Het team komt achter een groot geheim wanneer de missie om La Grenouille gevangen te nemen tot een dodelijk einde leidt.

Tijdens een lijkschouwing doet Ducky een verrassende ontdekking, waardoor de moord op een hulpofficier leidt tot een zoektocht naar een vermist kindje. Ondertussen kampt Tony met zijn gevoelens voor Jeanne.

Luitenant-kolonel Mann onderzoekt samen met Gibbs de moord op een kapitein van de marine die toegang had tot uiterst geheime informatie. Gibbs raakt persoonlijk erg betrokken bij de zaak als een van de getuigen zijn ex-vrouw blijkt te zijn.

Als Ducky zich realiseert dat een van de lijken die hij gebruikt voor onderzoek een moordslachtoffer blijkt te zijn, herkent het NCIS-team hem als een geniale crimineel die in staat was het verleden te wissen.

Het NCIS-team wordt erbij gehaald om te voorkomen dat een marine-officier zelfmoord pleegt door van het dak te springen. De zelfmoordpoging verandert echter in een moord en het team moet nu achterhalen wie de dader is geweest.

Tijdens het onderzoek naar een mysterieuze dood op een strikt geheim onderzoeksschip van de marine, stuit het NCIS-team op een verlaten schip dat een dodelijk geheim met zich meedraagt. De teamleden moeten vervolgens vrezen voor hun eigen leven.

Gibbs gaat een persoonlijke uitdaging aan door de zaak te onderzoeken van een vriend van zijn dochter. Die is jaren geleden vermoord en het onderzoek leidt tot een schokkende ontdekking.

Een moordonderzoek naar een admiraal op zee neemt een schokkende wending als een vrouw, een politiek vluchteling, terug naar huis gaat om haar man te zoeken.

Het NCIS-team past op de negenjarige zoon van een vermiste avonturier, die op een of andere manier verbonden is met een oude onopgeloste moordzaak. Het onderzoek leidt het team de wildernis in, waar ze achter een schokkend feit uit het verleden van de vermiste man komen.

Een verwarde en gewelddadige marinier denkt dat hij nog steeds in Irak is. Terwijl het NCIS-team hem te pakken probeert te krijgen, ontdekken ze dat de marinier onderdeel was van een geheim onderzoek. Daar ondervindt hij nu de gevolgen van.

Als een jonge islamitische marinier vermoord wordt in de buurt van de moskee, weigert Ducky de lijkschouwing te doen vanwege zijn religie. Het NCIS-team probeert daarom in contact te komen met de vader van het slachtoffer. McGee gaat naar de moskee om daar afluisterapparatuur te plaatsen, maar ontdekt dat de FBI hem al voor is geweest.

Het NCIS-team gaat undercover in een warenhuis om de dief te pakken die een high-tech radar van de marine heeft gestolen. Tijdens deze operatie worden ze echter getuige van een moord. Ondertussen verbergt Dukcy een geheim voor de rest van het team.

Het levenloze lichaam van La Grenouille komt eindelijk boven water en heel het NCIS-bureau wordt onderzocht door de FBI, waarbij Jenny de hoofdverdachte is voor de moord.

Twee leden van het NCIS-team worden naar Bagdad gestuurd om te onderzoeken hoe een mortieraanval in moord heeft kunnen veranderen.

Ziva gaat undercover voor het onderzoek naar een reeks moorden. De seriemoordenaar krijgt echter argwaan en Ziva moet plotseling vrezen voor haar leven.

Palmer komt in levensgevaar als hij het doelwit wordt van een onbekende moordenaar. Palmer is echter de enige die hem kan herkennen.

Een oud lid van het NCIS-team dood wordt aangetroffen. Als ze de moordenaar op het spoor komen, komt het gehele team in gevaar.

Nu een oud-teamlid van NCIS vermoord is, zetten ze alles op alles om de moordenaar te pakken voordat een ander teamlid vermoord wordt. Gibbs lijkt namelijk het volgende doelwit. De emoties lopen hoog op tijdens het onderzoek en ze proberen het team in stand te houden, tegen de wensen van assistent-directeur Vance in.