Ziva je svědkyní exploze a na místě činu zahlédne starého známého Ariho. Poté se dozvídá, že má být vydána FBI, neboť je obviněna z vraždy íránského vězně a dvou agentů FBI. Pokusí se skrýt, zatímco NCIS pod vedením Tony dělá vše pro to, aby dokázala, že je nevinná. Když se situace zkomplikuje, je Ziva nucena vyhledat pomoc jediného člověka, který jí vždy důvěřoval - Gibbse. Ten si mezitím užívá bezstarostného důchodu, Zivinu žádost ale neodmítne a je dočasně jmenován zpět do funkce.

Gibbs je donucen vrátit se do práce, poté co ho Fornell požádá o pomoc. Utekl Paulsen, obviněný z vraždy, a Fornell byl jedním z lidí, kteří ho do vězení dostali. Paulsen ho žádá, aby znovu otevřel případ, a vyhrožuje jemu i jeho dcerce Emily. Gibbs s NCIS vyslýchají Mickeyho, který jediný byl s Paulsenem v kontaktu, poté co byl poslán do vězení. Záhy tým zaznamená vzkaz pro Gibbse, v němž Paulsen přivádí detektivy k fotografiím, které dokazují nesrovnalosti v důkazech. Nakonec se zdá, že jeho tetování bylo jediným jednoznačným důkazem, který ho označil za vraha. Tým se snaží zjistit, jak je možné, že Paulsen ví o všem, co se u NCIS děje. Gibbs se podle všeho vrací k NCIS nastálo.

Jenny nabídne vlastní tým Tonymu, jenž však váhá a nakonec odmítne životní šanci. Náhle přichází zpráva, že bylo nalezeno opuštěné auto, potřísněné krví, které je registrováno na programátorku námořnictva Anne Sullivanovou. Postupně se daří získávat podrobnosti o jejím životě. Je samotářka a v jejím bytě jsou nalezeny informace o řadě lidí. Z údajů v jejím počítači je zřejmé, že měla v úmyslu zúčastnit se rychlého seznamovacího večírku v místním hotelu. Ziva se jako jedna z účastnic snaží se skenerem otisků prstů najít hledaného muže. Nakonec NCIS zasáhne právě včas, když se expřítel Anne a zároveň jeden ze zlodějů chystá ženy zbavit.

Krátce poté, co policejní hlídka zastaví řidiče a chystá se ho zatknout za neoprávněné držení zbraně, vrazí do jejího auta další vůz s mrtvým mužem za volantem. Je identifikován jako Jack T. Vale a zdá se, že v autě ujel se zraněním pěknou dálku. Dokonce volal o pomoc s tím, že identifikoval teroristu a že ho sleduje. Postupně se prokáže totožnost zatčeného. Je to Rus, který figuroval v operaci Sunburst právě tak jako Vale. O případu ale nelze zjisti další podrobnosti, protože se spis ztratil.

Poté co agentka realitní kanceláře přivede nové zájemce o dům, s hrůzou zjistí, že v křesle v obýváku sedí mrtvý muž. Podle otisků prstů i zubů se jedná o svobodníka Jamese Finna, kterému nešla střelba a ani neuspěl v teste plavání, a tak působil coby zásobovač. Krátce nato se na oddělení objeví dvě ženy a tvrdí, že jsou Finnovy snoubenky. Od obou si Finn půjčil velkou částku peněz a ženy je chtějí zpět. Nalezená předplacená telefonní karta přivede vyšetřovatele do skladových prostor, kde objeví tašku, plnou zlatých mincí. Vzorky DNA prokážou, že Finn měl poměr ještě s třetí ženou. Z peněz, které se našly, Gibbs vrátí dluh oběma ženám, a vzápětí se objeví další Finnova snoubenka. U NCIS se vyvíjí vztah mezi Palmerem a Lee.

O Halloweenu je unesena dcerka Erika Nilese z námořnictva, poté co únosce napadl Nilese u něj doma. Na místě zůstal mrtvý jeden z útočníků. Postupně vyšetřovatelé vyslýchají manželku Lauru a její sestru Rebeccu a zdá se, že Laura něco tají. Telefonát s ní přivede detektivy na Nilesovu současnou adresu, kde před domem stojí auto, odcizené na místě únosu. Nalezený lístek stejně jako fakt, že Laura musela mrtvého znát z práce, jasně svědčí proti ní. Abby šokuje kolegy halloweenským kostýmem, neboť nikdo nečekal, že se před nimi objeví krásná Marilyn Monroe.

