Miközben Gibbs a jól megérdemelt pihenését tölti, a csapatából Ziva véletlen szemtanújává válik egy politikai gyilkosságnak. Az ügynöknő így kénytelen alkut kötni az FBI embereivel, majd a nyomozásban is részt venni. Rövidesen azonban kiderül, hogy az FBI Ziva egykori tevékenysége után is nyomoz, ezért az NCIS-nek, Tony vezetésével, be kell bizonyítania a lány ártatlanságát.

Gibbs ügynököt arra kérik, hogy térjen vissza a nyugdíjazásából, hogy segítsen Fornell-nek megoldani egy ügyet, amelyben egy szökött fegyenc nyomába kell eredniük. A veszélyes bűnöző ugyanis komoly fenyegetést jelent Fornell-re és a lányára. Miközben beleássák magukat a régi aktákba, Gibbs és a csapata különös felfedezésre tesznek szert.

Egy eltűnt főhadnagy vérrel borított autójára bukkannak egy elhagyatott úton. Rövidesen kiderül, hogy a nő profilrajzoló volt, és azzal töltötte a szabadidejét, hogy megtalálja a számára legmegfelelőbb férfit. Az NCIS csapata beleássa magát az ügybe, Ziva pedig inkognitóban próbál információkat szerezni a nőről.

Amikor egy férfi felismer egy terroristát az utcán, az gondolkodás nélkül meglövi őt. A golyót később nem találják meg az áldozatban, viszont a terroristát sikerül elkapniuk. Bizonyíték hiányában azonban mindezek után nem tehet túl sokat az NCIS.

Amikor egy eltűnt őrvezetőt holtan találnak egy elhagyatott házban, az NCIS arra a felfedezésre jut, hogy az áldozatot már korábban meggyilkolták, majd elásták, és nem sokkal ezelőtt exhumálták. Rövidesen az is kiderül, hogy a katonának Irakban kellett volna szolgálatot teljesítenie, ám ott sosem jelent meg. A nyomozás során Gibbs-éknek az is világossá válik, hogy az őrvezetőnek két felesége is volt, így Abby-n a sor, hogy a holttesten található DNS-maradványokból bármit is kiderítsen.

Halloween van, ám az NCIS tagjai ilyenkor is dolgoznak, ugyanis egy furcsa gyilkossági ügyet kell megoldaniuk. Egy tengerészgyalogos lányát elrabolták, őt pedig súlyosan megsebesítették. A feleség azonban a jelek szerint valamit titkol, s végül ki is derül, hogy a kislányuk lehet, hogy egy régi barátjától van. Esetleg ő állhat a gyermekrablás és a váltságdíj követelés mögött?

Amikor egy magas rangú tiszt, a fia szeme láttára életét veszti egy robbanásban a katonai golfpályán, az NCIS-nek fel kell derítenie egy esetleges készülődő terrortámadást. A CIA segítségével később eljutnak egy raktárépülethez, ahol rengeteg információt találnak lehetséges robbantási célpontokról, ám rájönnek, hogy ők maguk vannak célkeresztben.

Amikor egy kitüntetett veterán tengerészt találnak holtan egy hotelben, Gibbs csapata hamarosan rájön, hogy a hulla nem is tengerész, hanem egy hajléktalan.

McGee áthágva az NCIS szabályait, még az állását is kockára teszi, amikor a váratlanul felbukkant, zavarodott és súlyosan vérző húgán segít. Miközben McGee titokban folytat nyomozást, hogy kiderítse, vajon mi történt Sarah-val, az NCIS egy haditengerész ügyén dolgozik, amelynek talán köze lehet McGee testvéréhez. Ráadásul ezalatt Tony és Abby is szerelmi problémákkal küzdenek.

Egy férfi elszenesedett holttestére bukkannak egy gimnázium kéményében. Amikor pedig az NCIS-nél rákeresnének ujjlenyomat szerint az aktára, az egyszerűen megsemmisíti önmagát. Innentől kezdve pedig az FBI veszi át az ügyet. Rövidesen kiderül, hogy a holttest egy 5 éve eltűnt sorozatgyilkosé. Amikor felkeresik az áldozat feleségét, azt tapasztalják, hogy döbbenetes a hasonlóság a meggyilkolt nők, és a volt feleség között.

Amikor az "Otto" nevű, szigorúan titkos robotfegyver egy tengerésztiszt halálát okozza, és később Abby-t is veszélybe sodorja, az NCIS feladata előkeríteni a szabotőrt és a tiszt gyilkosát. Zivának feltűnik, hogy Tony a kelleténél többször látogat a kórházba.

Egy déli kisvárosban gyilkosság történik. Kiderül, hogy az áldozat hivatásos katona volt, így az NCIS csapatát küldik ki, hogy felgöngyölítsék az ügyet. A városban viszont sem a tetthely, sem pedig a holttest nem várja meg őket, sőt mi több, a helyieknek még gyanúsítottjuk is van. A serif ugyanis mindenképpen rá akarja varrni a gyilkosságot egy Kuvaitból származó férfira. Ám Gibbs és a csapata nem hagyják annyiban a dolgot.

