Ezúttal ismét egy tengerészaltisztet találnak holtan, és a nyomozást az NCIS veszi kézbe. Gibbs előtt azonban nincsenek titkok, így hamarosan felfigyel a különös összefüggésre, a gyilkossági ügy és a csapata között.

Az NCIS csapata ezúttal egy tengerészhadnagy öngyilkosságával kapcsolatban folytat nyomozást. A vizsgálatot a helyszínen, egy repülőgép hordozó fedélzetén kezdik, és mindnyájuk számára igen gyanússá válik az ügy. DiNozzo pedig egyenesen úgy véli, hogy az öngyilkosság egy nagyobb volumenű, sokkal halálosabb terv része lehet.

Az amerikai haditengerészet egyik korvettkapitányát holtan találják egy parkban. Az első vizsgálatok során kiderül, hogy a Pentagonban dolgozó 35 éves nőt minden bizonnyal más helyszínen lőtték hátba, körülbelül 24 órával ezelőtt. Nem sokkal később Kiley szenátor keresi fel Gibbs-t, hogy elmondja, viszonya volt az áldozattal.

Egy bár mögött brutálisan megvernek két tengerészt, s az egyikük a helyszínen belehal a sérüléseibe, a másik pedig súlyosan megsérül, de szerencsésen túléli az esetet. Kiderül, hogy az a tengerész, aki túlélte a támadást, Gibbs szülővárosából, Stillwaterből származik. Így hamarosan a városkába utazik Gibbs, Ziva és McGee, ahol találkoznak Gibbs régi ellenségeivel és az apjával is.

Egy tengerésztisztre a szomszédja talál rá, s a katonát minden bizonnyal megkínozták. A nyomok az áldozat egykori feletteséhez vezetnek, akinek a házához érkezvén, Tony és Gibbs szembesülnek Fornell ügynökkel, ugyanis az egykori tengerészt, aki három hete vonult nyugdíjba, az FBI védőőrizet alá helyezte. A katonának egy drogbáró ellen kell tanúvallomást tennie, ám mindez nem történhet meg, ha gyilkossággal vádolja az NCIS.

Egy tengerészeti bázison élő házaspár zuhanyrózsájából vér folyik, amikor is kiderül, hogy a bázis egyik elosztó tartályába egy holttestet helyezett el valaki. Az áldozat szájában egy weblap címét találják meg, amely egy videóra irányít át, melyen a szerencsétlenül járt halála van. Az NCIS megkezdi a nyomozást, majd rövidesen eljutnak a második hullához is. Gibbs-nek és a csapatának pedig minél hamarabb ki kell derítenie, hogy ki lehet a sorozatgyilkos.

Amikor bankrablás történik egy tengerészeti bázison, az elkövetők megölnek egy őrt, majd elmenekülnek a lopott pénzzel. Mivel az eset Quanticóban történt, Gibbs és a csapata kezdi meg a nyomozást, ám sietniük kell, mert az FBI át akarja venni az ügyet. Később megtalálják a bankrablók kocsiját a lopott pénzzel együtt, amelyből úgy tűnik, hogy talán nem is a bank pénzét akarták ellopni.

Gibbs és a csapata azt a feladatot kapja az NCIS igazgatójától, hogy próbáljanak meg betörni egy szigorúan ellenőrzött tengerészeti létesítménybe. Tony és Ziva hajtják végre a dolgot, ám lebuknak. Mivel ez egy teszt volt, így különösebb következménye nincs a dolognak, de később kiderül, hogy ők csak csalik voltak ahhoz, hogy kiderítsék, ki a "tégla" az NCIS-ben.

Folytatódik a nyomozás arról, hogy ki akarja ellopni a "Domino" nevű programot. Lee ügynök lányának eddigi rejtekhelyét végre megtalálták, de ő már nincs ott, csak az egyik emberrabló holtteste. Gibbs persze mindent bevet, hogy kiderítse, ki az áruló, így képbe kerül egy volt NSA alkalmazott, akinek a feleségét rabolták el ugyanazok, akik Lee lányát is elrabolták.

Egy csapat bulizó fiatalt megzavar egy haldokló férfi, aki segítséget akar tőlük kérni, mert autóbalesetet szenvedett, ám erre már nincs ideje, mert a tábortűz mellett az életét veszti. Doki a test vizsgálata során rájön, hogy Collins altiszt, verekedésbe keveredett, s a szörnyű sérülései legtöbbjét nem a balesetben szerezte. Később pedig minden jel arra utal, hogy a katona gazdag férfiakat zsarolt.

Karácsony előestéje van, ám az NCIS csapata ilyenkor is dolgozik. A gyilkosságiak kérik ugyanis a segítségüket, amikor egy betöréses rablásnál egy idős házaspár az életét veszti. Az ujjlenyomatok szerint Ned Quinn vietnámi veterán altiszt követte el a bűntényt, aki azonban már csaknem 15 éve halott.

Egy horrorfilmet forgató stáb éppen az erdőben készíti az egyik jelenetet, amikor a főszereplő lány beleesik egy gödörbe, egy csontváz mellé. Doki később a vizsgálat közben megállapítja, hogy az áldozat ujjpercei hiányoznak. Ebből Gibbs ráismer a tettesre, aki éppen a büntetését tölti egy fegyházban. A kihallgatására McGee-t küldi el, ám börtönlázadás tör ki, és az ügynököt túszul ejtik.

