Při ochraně Gibbsova života byla neznámým útočníkem zastřelena Caitlin Toddová. Gibbs je přesvědčen, že vrahem je Ari Haswari, i když nemá důkazy. Při dalším vyšetřování se zjistí, že šlo o život i McGeemu a zachránil se jen náhodou. Všechny velmi zasáhne Caitlinina smrt. Nejhůře to bere Dr. Mallard, který musí provést její pitvu. Všem členům týmu se vrací v představách a vzpomínkách...

Agenti si povšimli nepřítomnosti Ariho a snaží se ho vypátrat. Ztratil se i Dr. Mallard. Stává se Ariho rukojmím. Tony sledujte Zivu do městských lázní, kde se setkala s neznámou ženou a obě si vyměnily župany. Když DiNozzo prohledá vyměněný župan, najde v něm falešný pas a peníze. Vše je připraveno pro Ariho. Na čí straně vlastně stojí Ziva?

Hlavním předmětem vyšetřování NCIS se tentokrát stane obávaný vězeň, masový vrah a psychopat Kyle Boone. Guvernér Virginie přikáže Gibbsovi, aby se s mužem setkal tři dny před jeho popravou. Gibbs musí do tří dnů zjistit místa, kde pohřbil vrah své oběti, jinak si vezme tajemství do hrobu. Někdo však v jeho stylu vraždí dál...

V antropologickém laboratoři otevře Dr. Burnsová před zraky kamer rakev z Občanské války a v ní najde mrtvolu muže v uniformě Unie. Vedle muže leží mobil a je zřejmé, že muž zemřel poměrně nedávno. Ziva přichází do NCIS jako nový člen týmu. Samotného Gibbse tato zpráva překvapí a dochází k ostré výměně názorů s ředitelkou Shepardovou.

Při hádce po telefonu s manželkou sjede Jerry Smith ze silnice a je nalezen mrtev. Vyšetřovatele k nehodě zavolá samotná manželka, která navíc slyšela střelbu zřejmě z vedle jedoucího vozu. Jaké je však překvapení vyšetřovatelů, když pohřešovaného Jerryho Smithe naleznou živého v práci. Otisky prstů však dokáží, že se nejedná o skutečného Jerryho Smithe, nýbrž Johna Kirbyho. Otázka je, proč si oba muži vyměnili svou identitu.

Tým pátrá po pohřešované manželce jednoho z vojáků sloužících v Iráku, Leane Robertsové. McGee si při prohlídce domu uvědomí, že jeden z pokojů již někdy viděl, a to ve videoklipu zaslaném e-mailem. Na něm byla žena předvádějící striptýz, kterou někdo zezadu napadl a podřezal jí hrdlo. McGee se domníval, že jde o jakýsi vtip. Ukazuje se, že žena v domácnosti si skutečně přivydělávala na internetu a dokonce měla i své webové stránky. Na nich byla i její sousedka Janice Carrová. Vyšetřovatelé ji chtějí vyslechnout, ale dům je prázdný, je tam však nalezena krev. Abby dostává nového asistenta Charlese, ale odmítá s ním pracovat. Posléze je nalezeno tělo Janice Carrové a zdá se, že brzy bude nalezena i Leanne. Mezitím manžel Leanne zažádal o neodkladnou dovolenou a vrací se z Iráku domů.

NCIS kontaktuje šestiletý chlapec Zach, že byl jeho otec Alex Tanner unesen v zábavním parku. Ukazuje se, že otec pracuje pro námořnictvo na tajném projektu Honor a je jediný, kdo má k projektu kód. Chlapec dokáže přesně vylíčit, co se stalo, a popsat oba muže, se kterými otec odešel. Bohužel jeho matka již nežije a není ani nikdo z příbuzných, kdo by si ho vzal k sobě, musejí si ho tedy převzít sociální pracovníci. V úřadě, kde Tanner pracoval, zavládl zmatek, neboť neustále padá počítačová síť, ztrácejí se informace a někdo se do počítače nabourává. Vše je v rukou jednoho člověka - a to Tannera. Je ohrožena bezpečnost všech dalších složek. Vyvstává otázka, zda je Tanner obětí únosu, nebo zrádcem.

