Podoficer marynarki wojennej zostaje zamordowany. Gibbs dokonuje szokującego odkrycia w związku ze sprawą. Zabójstwo jest w jakiś sposób powiązane z decyzją dyrektora Vance'a, dotyczącą rozwiązania zespołu Gibbsa.

Stacjonując na lotniskowcu, DiNozzo dowiaduje się, że samobójstwo pewnego porucznika marynarki wojennej może być powiązane ze śmiertelną intrygą, w którą został zamieszany.

Młoda komandor porucznik zostaje znaleziona martwa. Kobieta została zastrzelona. Podejrzenia padają na znanego senatora z USA. Okazuje się, że owy senator służył razem z Gibbsem w piechocie morskiej.

Oficer marynarki Kelvin Taylor ginie w wyniku eksplozji w pobliżu baru. Towarzyszący mu kapral Ethan LaCombe trafia do szpitala z poważnymi obrażeniami. Jethro, Ziva i McGee ustalają, że to właśnie LaCombe był celem zamachowca. Śledztwo prowadzi agentów do Stillwater, rodzinnego miasta Gibbsa.

Poszukiwania mordercy oficera piechoty morskiej sprawiają, że Gibbs popada w konflikt ze swoim dawnym znajomym, agentem Fornellem.

Gibbs i jego zespół zajmują się sprawą seryjnego mordercy, który nagrywa swoje ofiary na wideo. Zespół odkrywa, że taśmy nie są prawdziwe.

Podczas napadu na bank w Quantico jeden z ochroniarzy został zamordowany. Agenci rozpoczynają śledztwo w tej sprawie. Kierując się wskazówkami, których dostarczyła podobna sprawa sprzed pół roku, dochodzą do wniosku, że w napad zamieszany był syn ofiary. Tymczasem do ekipy dołącza nowy rekrut, agent Dwayne Wilson. Gibbs ma ocenić jego umiejętności.

Na światło dzienne wychodzą pewne szokujące informacje, po tym jak zespół zostaje wciągnięty w śmiertelnie niebezpieczną grę z nieobliczalnym sprawcą w roli głównej.

W następstwie zadziwiającego odkrycia, zespół NCIS musi zaufać mało wiarygodnym źródłom by chronić tajne rządowe akta.

Mat marynarki wojennej ginie w wypadku samochodowym. Zespół podejrzewa, że śmierć mężczyzny została ukartowana. Śledztwo prowadzi ich do świata podziemnych walk.

Zbliżają się święta Bożego Narodzenia. Agent Gibbs i zespół NCIS zmuszeni są do wytężonej pracy. Ich śledztwo komplikuje się, gdy wychodzi na jaw, że główny podejrzany nie żyje.

Zespół stara się odkryć prawdę na temat śmierci więziennego strażnika. Kiedy agenci prowadzą śledztwo w areszcie dla kobiet, dochodzi tam do zamieszek. Jeden z ich zostaje uwięziony, a McGee staje się zakładnikiem.

Zespół odkrywa ciemne sekrety z przeszłości doktora Ducky'ego. A może nie jest on tym, za kogo się podaje? Wszystko się zmienia, gdy doktor zostaje ugodzony nożem na miejscu pewnej zbrodni.

Zespół usiłuje rozwiązać zagadkę morderstwa pewnego sierżanta. Sprawca wykazał się niespotykaną finezją, bowiem dokonał mordu w bardzo nietypowy sposób. Agenci analizują życie osobiste zamordowanego. Podejrzewają, że właśnie w tej sferze jego życia tkwi klucz do rozwiązania zagadki.

Gibbs musi zmierzyć się z traumatycznymi wspomnieniami z przeszłości podczas prowadzenia śledztwa w sprawie bestialskiego zabójstwa żołnierza z piechoty morskiej.

Zamordowano świadka, którego zeznania doprowadziły przed laty do skazania przestępcy. Gibbs i DiNozzo zamieniają się rolami podczas śledztwa w tej sprawie, gdyż trop prowadzi do jednego z dochodzeń Tony'ego sprzed trzech lat.

Umiera jeden z agentów NCIS. Śledztwo doprowadza Gibbsa i DiNozzo na pustynię, gdzie próbują oni wytropić kobietę, która może pomóc w rozwiązaniu kryminalnej zagadki.

Gibbs i DiNozzo wracają z Arizony. Okazuje się, że Ziva i McGee pojechali do Chicago, by prowadzić śledztwo w sprawie morderstwa boksera, który - jak twierdzi dyrektor NCIS - był żołnierzem marynarki. Dochodzenie zmusza Gibbsa do zbadania faktów z przeszłości Vance'a.

Agent CIA Trent Kort kontaktuje się z Gibbsem i prosi go o pewną przysługę. Jethro zgadza się się z nim spotkać w opuszczonym magazynie i omówić sprawę. Na miejscu oprócz Trenta znajduje zwłoki dwóch osób. Agent wywiadu zapewnia go, że ofiary zastrzeliły siebie nawzajem i były martwe, gdy przyjechał. Angażuje Gibbsa w śledztwo dotyczące jednego z najbardziej poszukiwanych przestępców przez NCIS - Jonathana Siravo.

Abby zostaje zaangażowana przez armię do pomocy w tajnych badaniach. Gibbs jest zmuszony prowadzić dochodzenie w sprawie morderstwa bez swojego specjalisty. Zespół agentów ustala, że Abby zastąpiła zaginionego naukowca Philipa Hellera. Okazuje się też, że projekt nad którym pracuje jest powiązany ze sprawą morderstwa prowadzoną przez NCIS.

Agenci Gibbs i McGee lecą do Los Angeles, by pomóc w śledztwie dotyczącym morderstwa żołnierza. Okazuje się, że sprawa jest powiązana z zagrożeniem terrorystycznym. W tym czasie Tony i Ziva prowadzą dochodzenie w Waszyngtonie.

Gibbs i McGee nadal przebywają w Los Angeles, gdzie rozpracowują komórkę terrorystyczną. W związku z pojawieniem się agenta Mossadu Michaela Rivkina, Tony jest zmuszony zakwestionować lojalność Zivy wobec NCIS.

Tajne spotkanie przedstawicieli władzy kończy się morderstwem agenta z Departamentu Bezpieczeństwa Narodowego. Gibbs i jego zespół rozpoczynają śledztwo. Muszą nawiązać współpracę z FBI, by znaleźć mordercę. Tropy prowadzą do poznanego wcześniej wroga. Tymczasem Tony konfrontuje się z agentem Mossadu Michaelem Rivkinem.

Po konfrontacji Dinozza z Michaelem Rivkinem Gibbs udaje się do Izraela. Ojciec Zivy okazuje się tajemniczym i władczym szefem Mossadu. Gdy napięcie sięga zenitu, Gibbs jest zmuszony do podjęcia strategicznych decyzji.