Na golfovém hřišti vojenského námořnického klubu zahyne při explozi před zraky svého dospívajícího syna Joshe plukovník Cooper. NCIS prochází záznamy z klubu, ale nic podezřelého nenajde. Případ posouvá dál až informace CIA o podezřelé teroristické buňce, takže pátrání vede do skladiště, na které CIA dostala tip od svého informátora. Je to však past, ale Zivě se na poslední chvíli podaří zlikvidovat nastraženou výbušninu, aniž by zničila možné důkazy. CIA odmítá prozradit svého informátora, nicméně díky McGeeovi se NCIS dostává k tajným vládním dokumentům a získává jméno Mamouna Sharifa pocházejícího z Bejrútu a spolupracujícího s Interpolem. Sharif zprvu nechce mluvit, po slíbené odměně nakonec jisté informace poskytne.

Tony a Ziva slouží jako ochranka ředitelky na jedné akci v hotelu, který se stal na přechodnou dobu jednou z nejlépe hlídaných budov v zemi. Zivě se v poslední chvíli podařilo ředitelku strhnout stranou, když z výšky padal muž, a skončil mrtvý na stole s pohoštěním. Tajemník kongresmana Andy Nelson oznámil, že ho tento muž napadl v 6. patře a pak utekl. Vyvstává otázka, zda skočil sám, nebo mu někdo pomohl. Mrtvý identifikován jako Brian Wright, bývalý příslušník námořnictva, válečný veterán oceněný dvěma vyznamenáními znamenajícími, že byl v bojích třikrát zraněn. Nyní žije jako bezdomovec, rodina se mu rozpadla. Vyšetřování se zkomplikuje ve chvíli, kdy je v jednom z hotelových pokojů nalezena další mrtvola, tentokrát znásilněné nezletilé dívky...

McGee pracuje v noci na své nové knize, když se před dveřmi objeví jeho sestra, dezorientovaná a celá od krve. Nedokáže říct, co se stalo, a McGee se obává, že vzhledem k jejím problémům s alkoholem to mohlo být cokoliv. Sarah se vybavují pouze útržky a nedokáže říct, zda někoho zabila. Posléze vychází najevo, že mrtvý je její bývalý přítel, který ji opustil kvůli její kamarádce roztleskávačce. Sarah nesla rozchod těžce, a dokonce i v mailu napsala, že Jeffa zabije. Navíc si na svém blogu vybíjela nenávist vůči roztleskávačkám a zesměšňovala je. Důkazy jasně svědčí proti ní a McGee se rozhodne informovat NCIS.

Při instalaci nového kotle na jedné škole vypadne z komína vyuzené tělo. NCIS procházejí seznamy pohřešovaných a jsou zaskočeni špatným odhadem doby úmrtí. Při snaze identifikovat mrtvého zjistí, že přístup k údajům zablokovala FBI. Fornell z FBI počítá s tím, že případ je jeho, ale NCIS se ho nehodlá vzdát. Nalezený je identifikován jako Charles Bright a detektivové se vydají za jeho ženou Karen. Na dvoře jejího domu jsou však nalezeny další oběti. Členové týmu žijí knihou, kterou bez jejich vědomí napsal McGee a ve které se najdou.

Poručík Seabrooková je nalezena ve vozidle, fungujícím na bázi robota, otrávená oxidem uhelnatým. "Otto" je součástí unikátního projektu ministerstva obrany a na jeho úspěšnosti závisí další osud firmy. Šéf firmy Eagler, kterýdívku našel, je přesvědčen, že spáchala sebevraždu, a snaží se vysvětlit NCIS, že vyšetřování projekt ohrožuje. Jeho kolega Pike si je ale jistý, že by se Seabrooková nikdy nezabila. V úvahu připadá tedy i sabotáž. Navíc když se Abby snaží s vozem seznámit, ocitá se ve smrtelném nebezpečí. Ziva má starost o Tonyho zdraví, zatímco ten si prožívá románek s doktorkou Jeanne.