Egy helyszínelés során Dr. Mallardot megtámadja egy asszony, és egy késsel átszúrja a kezét. A csapat kideríti, hogy a háború alatt Doki egy táborban szolgált orvosként, ahol embereket kínoztak. A nő pedig úgy véli, hogy a bátyját Doki ölte meg, ezért az afgán követség háborús bűnök elkövetéséért akarja bíróság elé állítani.

Egy katonát holtan találnak egy erdei házban. Doki a helyszínelés során megállapítja, hogy a férfit megmérgezték, majd szabályosan kibelezték, ami feltehetően rituális gyilkosságra utal. A nyomozás közben kiderül, hogy a férfi munkahelyéről eltűnt egy titkos fejlesztésű program. Az NCIS csapat feladata pedig az, hogy kibogozza az összefüggéstelen történéseket.

Egy fegyverkereskedő és annak ügyfele egy elhagyatott raktárban próbálják ki a géppisztolyokat. Amikor azonban az egyikük szétlövi a tetőablakot, azon keresztül egy tengerészgyalogos holtteste zuhan le. Az NCIS csapata azonnal a helyszínre megy, és a nyomok rögzítése során megtalálják Gibbs katonai azonosítószámát, vérrel a földre írva. Ezúttal pedig Mike Franks segítségére is szükségük van a nyomozás során.

Egy férfi, akit egykor Tony ítéltetett el sikkasztásért, a szabadulása után mindent megtesz azért, hogy bizonyítsa ártatlanságát. Arra is képes, hogy Tonynak adja ki magát, hogy egy tanú hajlandó legyen vele találkozni. A tanút azonban pár órával később holtan találják. Szerencsére Tonynak remek alibije van, így az 58-as szabály értelmében ő vezeti le az ügyben a nyomozást.

Leon Vance, az NCIS igazgatója személyesen nyomoz egy ügyben, Gibbs legnagyobb megdöbbenésére. Egy régi cimboráját ugyanis, akivel együtt bokszolt, holtan találják, egy tóból kerül elő a holtteste. A férfi azt sejti, hogy egy régi riválisa a gyilkos, ezért annak feleségét, Tara-t az NCIS védőőrizetére, azaz Tony-ra bízza.

Noah és a barátai találnak egy holttestet az erdőben. A mellette lévő pisztolyt magukkal hozzák, amelyet később Noah édesanyja talál meg és azonnal riasztja az NCIS-t. Abby hamarosan kideríti, hogy a fegyverrel az elmúlt hónapokban több bűncselekményt is elkövettek, ráadásul az áldozatot is azonosítaniuk kell.

Egy régi ismerős bukkan fel ismét, Trent Kort ügynök a CIA-tól. Gibbs-et egy bűntett helyszínére hívja, ahol két holttest várja őket, és egy füles szerint a híres maffiózó is felbukkanhat. Ám a férfi helyett a könyvelője érkezik, aki a védelemért cserébe felajánlja a segítségét. Ziva és Tony kapják meg ezt a feladatot.

Egy fiatal pár a babahívójukon keresztül véletlenül egy segélyhívást fogad. A nyomozók később egy guggoló pózba merevedett hullát találnak a környéken és amikor kiderül, hogy az áldozat egy tengerész, riasztják Gibbs-t és a csapatát. A nyomozás menetét azonban megnehezíti, hogy az FBI egy titkos projekthez "kölcsönveszi" Abbyt. A labor vezetését így McGee veszi át.

Gibbs csapatát Chandler őrvezető kifeszített holttestéhez riasztják. Később pedig kiderül, hogy a férfit az NCIS Los Angelesi irodája már régebb óta körözte. McGee és Gibbs így odautaznak, hogy segítsék a nyomozást. Tony-ra pedig egyedül marad az iroda, mert Ziva-nak a magánügyeit kell intéznie. Abby eközben nagyon aggódik a két ügynök életéért.

Kiderül, hogy Michael, akivel Ziva titokban találkozgatott, a Moszad ügynöke és ugyanabban az ügyben nyomoz, amelyben a Los Angelesi NCIS iroda is. Tony persze mindent megtesz, hogy Zivát jobb belátásra bírja, aki makacsul védi a barátját, ám a lány ezúttal nem túl készséges.

Négy ügynökség vezetőinek szerveznek hírszerző csúcstalálkozót, amelyen az NCIS ezúttal nem vesz részt, pedig az ilyen eseményeket mindig ők biztosítják. Egy merénylő hamarosan átjut a biztonsági rendszeren és egy poloskát is találnak a helyszínen. Tony eközben továbbra is nyomoz Michael után, így Zivával komoly feszültség alakul ki közöttük.

Rivkin, Moszad ügynök halála után Ziva apja, a Moszad egyik befolyásos és titokzatos vezetője Izraelbe hívja a csapatot, hogy tisztázzák közös ügyeiket. A találkozó azonban korántsem megy zökkenőmentesen. A feszültség egyre nő, végül Gibbs-nek olyan döntést kell hoznia, amely az egész NCIS-t megdöbbenti.