава за Израел, призовани по настояване на Илай Давид, влиятелният директор на Мосад.

След като пробив в сигурността води до смъртта на агент, Гибс и екипът са принудени да работят с ФБР, за да открият убиеца, докато Тони най-сетне се изправя лице в лице с Майкъл Ривкин и се опитва да го арестува.

С появата на агента на Мосад Майкъл Ривкин, Тони е принуден да постави под съмнение лоялността на Зива, докато специален агент Калън влиза под прикритие, за да разкрие терористична клетка.

Гибс и Макгий летят за Лос Анджелис, за да работят по специален проект - разгадаването на убийство на морски офицер и евентуалното разкриване дали то има нещо общо с членовете на спяща терористична клетка.

Учен на правителството изчезва и Аби е призована от ръководителя на проекта да поеме работата му, но екипът се опасява, че те може да бъде сполетяна от същата участ като тази на нейния предшественик.

Когато потайният агент на ЦРУ Трент Корт моли за услуга, Гибс приема да се срещне с него в изоставен склад, но при пристигането си заварва агента с двама мъртви мъже, за които той твърди, че са се застреляли взаимно преди идването му.

Сред вещите на сина на флотски командир е намерен револвер и нещата се усложняват още повече, когато Аби открива по оръжието следи от човешки мозък, разкриващи, че то е било използвано за множество убийства.

Гибс задълбава в миналото на Ванс, след като директорът използва екипа за разследване на убийството на свой приятел. Междувременно става ясно, че Тони е бил в застой с жените след раздялата си с Жана Беноа.

Убит е агент Джак Патерсън, с когото Аби е трябвало да се срещне. С помощта на картина, която той ѝ е изпратил, и визитка на служител на Националната агенция за сигурност, екипът открива в пустинята жена, която може би разполага с някои отговори.

Лейтенант от флота е открит мъртъв в голям куфар в луксозен хотел, но той е бил свидетел в разследване по времето, когато Тони е ръководел екипа преди няколко години, и затова Гибс му прехвърля разследването.

Младежи откриват в дома му мъртъв пехотинец, като при разследването става ясно, че той е имал бандитско минало.

Екипът разследва убийството на морски капитан и разбират за възможни изменнически действия, които той е извършил и може би са довели до смъртта му. През това време Макгий среща жена на име Клеър в интернет, но се оказва, че всъщност това е Динозо.

По време на разследване на смъртта на моряк, цивилна жена напада Дъки и го намушква в ръката със същото оръжие, използвано при убийството, докато Гибс и екипът се ровят в миналото на моряка в търсене на улики.

По време на разследването на убийството на пехотинец, чийто скелет е бил намерен, Макгий се отправя към женския затвор с надеждата да се сдобие с писмено признание, но избухва бунт и затворниците завземат контрола над сградата.

Отпечатъците на предполагаемия покойник Нед Куин са намерени на местопрестъплението на двойно убийство. Куин твърди, че е невинен и че е бил в гаража, където е работел за жертвите по времето, когато са били убити.

Екипът разследва смъртта на старши офицер, загинал в автомобилна катастрофа, но агентите подозират убийство. Те смятат, че смъртта е свързана с боен клуб, но жертвата се оказва убита от мъж, който е изнудван от друг престъпник.

Агент Лий се превръща в неволен участник в предотвратяването на кражба на план за защита, като екипът я използва за стръв, за да заловят нейния съучастник - Тед Банкстън, който твърди, че член на неговото семейство е държан като заложник.

Гибс изпраща Динозо и Зива със задача да проникнат в строго секретна военна база, като им казва, че изпробват защитата на съоръжението, но след опит за влизане екипът попада на шокиращо откритие.

Екипът разследва смъртоносен банков обир, а един от новобранците в отдела по измами, специален агент Дуейн Уилсън, им помага.

Гибс и екипът издирват кибер сериен убиец, който прави видеозаписи на жертвите си.

Екипът е повикан за разследването на случай на мъж, който е намушкан до смърт в гаража си, и Тони и Гибс разпитват бивш пехотинец на име Кейл, чиито отпечатъци са намерени на местопрестъплението, но става ясно, че той е под защитата на ФБР.

Екипът разследва случай на опит за убийство на старши офицер, който е в критично състояние в болницата, а Тони, Макгий и Аби научават, че мъжът е от родния град на Гибс.

Открит е трупът на жена-лейтенант, простреляна в тила, а подозренията падат върху виден американски сенатор, който е служил в пехотата с Гибс.

На борда на самолетоносач "Сийхоук" Тони открива, че военноморски лейтенант се е самоубил, като е скочил във водата, а когато Макгий и Зива отиват да уведомят съпругата му, я заварват пребита до смърт.

Новият екип поема случай на убийство на старши офицер и Гибс научава, че Зива е ранена в бомбен атентат, свързан със случая, а Леон е бил замесен в задачата ѝ под прикритие.