גיבס והצוות החדש שלו חוקרים מקרה של קצין שנרצח, בעוד גיבס מגלה שזיוה נפצעה בפיצוץ שקשור למקרה החקירה. בנוסף הוא מגלה שליאון היה מעורב בחקירה שלה.

בעודו מוצב על נושאת המטוסים "סי-הוק", טוני מגלה שאחד מקציני הצי התאבד על ידי קפיצה מהספינה, כשהוא מותיר אחריו את המדים שלו על הסיפון.

כששני רוכבי אופניים מוצאים גופה בנהר, הצוות פותח בחקירה ומגלה כי הקורבן הוא קצין בכיר שניהל רומן עם הסנטור פטריק קיילי, ששירת בעבר בחיל הנחתים לצד גיבס.

הצוות חוקר מקרה של קצין שנרצח ומגלה כי הוא מגיע במקור מעיירת הילדות של גיבס. כל תושבי העיירה מאמינים כי הקורבן כבר היה מת לפני כן.

זיוה מתוסכלת כשהיא לא מצליחה להשיג כרטיס טיסה לישראל. הצוות נקרא לחקור את המקרה של אדם שנדקר למוות במוסך שלו.

בשבוע של ליל כל הקדושים, חברי הצוות נקראים לחקור מקרה של רוצח סדרתי המעלה לרשת קטעי וידאו של הפשעים שהוא מבצע.

גיבס והצוות חוקרים שוד בנק בקוואנטיקו. המאבטח של הבנק נורה ונהרג במהלך השוד, אבל השלל היה בסך הכל 27 אלף דולר וגם הוא נשרף כליל ברכב המילוט.

גיבס שולח את דינוזו ואת זיוה לנסות ולפרוץ למתקן צבאי סודי, בטענה כי זהו מבחן לבדיקת המיגון והאבטחה של המתקן.

The team is forced to rely on information from questionable sources while trying to stop a criminal bent on stealing government secrets.

הצוות חוקר את מותו של קצין שנהרג בתאונת דרכים, אבל חברי הצוות חושדים שמשהו לא תקין במקרה הזה, כיוון שהקצין שנהרג היה מקושר למועדון קרב מסתורי.

טביעות האצבעות של קצין צצות לפתע בזירת פשע של התאבדות כפולה. הקצין החשוד טוען כי הוא חף מפשע ומספק אליבי משלו.

בעודו חוקר רצח של קצין נחתים שרק שלדו נמצא, מק'גי מגיע לכלא נשים, בנסיון לשוחח עם אסירה שביצעה שני פשעים דומים בעבר, ולבדוק אם היא אשמה בפשע.

במהלך חקירת מותו של מלח, דאקי מותקף בידי צופה מהצד, באותו כלי נשק ששימש לביצוע הפשע המקורי.

הצוות חוקר את מקרה רציחתו של קצין בכיר בחיל הנחתים, ומגלה מעשי בוגדנות שהקצין ביצע בעברו - מה שעשוי היה להוביל לרציחתו.

בעוד חברי הצוות חוקרים את מותו של קצין במארינס, הם מוצאים את תעודת המארין של גיבס בזירת הפשע.

חייל מארינס שנכלא בעוון מעילה עקב מקרה שדינוזי עבד עליו שלוש שנים קודם לכן משוחרר ממאסרו, והקצין שהעיד נגדו בעבר - נרצח.

כאשר סוכן האן-סי-איי-אס ג'ק פטרסון נהרג בתאונת פגע וברח, אביי חשה אחראית על כך היות והיא היתה אמורה להיפגש איתו.

גיבס חוקר על עברו של ואנס לאחר שהוא מגלה כי המנהל לקח אנשים מחברי הצוות שלו כדי לחקור רצח של חבר ילדות.

אקדח נמצא בין חפצי בנו בן ה-12 של קצין בחיל הנחתים. גיבס והצוות נקראים לחקור מאיפה הגיע הנשק.

כאשר סוכן הסי-איי-איי טרנט קורט מתקשר לבקש טובה, גיבס מסכים לפגוש אותו במחסן נטוש. בהגיעו למקום, גיבס מוצא את הסוכן עם שני גברים מתים - כשהסוכן טוען שהם ירו אחד בשני.

כאשר מדען ממשלתי נעדר, אבבי נקראת בידי ראש הפרוייקט להמשיך את פעילותו, אך חברי הצוות חוששים שמצפה לה גורל דומה.

בפרק מיוחד המצטלב עם סדרת הספין-אוף "אן-סי-איי-אס: לוס אנג'לס", שני הצוותים נפגשים בלוס אנג'לס במטרה לפענח רצח של חייל מארינס, כאשר הרוצחים שייכים, כנראה, לתא טרור רדום.

עם הגעתו של סוכן המוסד מיכאל ריבקין, טוני נאלץ לחקור את נאמנותה של זיוה ל-אן-סי-איי-אס. בינתיים בלוס אנג'לס, הסוכן המיוחד קיילן עובד במסווה בנסיון ללכוד את חברי תא הטרור הרדום.

הסוכן ריבקין מת מפצעיו בבית החולים חרף נסיונותיה של זיוה לעזור לו, בעוד דירתה של זיוה נהרסת בהתפוצצות. חברי הצוות נוסעים לישראל בהזמנתו של ראש המוסד, אלי דוד.