Ve venkovském motelu je nalezena zavražděná tlumočnice Rana Shaheenová, pracující pro zpravodajskou službu námořnictva. NCIS přebírá případ, když je žena už tři dny mrtvá a místní úřady případ "vyřešily". Místo činu je uklizeno a pitva provedena. Naštěstí je díky mladé aktivní Ruby řada věcí zachycena v její zprávě. Tony se Zivou stejně jako další kolegové mají McGeeovi stále za zlé, že bez jejich vědomí vydal knihu, v níž mu posloužili jako předloha. Ziva se bojí o Tonyho, zatímco on zřejmě prožívá s Jeanne opravdovou lásku.

Nefungující semafory a následná identifikace blikajících světel jako volání SOS vedou k nálezu mrtvého Johna Maguira. Patřil k námořnictvu a měl na starosti protichemickou a protibiologickou obranu. Zemřel v důsledku přehřátí a na jeho těle nejsou objeveny stopy násilí, až na chybějící oko. Toxická zpráva Abby hovoří o použití chemické zbraně. Stopy vedou k Mamounu Sharifovi, známému z bombového útoku. Mannová z federální policie a Gibbs jsou nuceni znovu spolupracovat. Sharif žádá propuštění skupiny čečenských separatistů a zároveň se hlásí k záhadnému onemocnění šesti lidí, hospitalizovaných v místní nemocnici. Abby řeší své tetování, Tony milostný vztah k Jeanne, který dostává první ránu. Vztah Gibbse a Mannové se mění z pracovního v ryze soukromý.

Když Ziva a DiNozzo dopadnou izraelského obchodníka se zbraněmi Goliatha, dostanou z něho lstí informace o prodeji tajného zbrojního systému Ares. Při probírání Goliathovými e-maily DiNozzo objeví fotografii muže, kterého sledoval před osmi týdny při tajné operaci, řízené ředitelkou NCIS Jennifer Shepardovou. Ziva a McGee pronásledují prodejce Charlese Harrowa. Avšak teprve e-mail přivede vyšetřovatele ke kupci a Ziva s DiNozzem ho mají při předání zastřelit. Nakonec vyjde najevo, že je v akci zainteresována CIA.

V opuštěné restauraci je objeveno tělo mladého muže. Abby dochází k závěru, že šlo o vraždu, neboť byl otráven jedem z oleandrovníku. Jednou z mála stop, kterou tým má, je laminátová kartička, již měl u sebe. Abby přichází s dalšími šokujícími zjištěními. Při zásahu je zraněn kolega Jake, který na následky zranění umírá. Tonyho vztah s Jeanne se zdá ohrožen, neboť Jeanne vyhledal bývalý přítel, neustále jí telefonuje, a dokonce jí poslal stejný valentýnský dárek jako Tony.

Poručík Sanders žádá Gibbse, aby vyřešil jeho vraždu - byl zasažen radiací. Ziva se od prvního okamžiku snaží přijít na to, proč je jí tak povědomý. NCIS dochází k závěru, že otravu způsobilo thalium a došlo k ní zhruba před 72 hodinami. Ziva má tedy za úkol zmapovat 72 hodin života poručíka Sanderse, a tak si vzápětí oba uvědomují, že se potkávají každé ráno při kondičním běhu, a začínají k sobě pociťovat náklonnost. Vyšetřovatelé nakonec objeví zdroj thalia a dopadnou pachatele, právě když se chystá k útěku.

V mauzoleu národního hřbitova došlo k explozi, experti však usoudí, že se nejednalo o výbušninu. Navíc nalezené ostatky nepatří do žádné z hrobek. Při pitvě začíná být jasné, že mrtvých "navíc" musí být více a že vyšetřovatelé mají co do činění s masovým vrahem. Gibbs opět musí spolupracovat s Mannovou. Podaří se určit totožnost jedné z obětí, která vyšetřovatele zavede k jednomu z přihlížejících na místě exploze. Abby se vyrovnává s osobním problémem a jediným člověkem, s nímž je ochotna mluvit, je Gibbs. Zamilovala se totiž do mladíka, který jí půjčil laboratorní vybavení a jehož jedinou vadou je příliš malý vzrůst.

