När Ziva av misstag är vittne till en politiskt mord måste hon anmäla sig till FBI och handskas med konsekvenserna utan hjälp av Gibb. Men hon rymmer istället rädd för att bli felaktigt misstänkt.

En övergiven bil hittas och den är alldeles blodig på insidan. Den är registrerad på en löjtnant i flottan som varit försvunnen en tid. När teamet utreder saken visar det sig att löjtnanten jobbade med att profilera män.

En civilklädd sergeant hittas död i sin bil under ett uppdrag. Precis efter att kroppen hittats, finner man också en rysk spion som har ett nyligen avfyrat vapen i sin bil. Teamet utreder men departementet för inrikessäkerhet jobbar emot dem

När en korpral hittas död i ett tomt hus kommer NCIS för att utreda. De får reda på att det var meningen att han skulle tjänstgöra i Irak men att han aldrig dök upp. Dessutom får de reda på att han hade två flickvänner som han var förlovad med.

En marinsoldats dotter har kidnappats på Halloween och nu är det upp till CIS-teamet att hitta henne och lösa fallet.

En överste dör i en explosion på en golfbana. NCIS-teamet tror att det är ett terroristdåd och börjar utreda fallet. Bevisen tar dem till en övergiven lagerlokal. Men det är en fälla - det kommer snart att smälla igen.

Teamet utreder en veterans död. Han hittas på ett hotell och nu måste de ta reda på vad som hände honom. De inser att han inte begick självmord och att han var hemlös.

McGee riskerar sitt jobb för att hjälpa sin syster Sarah som är i trubbel.

NCIS tvingas samarbeta med FBI då man hittar liket efter en mumifierad seriemördare.

Ziva bevittnar ett mord och hamnar i trubbel eftersom FBI tror att hon ligger bakom det hela. Gibbs rycker in för att bevisa att hon är oskyldig.

En högt uppsatt marin-officer hittas mördad på ett hotellrum, och utredningen visar att han redan varit död i tre dagar.

Teamet får veta att Mamound Sharif, en känd terrorist, har kommit över kemiska vapen. Men för att stoppa honom måste de först lista ut var han befinner sig - vilket blir en svår uppgift.

NCIS-teamet försöker sätta stopp för en internationell vapensmugglare men det blir allt annat än lätt och Ducky tvingas arbeta under täckmantel. Men det försvåras då det visar sig att en annan polismyndighet arbetar med samma uppdrag.

En död sjöman påträffas i en övergiven del av stan. Alla tecken tyder på att det rör sig om en överdos. Men det visar sig att det i själva verket handlar om mord. Tony blir vän med en av poliserna som håller i utredningen.

Teamet undersöker ett fall där en kapten inom flottan råkat ut för strålförgiftning. Offret, som arbetar för en internationell atomvapensorganisation, hävdar att endast två av sina kollegor kände till hans hemlighetstämplade arbete.

En explosion inträffar på en kyrkogård för krigsveteraner och gravarna förstörs. Teamet måste informera berörda familjer om händelsen och samtidigt lista ut vilka som ligger bakom det otäcka brottet.

En marinsoldat som befarats död hittas levande. NCIS-teamet försöker lista ut vem som försökte döda honom genom att kartlägga hans liv. De får veta att han reste till Irak med ett fraktplan vilket visar sig ha en länk till Gibbs förflutna.

NCIS får ett tips om terroristaktiviteter. När två agenter dör i tjänst måste NCIS ta reda på vem som ligger bakom tragedin.

Mc Gee blir förskräckt när en underofficer han baserat en karaktär i sin senaste bok på blir mördad. Så gott som utan ledtrådar försöker McGee ta reda på vem som sett hans hemliga manuskript.

Shephar begår ett stort misstag i att möta en man som ska informera honom om Le Greouille, då mötet slutar med ett mord.

Teamet försöker med hjälp av Scott återskapa ett brott med hjälp av luktsinne och hörsel, för att spåra upp en polismördare. Tony och Gibbs kämpar med personliga relationer.

Gibbs leder utredningen av ett mordfall där offret hittats i en taxi på väg till NCIS huvudkvarter. Jenny upptäcker en hemlighet från sitt förflutna.

När Jenny återvänder från sin resa till Europa blir hela NCIS-teamet tvungna att genomgå ett lögndetektortest. Tony och Jeanne hålls som gisslan av en hänsynslös knarklangare.