Als een knappe agente vermoord wordt aangetroffen, ontdekt Gibbs het mysterieuze verband tussen het uit elkaar vallen van zijn team en de moordzaak.

Het NCIS-team onderzoekt de zelfmoord van een luiternant op zee, aan boord van een vliegdekschip. DiNozzo ontdekt dat de zelfmoord wellicht te maken heeft met een veel dodelijker plan.

Senator Patrick Kiley zoekt hulp bij Gibbs om de moord op een jonge marinier op te lossen. Tijdens het onderzoek wordt het NCIS-team in de richting van politiek Washington geleid.

Geheimen uit Gibbs verleden worden onthuld als het NCIS-team naar zijn geboorteplaats afreist tijdens het onderzoek naar een moord.

Gibbs en zijn team onderzoeken de brute moord op een marinier. Ze worden hierbij echter weer eens tegengewerkt door FBI-agent Fornell.

Tijdens Halloween wordt het NCIS-team ingezet op een moordzaak. De psychotische moordenaar laat op het internet aanwijzingen achter over zijn volgende slachtoffer.

Tijdens het onderzoek naar een bankoverval introduceert Vance een nieuwe onervaren assistent. Gibbs heeft vervolgens zijn handen vol aan zowel de zaak als zijn nieuwe medewerker.

Het NCIS-team krijgt te maken met een oorlogsspel. Hierbij komt een schokkend geheim boven water en zijn de gevolgen voor een van de teamleden behoorlijk serieus.

Na een verrassende onthulling moet het NCIS-team zien te voorkomen dat staatsgeheimen in de verkeerde handen vallen. Hiervoor maken ze gebruik van bronnen die op hun beurt ook de nodige vraagtekens oproepen.

Het NCIS-team onderzoekt de dood van een hulpofficier, die tijdens een auto-ongeluk om het leven is gekomen. Ze ontdekken dat hij er een gewelddadig geheim leven op nahield, als illegale straatvechter.

In de week van kerstmis draait het NCIS-team overuren tijdens de zoektocht naar een hoofdverdachte. Hij zou namelijk al zeventien jaar dood zijn, maar hij lijkt plots uit de dood herrezen.

Het NCIS-team krijgt te maken met de moord op een gevangenisbewaarder. Dit leidt tot een opstand in de gevangenis en McGee wordt vastgehouden door de gevangenen.

Een zeeman wordt vermoord aangetroffen en Ducky onderzoekt de plaats delict. Plotseling wordt hij aangevallen door een gestoorde vrouw met een mes die hem in zijn hand snijdt. De vrouw beweert dat Ducky haar broer heeft gemarteld en vermoord tijdens de oorlog in Afghanistan, begin jaren 80. Uit woede probeert ze wraak op hem te nemen.

Het NCIS-team onderzoekt een bizarre moord op een kapitein van de marine. Als ze verder graven stuiten ze op zijn verdachte privéleven dat mogelijk de reden is van zijn dood.

Het onderzoek naar de dood van een marinier leidt het NCIS-team naar een stadsbende. Op het plaats delict wordt Gibbs opnieuw geconfronteerd met zijn verleden als hij daar een boodschap aantreft.

Een van Tony's oude zaken wordt heropend. Ze onderzoeken de zaak opnieuw, wat uitloopt op een tijdelijke functiewisseling tussen Tony en Gibbs.

Een collega-agent wordt op mysterieuze wijze om het leven gebracht. Het NCIS-team moet de woestijn in om een vrouw te vinden die mogelijk weet wie de dader is van deze moord.

Een bokser vindt de dood en Vance doet een beroep op het NCIS-team om de zaak te onderzoeken. Gibbs duikt ondertussen in het verleden van de bokser op zoek naar aanwijzingen.

Een kind vindt een wapen waarmee iemand is vermoord. Zijn hele familie wordt onderzocht, omdat het NCIS-team moet achterhalen wie als laatste het wapen heeft gebruikt en wie ermee vermoord is.

Gibbs moet zijn persoonlijke gevoelens aan de kant zetten als hij moet samenwerken met Trent Kort. Trent is weer terug bij NCIS om een gevaarlijke crimineel op te sporen.

Abby gaat aan de slag voor een zeer geheime missie van de overheid, omdat hun wetenschapper vermist is. Ze komt er echter snel achter dat niet alles is zoals het lijkt, wat de rest van het team bezorgd maakt over Abby's veiligheid.

In Los Angeles werken Gibbs and McGee nog steeds samen met de lokale NCIS-divisie om een terroristische beweging op te sporen. Agent Callen gaat undercover, terwijl een psycholoog de waarheid achterhaalt over de relatie tussen Gibbs en Macy.

Een ICE-agent wordt vermoord en het NCIS-team moet noodgedwongen samenwerken met de FBI en de ICE om de zaak op te lossen. Ondertussen komt Tony oog in oog te staan met Rivkin.

Na Tony's confrontatie met Rivkin vliegt het NCIS-team naar Israël. Ze worden echter niet welkom ontvangen door Ziva's vader, de leider van de Mossad. Als de situatie nog gecompliceerder wordt, komt Gibbs voor een lastige keuze te staan.