Do NCIS se dostaví sekretářka vyššího důstojníka s tím, že její šéf je vydírán. Údajně došlo k únosu jeho rodiny, manželky a slepé dcerky a on je teď vydírán skrze počítačové spojení. Únosce po něm požaduje převést dva miliony dolarů na zahraniční konto. Tým se dokáže nejen napojit na kapitánův počítač, ale i vypátrat místo, kde je rodina držena. Zprvu se podaří osvobodit dcerku a na základě informací od ní si agenti už dojdou i pro ženu. Co je však překvapí, je zjištění, že samotný únos měl být zástěrkou pro finanční podvod, jehož pachatelem je sám vydíraný důstojník.

Při stavebních pracích na jedné ze základen námořnictva objeví dělníci mumifikovanou mrtvolu ženy. Z dalšího vyšetřování vyplývá, že ten, kdo nechal ženu zemřít v podivném krytu - vězení, určitě v současnosti týrá tímto způsobem další oběť. Díky drobnému hmyzu policisté objeví, že vrah se mohl přesunout pouze na čtyři další možné základny. Policisté zjistí, že pouze na jedné z nich je pohřešována mladá žena. Je jen otázkou času ženu najít.

Na poli, kdesi v západní Virginii, je nalezen opuštěný vrtulník Kobra. Piloti jsou pohřešováni a místní venkované tvrdí, že je unesli mimozemšťané. Gibbsovi lidé však brzy najdou mrtvolu a předpokládají, že se jedná o jednoho z pilotů. Druhý pilot se mezitím najde živý. Evidentně neví nic o tom, proč jeho kolega odletěl s vrtulníkem sám. Vzorky DNA z těla mrtvého však odhalí, že mrtvý byl bratrem pohřešovaného pilota. Když ještě Gibbs zjistí, že v údolí, kde se vrtulník našel, panuje letitý spor, pochopí, že pilot se přišel pomstít. Skládačku doplní Kate, když zjistí, že mrtvý čekal s místní dívkou dítě. Její otec se nemohl smířit s tím, že ona otěhotněla z člověkem z druhé strany údolí. Problém vyřešil tím, že ho upálil. Gibbs naštěstí pomstychtivého pilota včas odhalí, a tak zabrání další tragédii.

Dva námořníci najdou na námořní základně v Norfolku tělo mrtvé a znásilněné dívky. Gibbs spolu s ostatními vyšetřovateli jsou překvapeni informací lékaře Mallarda, který jim sdělí, že zavražděná byla zabita stejným způsobem jako jedna žena před deseti lety. Další zkoumání potvrdí, že sperma nalezené u oběti se také shoduje. Mallard, který u sebe stále nosí urnu první mrtvé, celou záležitost velmi těžce prožívá. Agentům se naštěstí podaří zjistit totožnost druhé mrtvé a i Abby v laboratoři odvede dobrou práci, podaří se jí dokázat, že DNA ze spermatu se shoduje s DNA vlasů možného podezřelého. Jenže ten je už několik měsíců mrtev. Sperma mohl podstrčit pouze ten, kdo měl přístup do laboratoře.

Na námořní základně v prostoru pro zkušební bombové útoky najdou tělo civilisty. Zjistí se, že takto se mafie zbavuje svých svědků a nepohodlných lidí již léta. Gibbs se dozví, že mrtvý muž byl agent FBI a pracoval v utajení. Agent FBI Fornell je obviněn ze spolupráce s mafií a uvězněn. Svou vinu popírá, Gibbs i přesto, že má s agentem Fornellem časté pracovní neshody, mu věří a pokusí se udělat vše pro jeho záchranu. Prvním krokem je odhalení skutečného informátora mafie, který pracuje uvnitř samotné FBI. Gibbs s Fornellem proto nastraží originální malou past. Gibbs k tomu musí jen předstírat, že jeho přítel Fornell se v cele oběsil.

Agenti vyšetřují pumový útok na bývalou elitní pilotku, které už dlouhou dobu vyhrožuje Al Kajda za její údajné zabití deseti civilistů v Afghánistánu. Gibbs se svým týmem je však v poněkud nevýhodné situaci. Je rozhodnuto, že vyšetřování případu povede hlavně FBI a oni mají ženě zajistit bezpečnost. Spolupráce je poněkud problematická, a tak Gibbs musí vyšetřovatelku FBI výhrůžkou o předání informací tisku donutit k vydání podezřelého. Poté už není problém zadržet ostatní členy teroristické skupiny. Jenomže teprve pak Gibbs pochopí, že ženu se vedle profesionálních vrahů snažil zabít i nějaký amatér.

