Ziva is per ongeluk getuige van een politieke aanslag en de FBI wil haar arresteren. Ze ontsnapt en het NCIS-team gaat op zoek naar bewijs voor Ziva's onschuld. De situatie wordt echter steeds ingewikkelder en Ziva zoekt hulp bij de enige persoon die ze echt vertrouwt: Gibbs.

Ondanks dat Gibbs met pensioen is, wordt zijn hulp ingeroepen, omdat Fornell wordt bedreigd door een uit de gevangenis ontsnapte crimineel.

Een verlaten auto, die op naam staat van een vermiste vrouwelijke luitenant, wordt besmeurd met bloed aangetroffen. Het NCIS-team komt erachter dat de luitenant op zoek was naar de perfecte man voor zichzelf. Ziva gaat undercover om meer over de vrouw en haar missie te weten te komen.

Een makelaar vindt het dode lichaam van een korporaal in een huis dat te koop staat. Op het plaats delict ontdekt het NCIS-team dat het slachtoffer begraven was in de achtertuin en daarna weer opgegraven is.

In een leegstaand huis wordt het vermiste lichaam aangetroffen van een marinier die was opgeroepen voor Irak, maar nooit was komen opdagen.

In de nacht van Halloween wordt een marinier in zijn eigen huis overvallen en wordt zijn dochter ontvoerd.

Bij een explosie op de militaire golfbaan vindt een mariniers-kolonel de dood en moet het team samenwerken met de Criminal Investigative Unit van het leger om de moordenaar te vinden.

Een onderscheiden ex-marinier vindt onder verdachte omstandigheden de dood in een hotel in Washington D.C. Het team moet de naam van de veteraan zuiveren.

McGee neemt het heft in handen als zijn zus Sarah bebloed en verward op zijn stoep staat. Intussen onderzoekt het team een moord, die misschien te maken heeft met Sarah.

De resten van een seriemoordenaar worden gevonden en het team onderzoekt de zaak. Wanneer ze de seriemoordenaar identificeren, wil de FBI de zaak van hen overnemen.

Een strikt geheim robotapparaat wordt gesaboteerd en vermoordt een marine-luitenant die aan een belangrijk project meewerkte van het Ministerie van Defensie.

Een hooggeplaatst agent bij de marine wordt vermoord in de motelkamer van een kleine stad. Het team haast zich ter plekke, maar de plaats van het misdrijf is al betreden en de autopsie is al dagen eerder uitgevoerd door de lokale overheidsdienaars.

Gibbs en het team steken de koppen bij elkaar om 10 kilo zeer giftige chemische wapens te vinden, maar ontdekken dat de wapens in het bezit zijn van de gezochte terrorist Mamoun Sharif.

Het team komt een man op het spoor die het wapenprogramma ARES verkoopt. Jenny blijkt een persoonlijke vete te hebben met de hoogste bieder, de wapenhandelaar La Grenouille, en wil proberen om La Grenouille te arresteren.

Het team denkt dat de schipper die in een verlaten gebouw is aangetroffen het slachtoffer is van een overdosis drugs totdat een veelzeggende in bloed geschreven boodschap wordt ontdekt.

Een marine-luitenant is vergiftigd door radioactieve straling en vraagt het team om hem te helpen bij het oplossen van zijn eigen moord. Ziva meent de man ergens van te kennen, maar weet niet waarvan.

Bij een explosie in een militair mausoleum komen de overblijfselen van een aantal overledenen naar boven en het team gaat op zoek naar mogelijke seriemoordenaars.

Een man die dood was ingevroren komt vlak voor de autopsie door Ducky ineens tot leven! Als het team probeert uit te vinden wie de man voor dood heeft achtergelaten, ontdekken ze een link met Gibb's verleden.

Twee agenten van Paula Cassidy's team komen om als ze in de val worden gelokt. Gibb's team is geschokt, want eigenlijk zouden zij de weekenddienst draaien.

Er wordt bloed gevonden in het huis van een onderofficier. Wanneer er twee lichamen worden gevonden, ontdekt McGee dat de moordenaar stukken van zijn nog niet afgeschreven boek gebruikt.

Wanneer Jenny een ontmoeting onder vier ogen met een informant heeft, wordt de informant vermoord. Jenny denkt dat La Grenouille erachter zit en wil deze tweede kans pakken om La Grenouille te arresteren.

Het team gebruikt een foto die door een blinde fotograaf is genomen om een misdaad te onderzoeken. Ondertussen hebben zowel Tony als Gibbs relatieproblemen en probeert Abby te stoppen met cafeïne.

De leden van het team moeten een leugendetectortest doen. Gibbs ontdekt dat ze achter Jenny aanzitten, en ontdekt dat La Grenouille misschien de orders voor de test heeft gegeven. Intussen houdt een drugsdealer Tony en zijn vriendin Jeanne gegijzeld.