史提夫瓦葛士官五月末仍未歸營(這已是四個月前的事)，住在海軍造船廠的他，下班未如期回房報到，今日發現屍處異處。姬瓦與死者密友竟同處一個爆炸案中。吉布斯率領新的NCIS三人小組：藍格探員、李探員、基汀探員，新助理處長里昂凡斯對NCIS小組的調派計畫原來是…。

狄諾佐來電告訴吉布斯，航空母艦海鷹號上有個海軍上尉跳海，目前下落不明，姬瓦和麥基前往上尉妻子琳蒂伊凡斯的住處，準備告訴她這個不幸的消息，意外發現妻子已經死亡多日…。

凱莉麥拉藍少校，女性，35歲，陳屍於岩溪公園湖畔，擔任海軍法務辦公室的國會聯絡官，背部疑似遭槍擊，令人好奇的是，死亡地點應另有別處，吉布斯查案得來全不費工夫，線索一一掌握，原來…。 艾碧的杯子蛋糕遭竊，她想要以科學鑑識辦案。

伊森拉柯姆下士在酒吧後門疑遭重毆致死，吉布斯說：「這不是酒吧幹架，是伏擊。」東尼發現伊森下士遺物「戒指」刻有斯提沃特中學的字樣，那裡是吉布斯的出生地，他們是同鄉。這次吉布斯得回家鄉查案。吉布斯的父親與他年少模樣以及初戀情懷首度曝光。

麗茲艾德勒，28歲女性，意外發現鄰居羅伯布爾上等兵，遭綑綁謀殺，屋內沒有物品失竊，也沒有強行侵入痕跡，法醫達奇研判死亡時間應約四到六小時，幾乎是「放血」至死，綑綁死者的繩子沾有罕見的黴菌，黴菌將是破案的關鍵線索？ 姬瓦要前往以色列。

浴室蓮蓬頭流出的是「血水」?追查水源是地下水匯進的小水塔，吉布斯一探究竟，不出所料，水塔裡的男屍已死亡多時，達奇對死因語帶保留，但死者口中含有一個小鐵罐，內裝有紙條，上面寫著的是：一個網址！

雷維托里歐，銀行警衛，在搶案發生前走進廁所，一出門隨即被歹徒一槍斃命，時間快到來不及做任何防衛，是誰敢在海陸基地、調查局學院的地區「匡提科」為非作歹？

快遞箱內有冷凍屍體？送貨單沒有送件人資料，NCIS小組要如何破解這「水手箱屍案」？還是這一切都是安排好的「犯罪現場」？吉布斯為何要故弄玄虛？抓內奸能否成功？

李探員的身分即將曝光?NCIS裡有內奸？間諜的幕後操盤手到底是誰?吉布斯要如何引蛇出洞？麥基和吉布斯犯下了叛國罪還是另有目的？「骨牌」裡有國家最高機密，真假「骨牌」將落入誰手中？

東尼熱衷「比拼網」的網路遊戲，自拍爭取最佳沉思相，麥基正也參加鬼臉競賽，姬瓦和他們兩人談天說笑之際，吉布斯接獲一名上士死在樹林裡的消息，年約26歲的葛瑞柯林斯被鈍器重擊，皮屑有玻璃割傷傷口，似乎有簡單包紮的跡象，到底是誰將他致死的？

市警局重案組「坎普警探」大駕光臨NCIS小組，因一樁雙屍命案登門拜訪吉布斯，狄諾佐和坎普的妻子曾有過一段情，偏偏冤家路窄，得要共事此案。坎普警探在現場採到指紋為「奈德昆恩」所有，但已死了17年的士官怎會犯案？當年開死亡證明的人就是－達奇。

劇組拍攝驚悚片，意外發現犯罪現場！吉布斯說：「大夥出發，這是死了八百年的水手。」NCIS小組全面出擊偵查尼爾波勒托上尉命案，上尉雙手中指都被鋸斷，吉布斯似乎掌握犯罪者名單，即刻派麥基前往馬里蘭女子監獄，當天，發生案外案，一名獄警遭刺傷亡，麥基成為人質？