Do budovy NCIS se dostaví starý muž, válečný veterán z druhé světové války, nositel nejvyššího vyznamenání za chrabrost. Tento muž žádá Gibbse, aby byl zatčen za to, že zabil svého přítele. Údajně ho měl utlouct svou pistolí. Gibbsovi se celá situace a mužovo přiznání nezdá, považuje ho za výplod staré mysli. Naneštěstí se o situaci dozví vyšetřovatelka z JAGU a trvá na vyšetření událostí. Gibbs musí vytvořit imaginární rekonstrukci za použití starých dokumentárních filmů, aby dokázal, že muž svého přítele sice zabil, ale jednalo se o ránu z milosti.

Žena námořního důstojníka postřelí neznámého útočníka, který jí vnikl do domu. Při dalším vyšetřování se zjistí, že útočník se s ní seznámil na internetu a ve chvíli, kdy se pokusil jejich internetový flirt skutečně realizovat, vše se poněkud vymklo kontrole. Abby však zjistí, že žena žádné e-maily nepsala. Tým se pustí do dalšího vyšetřování, při kterém zjistí, že žena, která se vydává za sestru postřeleného, je známá násilnice a muž je její komplic. Se svými oběťmi se seznamuje právě skrze internet.

Gibbs a jeho tým pracuje na krádeži velkého množství starožitností z Iráku. Jelikož má podezřelého, ale nemá ony starožitnosti, nechá onoho muže v doprovodu DiNozza utéci z vězeňského převozu. Gibbs doufá, že uprchlík dovede DiNozzu ke svému komplici. Tato část plánu sice vyjde, ale Gibbs s Kate zjistí, že uprchlík je mnohem nebezpečnější, než vypadá. Má za sebou několik podříznutých obětí. Gibbs s Kate se snaží co nejrychleji vystopovat uprchlíky, bojí se o DiNozza. Ten nejenom že objeví starožitnosti, ale ochrání i sebe.

Známý soukromý detektiv najde v jezeře auto pohřešovaného poručíka námořní pěchoty, dědice mnohamilionové firmy. Právě v tuto chvíli se do vyšetřování zapojí NCIS. První důkazy naznačují, že muž byl zastřelen a poté auto s mrtvolou spadlo do jezera. Slavný detektiv se už vidí jako majitel milionové odměny za dopadení vraha. Tím má být bratr oběti. Gibbsovi se však důkazy nezdají a tak vše znovu důkladně prověří. Z vraždy se náhle dle nových důkazů stane autonehoda a slavný detektiv čelí žalobě z manipulace s důkazy...

NCIS začíná vyšetřovat údajnou vraždu poddůstojníka, počítačového experta. Telefonní operátor byl svědkem údajné vraždy ve chvíli, kdy muži telefonoval. Lidé z NCIS však zjistí, že vražda byla fingovaná. Muž právě pracoval na počítačovém programu pro námořní zdravotní službu a skrze tento program dokázal ukrást velké množství léků.

Gibbsovu týmu pomáhá s vyšetřováním poručík Cheney se svým policejním týmem, který jako by z oka vypadl Gibbsovu týmu, nikoliv však podobou, ale chováním. Kate Toddová je nejvíce zmatená z toho jak se Cheney neuvěřitelně ve všem podobá Gibbsovi.

Vyšetřovatelé a policisté se pustí muži po stopě, muže však najdou skutečně zavražděného. Jeho údajný komplic a spolubydlící však tvrdí, že muže zabil nějaký kolega oběti z práce. Gibbs dalším šetřením postupně vyloučí podezřelé a zbývá mu pouze atraktivní Karen Wilkersonová, která byla nadřízenou zavražděného experta. Problém je v tom, že se Gibbsovi velmi líbila a dokonce s ní úspěšně flirtoval...

Patolog Mallard konečně zjistí, kdo byl jedním z oněch tří rozkouskovaných těl, které měl dlouho na pitevně. Zjistil, že se i v případě ostatních dvou těl jedná o soudní úředníky z případu, kde i on figuroval. Jednalo se o muže, který znásilnil a zavraždil příslušnici Námořní pěchoty. Gibbs brzy pochopí, že je třeba hlídat i patologa, protože ten je další možnou obětí. Bohužel pachatel Kate Toddovou ošálí a patologa unese. Začíná honba s časem, úkolem je patologa zachránit živého. Stopy vedou do pohřebního ústavu, který vlastní matka onoho pachatele. Gibbs a jeho lidé přijdou v poslední chvíli.

