La doctora Shepard trabaja en una misión secreta en colaboración con el agente Tony DiNozzo. El objetivo es el traficante francés de armas La Grenouille, quien, según la directora, fue el responsable de la muerte de su propio padre. El caso se tuerce cuando Tony, que sale con la hija del peligroso criminal, es descubierto por éste y por la CIA, que mantiene una estrecha relación con el traficante.

Durante una autopsia, Ducky realiza un descubrimiento que convierte el asesinato de un contramaestre en la búsqueda de un niño perdido. Por otro lado, Tony debe enfrentarse a sus sentimientos por Jeanne ahora que las cosas entre ellos no pueden volver a ser lo mismo ya que ella sabe la verdad sobre su identidad.

El teniente coronel Mann acompaña a Gibbs en una misión consistente en la investigación del asesinato de un capitán de la Marina que tenía acceso a información altamente secreta. Las cosas se ponen difíciles para Gibbs cuando descubre que uno de los testigos del caso es una de sus ex mujeres.

Ducky se da cuenta de que uno de los cadáveres del laboratorio que se usan para investigación médica fue, en realidad, víctima de un asesinato. El equipo lo identifica como un criminal muy buscado que es capaz de borrar el pasado. Los agentes deberán hallar la verdad sobre su muerte y al responsable de lo sucedido.

Resumen de la trama de este episodio: El equipo de NCIS es llamado para detener a un oficial de la Marina antes de que se suicide arrojándose al vacío desde un tejado. Sin embargo, los hechos no se suceden como los agentes habían esperado y el intento de suicidio se convierte en un asesinato. Todos tendrán que trabajar en el caso para averiguar qué es lo que sucedió exactamente.

Mientras investigan una misteriosa muerte en un barco de la Marina en alta mar, el equipo de NCIS encuentra un buque abandonado que esconde un peligroso secreto. Los agentes pondrán en riesgo su vida para descubrir lo que está ocurriendo en la nave.

Gibbs se enfrenta a un caso en el que se ve obligado a implicarse emocionalmente. Se trata de la investigación de un crimen con el que se relaciona a un amigo de su hija, que fue asesinada años atrás. El trabajo y las averiguaciones sobre el estudio del caso le llevan a una terrible conclusión.

Los chicos del NCIS trabajan en la investigación del asesinato de un almirante de la Marina. Sin embargo, su labor se ve perturbada por el regreso de la esposa del difunto, una refugiada política que volvía a casa para reunirse con su marido.

El equipo tiene que cuidar al hijo de un hombre desaparecido que padece una obsesión por la supervivencia a una futura catástrofe. Su posible implicación en un caso en el que trabajaban les lleva hasta un lugar salvaje, donde descubren la asombrosa verdad sobre su pasado.

El equipo trata de localizar a un hombre violento y desorientado que piensa que aún continúa sirviendo al ejército en Irak. Durante la persecución, los agentes descubren que el soldado está siendo víctima de un experimento secreto con un alto precio.

Un marine musulmán es asesinado cerca de una mezquita y Ducky se niega a practicarle la autopsia debido a sus creencias religiosas. Para avanzar en la investigación del caso, el equipo de NCIS trata de hablar con el padre de la víctima y envía a McGee para instalar micrófonos ocultos en el templo. Al llegar allí, descubre que el FBI ya se había encargado de hacerlo.

El equipo del NCIS instala un puesto de vigilancia en un almacén para atrapar al responsable del robo de un radar naval de alta tecnología. Sin embargo, en lugar de llevar a cabo su labor, los agentes terminan siendo testigos de un crimen. Por otro lado, Ducky esconde un secreto a sus compañeros.

Aparece el cuerpo sin vida de La Grenouille, el traficante de armas francés relacionado con la muerte del padre de la directora Shepard, y todo el equipo de NCIS al completo es objeto de las investigaciones del FBI. Jenny, la máxima responsable de los agentes y la que más razones habría tenido para acabar con la vida del traficante, es la principal sospechosa.

Mientras un grupo de marines juegan al baloncesto en la planta de Baghdad, sufren un ataque que se cobra la vida del capitán John Rankin. En la oficina, Ducky realiza la autopsia a su cuerpo y determina que su muerte no fue causada por la metralla del ataque sino por una herida muy definida provocada por un disparo con arma de fuego. El equipo debe investigar el suceso y determinar quién es el responsable del crimen.

Hoffman, un asesino en serie que se cobra la vida de mujeres casadas pero infieles a sus maridos, todos empleados de la Marina, está a punto de acabar con la de Ziva, infiltrada en el caso. La agente consigue abatirle a tiros a tiempo y descubre que él mismo fue víctima de las infidelidades de su esposa. Al recibir todas las pruebas en el laboratorio, el equipo descubre que en el arma homicida hay huellas de otra persona que no es Hoffman y sospechan de Michael, el amante de Ziva.

El cuerpo de un hombre aparece sobre el montacargas de un edificio en construcción. El equipo acude a la escena, donde se encuentra el pasaporte de la víctima, que no coincide con los datos de su carnet de conducir.

En un descuido, el pasaporte desaparece y un miembro del NCIS consigue ver al ladrón, que le apunta con una pistola. La declaración y las pistas que pueda ofrecer serán la clave para esclarecer quién es verdaderamente la víctima y quién se empeña en borrar su rastro.

Un miembro del NCIS es asesinado y el equipo debe encontrar al responsable de tal retador crimen antes de que se cobren la vida de otro integrante: Gibbs. Durante esta investigación, una de las más complicadas a las que han tenido que hacer frente a lo largo de toda su carrera, el equipo trata de permanecer unido, una actitud totalmente contraria a los deseos de Vance, el asistente de dirección.

Un miembro del NCIS es asesinado y el equipo debe encontrar al responsable de tal retador crimen antes de que se cobren la vida de otro integrante: Gibbs. Durante esta investigación, una de las más complicadas a las que han tenido que hacer frente a lo largo de toda su carrera, el equipo trata de permanecer unido, una actitud totalmente contraria a los deseos de Vance, el asistente de dirección.