Ezúttal Gibbs számára is világossá válik, hogy Shepard igazgatónő Tony-t használta fel egy személyes jellegű probléma megoldására. Kiderül ugyanis, hogy az igazgatónő által keresett La Grenouille, DiNozzo barátnőjének, Jeanne-nek az apja. Az NCIS csapat tagjai a társukért aggódnak, miközben Tony a célszemély társaságában tartózkodik, Jeanne-vel együtt. Hamarosan pedig az igazgatónő speciális jelet kap tőle, miszerint feltehetően felfedték a kilétét, majd műholdképen követhetik nyomon, ahogyan felrobban DiNozzo autója.

Dinozzo-nak fogalma sincs, hogy mit tegyen. Hiányzik neki Jeanne, hiszen valóban szereti a lányt, de a munkája is fontos számára, ezért nehéz a választás. Eközben pedig egy újabb üggyel kell foglalkoznia az NCIS csapatnak. Egy házaspár béranyát fogad, hogy megszülje a gyermeküket, ám a nőt meggyilkolják, egy tengerésztiszttel együtt. Rövidesen kiderül, hogy a nő egy igazi csaló volt, aki nem egy jóhiszemű családot átvert már.

Mann alezredes csatlakozik Gibbs csapatához, amikor egy titkos információkkal dolgozó tengerésztiszt halála ügyében nyomoznak. Az ügy túlságosan is személyessé válik Gibbs számára, amikor kiderül, az egyik tanú egy volt felesége.

Doki egy boncolás közben jön rá, hogy aki a boncasztalon fekszik, nagy valószínűséggel nem természetes halált halt, hanem meggyilkolták. Az áldozat kiléte azonban ismeretlen, így Gibbs-éknek kell azonosítaniuk. Hamarosan kiderül, hogy a halott egy rab volt, ám ahonnan beszállították, több furcsa dolgot is találnak az NCIS emberei. Például egy FBI ügynököt, aki ráadásul még tetszik is DiNozzo-nak.

Amikor egy tengerészgyalogos öngyilkosságot akar elkövetni a felesége miatt, és azt tervezi, hogy leugrik egy épület tetejéről, Gibbs mindent megtesz azért, hogy élve lehozza a katonát. Ám amikor már éppen sikerül meggyőznie őt arról, hogy ne kövesse el élete legnagyobb hibáját, valaki lelövi őt. Az NCIS embereinek így a gyilkost kell megtalálniuk.

Egy katonai hajón rejtélyes körülmények között veszti életét egy tengerbiológus. Gibbs és a csapata azonnal a helyszínre indulnak, hogy kiderítsék, ki vagy mi ölte meg a tengerészt. Amikor azonban a fedélzetre érkeznek, üresen találják a hajót. Majd hamarosan kiderül, hogy a legénység elmenekült, és az áldozattal valószínűleg egy veszélyes vírus végzett.

Egy lány tűnik fel az NCIS irodájában, és Gibbs-et keresi. Hamarosan kiderül, hogy a fiatal lány Gibbs elhunyt lányának, Kelly-nek volt a barátnője, és azért kereste fel az ügynököt, mert egy katona zaklatja őt. Gibbs persze helyre teszi a katonát, de a lányt később elrabolják. A nyomok pedig egy régi gyárépületbe vezetnek.

Egy admirálist meggyilkolnak egy taxiban, a sofőrrel együtt. Gibbs és a csapat azonban rájönnek, hogy a célpont nem az admirális volt, hanem a taxisofőr. A férfi ugyanis Burundiból származott, és hét éve jött az Egyesült Államokba, s nem ő az első burundi taxisofőr, akit ugyanolyan körülmények között öltek meg.

Egy tizedes megszökik a haditengerészet kórházából. Ám sürgősen meg kell őt találni, mert az iraki küldetése miatt ezüstcsillag kitüntetésre terjesztették fel. A katona viszont úgy tűnik, hogy időközben megőrült, mert elrabolta az egyik orvosát, és vele együtt szökésben van. Miután az NCIS-nek sikerül elkapnia a férfit, rájönnek, hogy szteroidokkal van tele a szervezete.