Náhodná svědkyně nahlásí na policii vraždu námořníka, kterou viděla v okně vedlejšího domu. Policisté nic na místě údajného napadení nenajdou a vzdávají se vyšetřování. Na základě tohoto hlášení pošle Gibbs McGeeho vyslechnout svědkyni. Problém je v tom, že v době údajného činu byla svědkyně opilá a natočený záznam údajné vraždy je bezcenný, protože začala nahrávat až poté co v okně vedlejšího domu nebyl už nikdo vidět. McGee však i přesto svědkyni věří a povolá Gibbse a jeho tým na místo činu. Na základě její výpovědi a důkladného prozkoumání místa agenti zjistí, že muž měl dvojí identitu. V posteli objeví důkladně ukryté dva kufříky. V jednom byla zbraň a ve druhém pravděpodobně větší obnos peněz. Když se zanedlouho najde i tělo námořníka, je výpověď svědkyně potvrzena. McGee je pověřen, aby hlídal byt oběti pro případ, že by se vrah vrátil na místo činu. Když telefonuje se svědkyní stane se svědkem jejího napadení, ale na pomoc jí přiběhne pozdě a její vrah mu uniká. McGee se rozpomene, že vrah nosí hodinky na pravé ruce...

Na výletě v horách zemře poddůstojník námořní pěchoty. Někdo mu rozbil hlavu basebalovou pálkou a shodil ho ze svahu ve chvíli, kdy filmoval ráno v horách. NCIS zjistí, že muž měl večer před svou smrtí spor s tulákem, který bydlel v přívěsu ve stejném kempu. Jenže pozornosti vyšetřovatelů neujdou ani manželka a kamarád. Nahrávka z kamery dokazuje, že měli mezi sebou o hodně bližší vztah, než se snaží, aby to vypadalo. Abby však dokáže s nahrávkou dále pracovat a tím usvědčí tuláka.

NCIS je přivolána k vraždě mladé poručice. Zprvu vše vypadá, že mladík, který se ženou spal, ji ubodal. Další vyšetřování však ukáže, že muž říká pravdu, že žena, se kterou se probudil, není ženou, se kterou do postele šel spát. Jako další možná varianta vyšetřování přichází v úvahu podivný konkurenční boj mezi nočními kluby, muž totiž v jednom z nich pracuje. Gibbs též pochopí, že majitel druhého klubu považuje své zaměstnankyně za osobní majetek. Mrtvá byla sestrou jedné jeho zaměstnankyně a chtěla jí pomoci se z tohoto podivného zaměstnání dostat.

Poddůstojníkovi ze zpravodajského oddělení přijdou poštou v balíčku vyříznuté lidské oči. Omylem balíček otevře sousedka a je to pro ni šok. NCIS zjistí, že poddůstojník, který mezitím spáchal sebevraždu, byl napojen na zpravodajského lektora z vojenské fakulty. Tento muž, dle zjištění NCIS, má další "kšeftíky" právě v jižní Americe, v místě, odkud oči byly odeslány.

Gibbs na místo vyšle DiNozza a Kate. Ti zjistí, že lektor je pedofil a oči patřily zřejmě jeho "přestárlé" sedmnáctileté ženě. Ve chvíli, kdy Gibbs naléhá na své nadřízené, aby mohl lektora nechat zatknout, neznámý muž z velení nechá lektora zastřelit.

Při soutěži krásy v plavkách je nalezena mrtvá poručice námořnictva. Vyšetřování ukazuje, že dívka vedla dvojí život. Nejenom, že sloužila v námořnictvu, ale také usilovala o kariéru modelky a fotila slušné, avšak přesto lechtivé fotky do různých časopisů. První stopa vede k vězni, který se snažil ženě psát milostné dopisy z vězení a byl na ni velmi fixován. A to i v situaci, kdy ona na dopisy neodpovídala. Záznam televizní společnosti ze soutěže však dokáže, že propuštěný vězeň ženu nezabil, že mluví pravdu. Gibbsovi lidé však dokáží, že vrahem byla ženina přítelkyně. Ta ji zavraždila ve chvíli, kdy zjistila, že oběť čeká s jejím přítelem dítě.

Gibbs a jeho lidé jsou povoláni k případu poddůstojnice, která tvrdí, že ji někdo v noci přepadl v domě a vyhrožoval jí smrtí. Ve chvíli, kdy se dostaví na místo činu, ženu si vyzvedne její vojenský psychiatr a odveze ji do nemocnice. Gibbsovi se však jeho vysvětlení poněkud nezdá a tak se pustí do vyšetřování. Jeho podezření o to více zesílí v situaci, kdy zjistí, že žena měla vazbu na svého bývalého velitele, v současnosti vyšetřovaného FBI pro podezření z korupce. Ve chvíli, kdy NCIS objeví v domě poddůstojnice, kterou mezitím někdo v nemocnici uškrtil, odposlouchávací zařízení, není už tak těžké dopadnout pachatele, protože se na jednom čipu našlo trochu krve. A to je něco pro Abby...