Vojenská jednotka objeví při zásahu v lese dvě odřezané lidské nohy. Neobyčejného případu se ujme NCIS. Na místě činu je nalezen i kousek gumové rukavice s otisky prstů. Mezitím co doktor Mallard a jeho asistent pan Palmer zkoumají, komu patří chybějící končetiny, Abby se pokouší zjistit, komu patří otisky prstů na rukavici. Počítač je opakovaně přiřadí Anthonymu DiNozzovi. Jeho nadřízený Gibbs však tento názor ani na chvíli nesdílí a rovněž tak Tonyho kolegové. Do vyšetřování se zapojuje FBI, která vyslýchá podezřelého agenta NCIS. Gibbs tuší, že jde o past a jeho tým se snaží získat nové důkazy, které by DiNozza očistily.

Tým NCIS má zajistit bezpečnost důležitého člověka z námořnictva, který je právě na odchodu z budovy. McGee se ujišťuje, že je vše v pořádku, a u vchodu vidí muže, jak se hádá s někým v autě. McGee se identifikuje, muž se otočí a McGee zahlédne v jeho ruce zbraň a slyší výstřel, zároveň sám vystřelí. Kolegové najdou McGeeho a mrtvé tělo muže. Auto je pryč. Začíná vyšetřování, avšak nenalezne se ani zbraň, ani kulka, které by potvrdily verzi McGeeho. Naopak se zjistí, že obětí je detektiv metropolitní policie Benedict, který pracoval v utajení na protidrogovém oddělení. McGee je v šoku, protože poprvé v životě někoho zabil. Situaci komplikuje fakt, že se na místě činu nenašla nábojnice ani zbraň, ze které měl policista Benedict vystřelit jako první.

Na námořní základně se natáčí reality show, ve které tři známé modelky cvičí stejně jako vojáci. Absolvují všechny tréninky a žijí ve stejných těžkých podmínkách. Při prohlídce je jedna z nich nalezena v ostnatém drátě mrtvá. Na místě činu se pohybuje množství novinářů, z čehož nemá Gibbs velkou radost. Ducky zjistí, že modelka je mrtvá nejméně 5 hodin a drát nebyl příčinou smrti. Ředitelku Shepardovou opět rozladilo Gibbsovo chování, když se odmítl zúčastnit slavnostního předávání cen...

Při vyšetřování v loděnici, při hledání pašovaných zbraní, zmizí Tony a Ziva. Je na týmu NCIS, aby je našel. Abby se je snaží lokalizovat přes GPS čipy v jejich telefonech, ale ty ukazují, že jsou mimo dosah. Tony se Zivou se mezitím schovají před střelbou do kontejneru, kde nachází důkazy, které by jim mohly pomoci vyřešit případ.

Na centrále NCIS je zaznamenán telefonát ženy, která tvrdí, že byla unesena. Agenti prověří její totožnost. Jde o poručíka Amandu Wilkersonovou, která působí na ministerstvu námořnictva ve Washingtonu. Nehlásí se ani v práci, ani na mobilním telefonu. Gibbs se se svými kolegy pouští do pátrání. Snaží se najít důvod, proč byla unesena. Zjistí, že Wilkersonová je příslušnicí ochrany. Měla na starosti tajný převoz nukleárního odpadu a konkrétně plánovala trasy, kudy vlak pojede. Na jejím oddělení nastala mimořádná situace. V noci odjel z elektrárny v Ohiu náklad jaderných palivových článků. Cíl cesty je přísně tajný, jen pár lidí ví přesnou trasu, kudy vlak pojede a poručík Wilkersonová je zřejmě jednou z nich. NCIS se rozhodla po tomto zjištění vlak zastavit až do doby, než se podaří ženu najít.

Tým NCIS vyšetřuje vraždu dvou námořních manželek a musí najít vrahy dříve, než zaútočí na další cíl, další ženu.

NCIS odhalí nelegální obchod s náhradními díly, který provozují mariňáci. V kufru jednoho auta najdou lidskou hlavu. Hlava patřila námořníkovi, jenž byl již delší dobu po smrti. Gibbsův tým se tak dostane na stopu překupníků s částmi lidských těl.

Tým NCIS je, po explozi sanitky přepravující ostatky námořního důstojníka zabitého při autonehodě, povolán k prověření, co se skutečně stalo. Vyšetřování je vede k několika zajímavým objevům - DNA oběti, nalezená v sanitce, neodpovídá DNA mariňáka; sanitka byla na explozi nastavena; a rodina mrtvého skrývá velmi důležité tajemství.

Roztrhané tělo mariňáka je nalezeno v národním parku. Vše nasvědčuje tomu, že šlo o útok medvěda. V průběhu vyšetřování vyjde najevo, že námořník nebyl v parku sám. NCIS rozjede pátrání po ženě, která byla s ním a je možná ještě naživu. Původní teorie útoku medvěda vezme za své, když se zjistí, že v parku se událo několik podobných případů a možná jde o útoky sériového vraha.