林凱文士官與前未婚妻雪若剛解除婚約，雪若撞見林凱文與新歡親密吻別，燃起心中妒火，將士官殺害。NCIS小組將創下最快破案記錄？犯罪現場卻引發新的殺機，一名圍著綠色圍巾的女子，突然拿起兇刀，朝著達奇猛刺。

海軍上校失蹤！女兒蕾貝嘉與她的前任未婚夫有涉案嗎？詹寧斯上校開車途中發現有不明物體在車底，下車查看…即遭不測…，如今卻發現陳屍在荒郊木屋內，確定不是自殺，這開膛剖肚的手法絕對是一樁謀殺案。

軍火販在與男子交易槍枝，朝屋頂隨意試槍射擊，竟從屋頂掉落一名海陸士兵屍體，艾米利歐撒拉薩這名士兵遭人雙腳銬住，犯罪現場疑點重重，牆上用血寫的可疑號碼，竟是吉布斯的軍籍號碼？

狄諾佐犯下殺人案？是誰假冒東尼入住飯店棄屍？死者是賈斯汀葛瑞迪上尉，在國防部作郵務工作，雷尼葛蘭特自動投案，他是東尼三年前逮捕的的一個嫌犯，而當年葛瑞迪就是指證葛蘭特挪用公款的證人，這之中到底有何關聯？

華盛頓號的隨艦探員遭槍擊，陳屍於街道上，死者傑克派特森探員手中握有一張名片，寫了一支手機號碼，這名片能有什麼破案線索嗎？艾碧親自趕到案發現場，因為，派特森和艾碧是證物鑑識工作往來、合作多年的夥伴，他正是要去找艾碧而在途中被殺。

年近五十的非裔男性，泰勒凱斯歐文斯被棄屍密西根湖。里昂凡斯處長涉入此案？因與死者有不同交情，里昂涉入調查。凡斯、姬瓦和麥基在芝加哥辦案，能找出更多其他線索嗎？

海軍基地民宅裡發現一把可疑槍枝，從一個名叫諾亞的小孩房裡發現，槍口有剛射擊過的痕跡，並有腦漿殘留，NCIS小組全面展開調查！諾亞、崔維斯、贊恩這三個小孩到底是從何處取得槍枝？槍口下的被害者有多少？

NCIS小組的追緝名單中，黑幫老大「強納森瑟拉佛」將現身？寇特在槍擊命案現場「報案」？曾給吉布斯一份凡斯處長個人檔案的他，與此案件有何關聯？寇特提供瑟拉佛犯案的證據給NCIS小組，可是這個犯罪首腦另有他人？

一名海陸被謀殺，成X形綑綁於大樓天台，幕後凶手是挑釁、是作記號、還是逼供被害人？吉布斯帶著麥基前往洛杉磯，與洛城專案室合作，這個專攻臥底和跟監的科技辦案中心。洛城分局主事探員「梅希」與吉布斯交情匪淺。姬瓦與電話裡的神秘男子有何關聯？

NCIS小組持續兵分兩路辦案，吉布斯仍留在洛城與梅希共同偵辦此案。麥基驚嘆洛城專案室的頂尖科技。狄諾佐對姬瓦的行為舉止感到懷疑，開始追查「麥可瑞夫金」，他的身份到底是？洛城小組埋伏跟監，以高科技追查嫌犯，臥底性命難保？

姬瓦和麥可瑞夫金隱瞞著什麼不可告人的秘密！狄諾佐暗中偵查。調查局、中情局等最高機密中心部長牌局，一樁意外命案即將引爆！四個情報單位的高峰會，怎會遭人暗殺？為何NSIC缺席？探員茱兒為何要把竊聽器證據踩爛？一連串的謎團開始牽引…。

在瑞夫金的事件後，NCIS團隊飛往以色列與摩薩德進行會談，他們完全不受到姬瓦的父親，摩薩德負責人的歡迎。吉布斯不得不做出一個艱難的選擇，因為情況變得更加複雜。