Gibbs s kolegy mají malý problém, nemohou najít Tonyho Dinozzu. Brzy však pochopí, že ředitelka Shepardová ví víc. Ta se ostatně brzy přizná, že Tony na její příkaz pronikl do blízkosti překupníka se zbraněmi La Grenouillea. Jenže teď se ředitelce ozval signálem, který měli domluvený v případě prozrazení jeho identity. Tým se naštěstí dokáže přes sledovací zařízení napojit na městské zabezpečovací kamery, k jejich úžasu jeho auto vybuchne. Naštěstí v něm neseděl, zahynul jeden z lidí Grenouilla. Tony informuje ředitelku, že se chce Grenouille vzdát. Jejich setkání nedopadne dobře a ředitelka mu odmítne poskytnout ochranu. Když jdou LaGrenouliho zatknout na jeho loď, netuší, že jeho mrtvé tělo plave kousek dál v řece.

Tým je přivolán k vraždě mladého námořníka, byl zastřelen ve svém autě. Jenže o kus dál najdou policisté tělo mrtvé dívky. Pitva prokáže, že dívka krátce před svou smrtí porodila. Protože hrozí, že je dítě v ohrožení života, musí pátrání urychlit. Stopa vede do místního autoservisu, kde se dozvědí, že dívka byla známou podvodnicí, která obírala muže o peníze. Výpis z jejího konta je přivádí k jistému manželskému páru, přiznají se k tomu, že zavražděná dívka byla náhradní matkou, která měla donosit jejich dítě. Teď ji někdo zabil a manžele vydírá...

Jill Reynoldsová se vrací domů z konference a nachází svého manžela kapitána Rejnoldse probodnutého šípem z kuše. NCIS zabavuje jeho laptop a dává ho k dispozici Abby. Ale protože kapitán pracoval u tajné služby ministerstva obrany, je možné, že laptop obsahuje citlivé materiály, proto oddělení vysílá počítačového technika Freda, aby na Abby dohlédl. Vyšetřování je svěřeno plukovnici Manové a hned s prvním podezřelým přichází nové překvapení...

Patolog při vyučování nových studentů objeví, že mrtvý zemřel po té, co mu kdosi vpíchl do mozku rtuť. Při vyšetřování se střetnou s agentkou FBI, která mrtvého muže zná. Měl informace o takzvaném likvidátorovi, který na objednávku zařídil novou identitu a starou zlikvidoval. Gibbs se svým týmem brzy narazí na velmi závažné informace...

Na střeše výškové budovy stojí mladý mariňák a chystá se spáchat sebevraždu. V okamžiku, kdy mu to Gibbs rozmluví, muže někdo zastřelí. Ukáže se, že trpěl hlubokými depresemi, které byly způsobené podáváním špatné kombinace léků. Do pátrání se plete i Vojenská tajná služba, jelikož oběť pracovala jako arabský překladatel na Středním východě a většina materiálů týkající se jeho osoby, je tudíž tajná. McGee je přesvědčený, že vrahem je mariňákův lékař. Ziva sází na jeho velitele, Tony na truchlící manželku. Gibbs je znechucený nejednotností týmu. Nakonec do případu vnáší světlo Abby.

Na výzkumné lodi dojde k záhadnému úmrtí jednoho z členů posádky. Když Gibbsův tým dorazí na loď, aby smrt vyšetřili, posádka je pryč a loď vypadá jako Loď duchů. Ziva je přesvědčená, že je na palubě ještě někdo další. Velitel Skinner, který je za loď zodpovědný, odmítá ředitelce Shepardové sdělit, co bylo cílem mise. Ducky provede předběžné ohledání a zjistí, že mrtvý námořník zemřel na hemoragickou horečku. Je tedy důvodné podezření kontaminaci. Když ale Ducky potvrdí, že virus byl do těla oběti dopraven injekční stříkačkou, je jasné, že nešlo o náhodnou nákazu, ale promyšlenou vraždu.