Na základní škole v Quanticu musí tým NCIS zabránit dospívajícímu studentovi, který si vzal ostatní studenty jako rukojmí, v odpálení bomby, připevněné k jeho tělu. Gibbs se ho pokouší zastavit a vstoupí do třídy, kde si uvědomí, že to může být někdo zvnějšku, kdo dospívajícího studenta ovládá.

Dvě děti naleznou pod ledem mrtvolu muže, který je posléze identifikován jako Ryan Downing, člen vojenské mise v Iráku, pohřešovaný od své dovolené. Vzápětí se v rybníku najdou další tři těla s tetováním patřícím pouličnímu gangu. Všichni byli zastřeleni Downingovou zbraní. Vyšetřovatelé zvažují dvě možnosti, buď Downing použil zbraň v sebeobraně, nebo se dopustil trojnásobné vraždy. Na vyšetřování je vyvíjen extrémní tlak, neboť ostatní vojáci z Downingovy roty se právě mají vracet domů a vládnou obavy z toho, že by někdo z nich chtěl smrt kamaráda pomstít...

Ve svém bytě je nalezena zastřelená kryptoložka. Protože armádní velení má informace, že právě z tohoto oddělení unikají informace, má vedení NCIS za to, že žena byla špionem. Jenže pitva odhalí, že žena byla zastřelena ve chvíli, kdy byla v bezvědomí. Stopy vedou k zaměstnanci venezuelské ambasády a NCIS ho dlouho považuje za vraha. Problém je jak ho zadržet. Gibbs však na poslední chvíli přijde na to, že skutečným vrahem a zároveň skrytým špionem je někdo úplně jiný.

V motelu blízko námořní základny je objeven pokoj plný krve a cárů lidské kůže. K případu je povolána NCIS. Následně dojde v laboratoři, kde Abby právě pracuje, k útoku kyanidem. NCIS předpokládá, že oba útoky spolu souvisejí a spojovacím článkem by mohl být Abbyin bývalý duševně narušený přítel. NCIS mladíka sice dopadne, ale na poslední chvíli zjistí, že skutečným útočníkem je někdo úplně jiný.

Agentům NCIS se povede husarský kousek. Podaří se jim zadržet velkou dodávku heroinu i s mladším bratrem šéfa dealerské organizace. Bohužel mladík při převozu záhadně zemře. Je podezření, že za jeho smrt může agentka Ziva. Mezitím však drogový mafián unese ředitelku NCIS a žádá výměnu. Gibbs je postaven před nelehký úkol – najít místo, kde jejich šéfku drží a osvobodit ji.

Gibbs na své misi sehraje scénku s falešným pasem, aby se setkal se svým informátorem Galibem. Ten mu poté v prádelně lodi sdělí, že radista Pinpin Pula je ve skutečnosti terorista Abu Saif a chce vyhodit muniční základnu námořnictva do povětří. Dříve než Gibbs stačí upozornit NCIS, je prádelna vyhozena do vzduchu, Galib je mrtev a Gibbs těžce zraněn, Filipínec Pinpin Pula se pohřešuje. Gibbsův stav je kritický, ale stabilizovaný. Mozek je v pořádku, nicméně Gibbs se neprobouzí a lékař naznačuje, že je zřejmě existuje důvod, proč se nechce probrat z komatu. NCIS začíná pátrat v jeho minulosti, o které Gibbs nikdy příliš nemluvil.

Gibbs v komatu znovu prožívá tragické události z minulosti - těžké zranění z války v zálivu, smrt první manželky a dcerky. Když se konečně vzbudí, myslí si, že je rok 1991 a na své působení v NCIS si nevzpomíná...

Ukazuje se, že Gibbsova ztráta paměti pokrývá celých předchozích patnáct let, pro něho se právě píše rok 1990 a je v Kuvajtu. Vůbec netuší, že je agentem NCIS a nepoznává lidi ze svého týmu. Všichni doufají, že se jedná pouze o dočasný stav a NCIS se nyní snaží soustředit veškeré své síly na to, aby dopadla teroristu Abu Saifa. Vyšetřovatelé odhalují skutečnosti, které před nimi Gibbs tajil, že měl se svou první ženou dceru a obě byly zavražděny, když se on účastnil operace Pouštní bouře. Zároveň vycházejí najevo další skutečnosti ohledně výbuchu, při němž Gibbs ztratil paměť. Je zřejmé, že teroristé připravují velkou akci a Gibbs je jediný, kdo ví o celé záležitosti víc.