Víkendový anonymní telefonát upozorní na možné teroristické nebezpečí, avšak posléze se ukáže, že se jednalo o past, která připravila o život dva agenty. Všechny překvapí pitevní zpráva, podle níž byl údajný atentátník mrtvý ještě před explozí. Analýza zvukového záznamu, kterou provedla Abby, totiž potvrdí, že hlas atentátníka je totožný s hlasem mrtvého. McGee a Abby se pokoušejí najít komplice a vzápětí varují Gibbse, který jednoho z atentátníků zatýká, zatímco sebevražedný atentátník utíká tajnými dveřmi. Cassidy se na něho vrhá a obětuje se, aby zachránila ostatní. Gibbs s Mannovou navazují bližší vztah při výuce baseballu, zatímco Tony se snaží získat zpět Jeanne.

Hasiči přijíždějí k nahlášenému kouři, vycházejícímu z oken. Zprvu se zdá, že majitel bytu Cove nechal zapnutou troubu, avšak v kuchyni je velký nepořádek, na zemi krvavá skvrna a vedle ní leží vzkaz. Buď je Cove mrtvý, nebo utekl poté, co spáchal vraždu. Posléze je nalezeno jeho auto a kolem velké množství krve. McGee je v šoku, neboť situace odpovídá jedné scéně v jeho knize. Seznamuje kolegy se svou novou knihou, připouští, že jeho postavy jsou zpravidla založeny na skutečných lidech. Jediný rukopis má jeho vydavatelka, která se stává hlavní podezřelou.

Ředitelka Shepardová udělá chybu, když se v honbě za La Grenouillem pokusí setkat s informátorem. Vyšetřovatelé se zprvu domnívají, že útok naplánoval La Grenouille, ale agent CIA, který ho sleduje, tvrdí že to není jeho styl. Díky detailnímu rozboru rozbitého skla a stříkance krve lokalizuje Abby místo jednoho ze střelců. Shephardová ví ještě o dalším svědkovi, který může doložit spojitost útoku s La Grenouillem, a musí ho najít, jinak jí La Grenouille opět unikne.

Poté, co slepý fotograf zjistí, že vyfotografoval mrtvého, a ohlásí to policii, jsou jeho paměť a pořízené snímky jedinými vodítky NCIS. Vyšetřovatelé se postupně dostávají ke kolegovi oběti, který byl vyšetřován kvůli zpronevěře. Ale když je i on nalezen mrtvý s dopisem na rozloučenou a přiznáním, pochopí Gibbs, že dopis byl vynucený. Nečekané schopnosti slepého fotografa i skrytý vzkaz v dopisu na rozloučenou přivedou detektivy ke skutečnému vrahovi.

Do areálu NCIS přiváží taxikář zákazníka, při vstupní kontrole se však ukáže, že je mrtvý. Podle řidiče Joea Kellyho působil pasažér při nastupování dojmem, že ho kdosi honí. V jeho peněžence je nalezen seznam sedmi lidí nichž pět je již mrtvých. Jemenská ambasáda posílá svého atašé, aby identifikoval mrtvého. Shepardová získá v Evropě informace o muži, známém jako La Grenouille. Schází se s Borovovem a chce, aby podepsal, že si u něho La Grenouille objednal zbraně. Borov ji však upozorní, že za zbraně dostal zaplaceno i její otec. Shepardová je v šoku, protože se domnívá, že je její otec mrtvý, zatímco Borov tvrdí, že ho před třemi týdny navštívil v nemocnici.

Shepardová se vrací z Evropy a na letišti ji čeká asistentka Cynthia. Zároveň celnicí prochází i Devin, a protože nedává pozor, srazí ho auto. Událost pozorně sleduje malá holčička. Jenn se po příjezdu domů diví, kde jsou některé její věci, a ptá se služebné, zda v jednom z pokojů někdo nebyl. Abby připravuje McGeea na povinný test na detektoru lži. Za Devinem do nemocnice přijde sestra Bernie s přítelem Nickem, který Devina napadne. Abby přichází v nezvyklý čas do laboratoře, neboť ji ředitelka požádala o prověření otisků na lahvi a skleničkách. Gibbs žádá McGeea, aby se naboural do databáze CIA a vyhledal informace týkající se Shepardové. McGee s Gibbsem naleznou informace o Jasperu Shepardovi. Tonyho čeká velké překvapení.