Gibbse navštíví mladá dívka Maddie, aby ho požádala o pomoc před dotěrným ctitelem. Jako dítě bývala nejlepší kamarádkou Gibbsovy mrtvé dcery Kelly. Když je ale Maddie unesena a Gibbs začne vyšetřovat minulost jejího údajného ctitele, zjistí, že se před pár dny vrátil z Iráku, kde pracoval v oddělení logistiky. Krátce nato najdou jeho tělo a do hry vstupuje organizace pro obnovu Iráku, která prováděla finanční audit a zjistila ztrátu značné částky peněz...

McGee jako instruktor skautů přivede svou skupinu na exkurzi do NCIS. Když procházejí laboratoří, chtějí vidět práci s databází AFIS. Abby namátkou vybere chlapce, sejme mu otisk a zjistí, že chlapec je vedený jako unesený svým vlastním otcem. Tým začne otce prošetřovat, a ukáže se, že je hledaný pro vraždu majitele obchodu. Otec se ale cítí nevinný a Gibb mu věří. Nastraží tedy na skutečného pachatele po letech past.

Z psychiatrického oddělení v nemocnici v Bethesdě uteče mariňák, který se před dvěma týdny vrátil z mise v Iráku a musel být hospitalizován kvůli post traumatickému šoku. Myslí si, že je stále na misi, žije v představách, že jede za svým bývalý kolegou u Iráku, aby ho zachránil. Gibsův tým ho najde a vrátí zpět na psychiatrické oddělení. Ale krevní rozbor ukáže, že byla určena špatná diagnóza. Nešlo o post traumatický šok, ale o stres způsobený vysokými dávkami steroidu v kombinaci s maskovacími látkami. Gibbs a jeho tým pátrají, kdo se snažil vytvořit super vojáka a použil desátníka muže jako pokusné morče.

V uličce dva bloky od mešity se najde tělo námořníka. Ukáže se, že jde o muslima Abdula, který byl několikrát na misi v Iráku a dostal stříbrnou hvězdu a purpurové srdce za chrabrost. Otec vojáka poprosí Duckyho, aby z náboženských důvodů nedělal pitvu. On z osobních pohnutek souhlasí. Místo toho odveze tělo na magnetickou rezonanci, kde objeví kus ulomené jehly v Abudově těle. Až dosud se domníval, že ho vrah zastřelil, teď ale zjišťuje, že zemřel po vpíchnutí prudkého jedu dřív, než ho zasáhla kulka. Gibbs se vrací do mešity a stopa ho zavede k německému náboráři nových stoupenců Al Kajdy.

Někdo ukradne přísně tajný právě vyvíjený radarový systém, určený pro americký námořní torpédoborec. Dostanou tip, že je radar ukrytý v pochybné čtvrti. Když se jedna z kamer ohlásí, že má slabé baterie, jde je McGee vyměnit a zjišťuje, že pachatel během jejich sledování radar odnesl. Vzápětí se na ulici strhne zdánlivě nevinná hádka, která končí smrtí neznámého muže. Do hry vstupuje policie. Když se ale ukáže, že mrtvý byl oním tajemným informátorem, musí Gibbs spojit síly s policií a kromě radaru začít hledat i vraha.

Gibbs a jeho tým přijíždí zajistit muže podezřelého z pašování drog přes základnu. Námořníka však najdou mrtvého a McGeeho napadne jeho pes. Zdá se, že se voják stal obětí svého vlastního vlčáka. McGee zvíře zraní, ale Palmer a Ducky ho ošetří a odvezou k Abby, aby z něj sejmula důkazy. Ta si zvíře oblíbí a je přesvědčená o jeho nevinně. Když se psův zdravotní stav rapidně zhorší, Ducky a Jimmy ho operují a vyjmou mu z žaludku hrot z nože. Je tedy jasné, že námořníka někdo zabil a pak se to snažil zamaskovat jako napadení psem...