Egy fiatal iszlám férfit a mecsetből kifelé jövet követni kezdenek, de mielőtt lelőnék, a fiú összeesik. Gibbs és csapata - Abby segítségével - azonban rájönnek, hogy a fiú már azelőtt halott volt, hogy golyót kapott volna. A gyanú egy katonatisztre terelődik, aki ráadásul jól ismerte az áldozatot. Eközben az üggyel egyre lassabban haladnak, mert Doki az apa kérésére nem akarja felboncolni a fiút.

Az NCIS csapata megfigyelés alatt tart egy raktárhelyiséget, ahol egy nagyon modern fegyvert tárolnak, s eközben szemet szúr nekik egy drogdíler és a kuncsaftja. Ám, amikor a vevőt holtan találják egy sikátorban, az ügy bonyolódni kezd. Ráadásul a megfigyelt raktár, mint később kiderül, teljesen üres. Minden bizonnyal átverték őket és a kamerákat, s az ügy hátterében sokkal nagyobb emberek húzódnak meg, mint azt hitték volna.

McGee lelő egy kutyát, mert az rátámad egy házkutatás során. A sérült állat Abby-hez kerül a laborba, a nyomok felkutatása miatt. A lány azonban túlságosan megszereti az ebet és hisz abban, hogy nem ő ölte meg a gazdáját. A szálak kábítószer-üzlethez vezetnek, de egyelőre rejtély, hogy ki és miért csempészett drogot a hadseregen keresztül. Abby pedig nem adja fel, továbbra is hisz a kutya ártatlanságában, és így derülhet fény az igazságra.

Az NCIS épületét ezúttal szinte ellepik az FBI emberei. La Grenouille gyilkosa után nyomoznak, s mivel Shepard igazgatónőnek kapcsolata volt vele, így gyanússá válik Gibbs és a csapata is. Miután mindenkit kihallgatnak, Gibbs a társaival együtt elmegy a házába, hogy maguk is elkezdjenek nyomozni, La Grenouille gyilkossági ügyében.

Amikor egy amerikai katonát meggyilkolnak Irakban, a katona felesége kiharcolja, hogy az ügyet a washingtoni NCIS vizsgálja. Az igazgatóhelyettes ezért kiküldi Tonyt és Nikkit Irakba, hogy kiderítsék, ki ölte meg a századost. Eközben Gibbs, Ziva és McGee is nyomoznak Washingtonban, hogy kinek állhatott szándékában megölni a katonát.

Egy sorozatgyilkos után nyomoznak az NCIS emberei, amikor Ziva beépül a bűnözők közé. Tony hamarosan rátalál az ötödik áldozatra a gyanúsított lakásán, majd értesítik Zivát, hogy letartóztatják a férfit. A gyilkos azonban rájön, hogy Ziva beépített ember, és kiderül, hogy nem egy elkövető van, hanem kettő.

Egy építkezésen holttestre bukkannak, s az esethez az NCIS embereit hívják. Miközben Dr. Mallard a hordágyért megy, Palmer talál egy útlevelet az áldozatnál. Palmer azonban csak egy pillanatra nem figyel oda, és az útlevél eltűnik. Amikor pedig üldözőbe veszi a tolvajt, az váratlanul rálő. Gibbs és csapata később mindent bevetnek azért, hogy Palmer azonosítani tudja az elkövetőt.

Amikor Decker különleges ügynök szívrohamban meghal, Shepard igazgatónő személyesen vesz részt a temetésén, ahol elhangzik az Oshimaida név. Shepardnak ez ismerősen cseng, ezért nyomozásba kezd. Az igazgatónőt elkíséri Tony és Ziva is, ám őket lerázza, majd Frank segítségét kéri.

Tony és Ziva az igazgatónő után erednek, aki Frankkel együtt egy régi sivatagi büfében keresi a nyomokat, amelyeket Decker helyezett el. Egy veszélyes csapat azonban rátalál Shepard igazgatónő és Frank rejtekhelyére, amikor is tűzpárbaj veszi kezdetét. Ám az ütközetnek tragikus következményei lesznek.