Egy őrnagyot holtan találnak, miután sikeresen adott le egy SOS jelzést a jelzőlámpák segítségével. A férfi brutális halált halt: a saját szemét kaparta ki. Ehhez hasonlóval pedig még az NCIS emberei is ritkán találkoznak. Váratlanul Sharif jelentkezik Gibbs ügynöknél azzal, hogy nála van 10 kg mérges gáz, amit fel is használ, ha csak az általa megnevezett terroristákat rövid határidőn belül el nem engedik.

Miután az NCIS embereinek sikerül elkapniuk egy nemzetközi fegyverkereskedőt, rájönnek, hogy valaki a Tengerészet szuper fejlettségű fegyverrendszerét akarja ellopni, majd értékesíteni. Hogy megállítsák a bűnözőket, Dokit küldik a helyszínre, mint beépített embert, ám az akció nem jár sikerrel.

Egy, már régen bezárt étteremben egy tetemre bukkan egy párocska, amikor a férfi éppen meg akarja kérni a kedvese kezét. Valószínűsíthető, hogy a holttest már több napja ott lehetett, majd az áldozatról, aki minden bizonnyal egy katona, a boncolás után kiderül, hogy nemcsak alkoholista volt, de még drogozott is.

Egy hadnagy kéri McGee, pontosabban rajta keresztül Gibbs és az NCIS segítségét egy gyilkossági ügy kiderítésében. A dolog furcsasága az, hogy éppen magát a hadnagyot öli meg valaki radioaktív anyaggal. Az NCIS nehéz helyzetben van, hiszen még akkor is folytatódik a férfi mérgezése, amikor elvileg senki nem juthat a közelébe. Ziva-nak eközben valahonnan ismerős a férfi, de nem tud rájönni, hogy honnan.

Egy kriptában felrobban az egyik sírhely, majd kiderül, hogy jóval több tetem van benne, mint eredetileg kellene. Minden valószínűség szerint valaki tudta, hogy hol van még hely, ezért oda rejtette a holttesteket. Ám az első felvetés is tévesnek bizonyul, mert három helyett valójában öt testre bukkannak. Eközben Abby magánélete nem a legjobb mederben folyik, Gibbs pedig összefut a volt szeretőjével.

Doki sok mindennel találkozott már az évek során, az olyan esettől eltekintve, amikor a boncasztalára élő ember kerül. Ebben az esetben pedig nincs mit tenni, ki kell nyomozni, hogyan is került oda egy ízig-vérig katona, akire arccal a hóban találtak rá. Kiderül, hogy a katona Gibbs egyik régi barátjának a fia, így az apa, Frank, saját maga is nyomozásba kezd. Kideríti ugyan, hogy mi az igazság, de akkorra már ő lesz a gyanúsított.

Két NCIS ügynök az életét veszti egy robbanás következtében, amit egy öngyilkos merénylő követett el. Gibbs és a többiek persze azonnal hozzálátnak az ügyhöz. A probléma viszont csak az, hogy úgy tűnik, az elkövető már a merénylet előtt halott volt. Ám ez nem lehetséges, pláne, hogy felhívta az ügynököket, közvetlenül a robbanás előtt. Így nem marad más lehetőség, vagy Doki, vagy pedig Abby téved.

McGee éppen az új könyvén dolgozik, amikor alkotói válságba kerül, és nem tudja, hogy hogyan folytassa a művet. Eközben egy feltételezett gyilkosság helyszínéhez hívják a csapatot. Amikor rábukkannak a nyomokra, McGee-nek feltűnik, hogy az új könyvében leírtak kelnek életre. A krimiben szereplő emberek azonban nem kitalált személyek, McGee mindegyiküket egy élő emberről mintázta.

Az igazgatónő nagyon eltökélt abban, hogy végre elkapják azt a fegyverkereskedőt, akit már oly régóta üldöznek. A probléma csak az, hogy az ügyben minden tanú és lehetséges besúgó az életét veszti. Amikor pedig már-már célba érne a csapat, kiderül, hogy az üldözött végig figyelemmel kísérte a nyomozást, miközben alaposan rászedte az NCIS-t.Tony eközben belekóstol abba, hogy milyen is az a randi, ahol először találkozik a szerelme anyjával.

Egy vak fotóművész asszisztense felfedezi, hogy az egyik képen egy holttest található. Azonnal értesítik a rendőrséget, de mivel a halott férfi egy katonatiszt, így az NCIS is kivonul a helyszínre. Eközben pedig mindenkinek megvannak a magánéleti gondjai... Tony felajánlja Jane-nek, hogy költözzenek össze, de aztán megbánja. Gibbs pedig nem tudja, hogy mit kezdjen az új kapcsolatával, a nő azonban egyre jobban sürgeti a szorosabb kötődést. A két ügynök tehát tehetetlenül áll a kapcsolatok ingoványos talaján.

Gibbs veszi át ideiglenesen az igazgatónő helyét, amíg ő Párizsban tartózkodik, egy konferencián. Ám nem úgy végzi a feladatát, ahogyan kellene, hiszen nem bír egy helyben ülni egy irodában. Eközben egy halott férfit szállít egy taxis az NCIS központjához. A sofőr ugyan ártatlan, de benntartják, ameddig átfésülik a kocsit. Találnak is egy listát - tele nevekkel. Az igazgatónő pedig fülest kap a CIA-tól, Borov tábornok tartózkodási helyéről.