FBI začne vyslýchat celý tým NCIS. Vyšetřují vraždu překupníka drog La Grennouliho. Hlavní podezřelou je ředitelka Shepardová, která na jeho případu měla tak velký zájem, že kvůli němu poslala do utajení agenta Dynozu. Celý tým začne případ vyšetřovat na vlastní pěst. Z Afriky se vrací překupníkova dcera Jeanne a agentu FBI Fornelovi řekne, že viděla střílet Tonyho. Nakonec jsou Shepardová a Tony očištěni a podezření padá na agenta CIA Korta, který pracoval v utajení jako La Grennouliho pravá ruka. I přesto se nad případem dál vznáší otazník a Gibbs má své pochybnosti.

V Bagdádu je při útoku minometu zabit námořník. Jeho žena zatahá za nitky, aby jeho pitvu prováděl Ducky. Ten zjistí, že voják byl zastřelen a minomet posloužil jen jako zástěrka. Zastupující ředitel Vance posílá do Bagdádu Tonyho a Nikki. Ti zjistí, kdo střílel, ale než muže najdou, někdo mu vyřízne jazyk a zabije ho. Gibbs a McGee zjistí, že se mrtvý chystal koupit se svým obchodním partnerem velký pozemek, ale pak si to v poslední chvíli rozmyslel...

Ziva pracuje v utajení, aby byl dopaden brutální vrah nevěrných manželek námořníků, Hoffman. Ten po své páté vraždě odjíždí se Zivou autem. Akce se ale nepovede, Hoffman se dovtípí a chce ji zabít. Ziva ho v sebeobranně zastřelí. Případ je zdánlivě vyřešený, dokud Abby na vražedné zbrani nenajde otisk prstu, který nepatřil vrahovi ani jeho obětem. Zdá se, že Hoffman má napodobitele. Podezření padá na jednoho z hostů baru, kde si vrah vybíral oběti, ale Ziva je přesvědčená o jeho nevině.

NCIS je přivolána na staveniště rekonstruovaného domu, kde byla na střeše výtahové klece objevena mrtvola muže. Při ohledání místa činu Palmer zahlédne u mrtvého cizího muže, který mu sebral pas a při pronásledování na něj vytáhne zbraň a vystřelí. Otisky mrtvého nejsou nalezeny v žádném ze systémů a zdá se, že ani jeho mobil nepomůže odhalit více informací. Identifikace bílého prášku z obličeje mrtvého vede vyšetřovatele k přesvědčení, že dotyčný v místě vrtal a na základě toho nalézají další lidské tělo, tentokrát zalité v betonu...

Ředitelka Shepardová jede do L.A. na pohřeb svému kolegovi, který náhle zemřel na infarkt. Tony a Ziva ji doprovázejí jako ochranka. Na pohřbu se objeví záhadný muž a ptá se po panu Ošimaidovi. To byl krycí kód pro deset let starou operaci, které se ředitelka Shepardová zúčastnila spolu s Gibsem a agentem Deckerem v Moskvě. Jenny je jasné, že Deckerova smrt není náhoda a že bude zřejmě další na řadě. Požádá o pomoc Mika, Gibbsova bývalého šéfa a přítele, a vydává se tajemného muže hledat. Ziva a Tony zjistí, že něco není v pořádku a začnou ředitelku hledat. Bohužel přijíždějí pozdě. Ve starém bistru v poušti došlo ke konfrontaci mezi ředitelkou a členy ruského komanda a ředitelka podle všeho přestřelku nepřežila.

Ředitel Vance nechá převézt těla střelců a ředitelky Shepardové do Washingtonu, aby Ducky mohl provést pitvu. Gibbs oznamuje zprávu o ředitelčině smrti svému týmu. Všichni se snaží najít vraha. Ředitelčiným zástupcem byl prozatím jmenován Leon Vance, který se kormidla ujímá s velkou vervou. Gibbs se vrací zpět do minulosti, aby zapátral, kde se stala chyba. Mike je přesvědčený, že když jsou dva agenti starého případu mrtví, je teď řada na Gibsovi. A McGeemu se podaří zjistit totožnost tajemné ženy ve voze ruského střelce Viga.