NCIS je přivolána k mrtvole námořníka, veterána, tentokrát přímo na civilní školu. Agenti zjistí, že skupina námořníků zde studuje vyšší matematiku. Zprvu vše vypadá tak, že na škole mariňáci vytvořili tajný klub, jehož hlavním cílem jsou podivné adrenalinové zábavy typu paintball. Dva přátelé se měli mezi sebou pohádat a jeden veterán měl zabít druhého. Ve chvíli, kdy je objeven podezřelý, který je také zavražděný, Gibbs pochopí, že za vším není jen hloupá hra. Mezitím McGee dokáže vystopovat podivného hackera, který prozradí, že za vším byla žena. Přítelkyně jednoho ze zavražděných - Ashley Simmonsová podle výpovědi hackera začala chodit s druhým zavražděným.

Ducky zjistil, že oba námořníci byli zavražděni holýma rukama. Někdo zkušený a silný jim zlomil vaz. Ashley, pro kterou si mezitím přijede Gibbs s týmem na školu je však menší postavy a hubená...

Při zatýkání Ashley je přítomen i velitel zavražděných mariňáků, seržant Leeka. Je to silný a zkušený mariňák, který prošel tvrdým výcvikem a zúčastnil se mnoha bojových akcí. Kate s DiNozzem odvádí Ashley z místnosti, kde zůstává Gibbs se seržantem Leekou. Gibbs začíná tušit, že Leeka je přesně ten typ, který mohl oba námořníky zabít, ale jaký mohl mít motiv?

Když navíc uplakaná Ashley sdělí Kate a DiNozzovi své podezření, že oba námořníky pravděpodobně zabil seržant Leeka, protože se jim svěřila, že se jí Leeka pokusil znásilnit, je jim jasné, že Gibbsovi hrozí nebezpečí...

Po té, co zdravotník jednotky námořnictva padne v palbě nepřítele v Iráku, jeho kamarádka otevře jeho pronajatý sklad. V jeho dodávce se najde kostra dívky, mužovy bývalé kamarádky, která před dlouho dobou zmizela. Muži, který je posmrtně navržen na vyznamenání za statečnost, hrozí označení vraha. To Gibbs nechce připustit a dokáže, že vrahem dívky byl její nevlastní otec. Když zdravotník padl, vrah si myslel, že svůj čin hodí na mrtvého.

Do NCIS přijde dopis s otiskem rtů na obálce. Právě DiNozzo ho díky své povaze otevře. Z dopisu se vysype bílý prášek. Agenti z doprovodného textu zjistí, že se skutečně jednalo o biologický útok. Gibbsovi lidé jsou v izolaci a lékaři s Abby hledají pachatele a látku, která byla v dopise obsažena. Zjistí, že se jednalo o spóry plicního moru.

Další vyšetření ukáže, že nakažený je pouze DiNozzo. Mezitím se objeví první stopy po pachateli. Tím je matka údajně znásilněné dívky. Dívka tvrdila, že ji znásilnili nějací námořníci. Matka je ředitelkou laboratoře, která právě pracuje s nebezpečnými viry a bakteriemi. Gibbs však dokáže, že údajné znásilnění si dívka vymyslela. Naštěstí i DiNozzo se začíná uzdravovat.

Agent Gibbs z NCIS a jeho tým mají opět plné ruce práce. Tentokrát jde o práci profesionálů, kteří se vydávali za dopravní policisty a zavraždili dva námořníky poté co je zastavili za překročení rychlosti. Jednomu z námořníků byly useknuty ruce.

Agent DiNozzo přišel nedávno skoro o život a měl by ještě pár dnů ležet v domácím ošetření. Gibbsovi však oznámí, že se už cítí lépe a chce nastoupit zpět do práce.

Právě DiNozzo objeví při obhlídce místa činu nastraženou bombu, která se aktivuje otevřením kufru na automobilu, a tím zachrání život svým kolegům. Gibbsovi je jasné, že šlo o past. Někdo chtěl, aby se do případu zapojili jeho lidé. Použil vojenské výbušniny extra třídy z dobře utajeného zdroje, aby je zlikvidoval.

NCIS také zjistí, že z letecké základny byl ukraden speciální letoun. Letoun je sice pro dnešní potřeby námořnictva zastaralý, pro teroristický útok je však dostatečný. Vzápětí NCIS získá informaci, že Ari Haswari je ve městě a chystá se nejen na teroristický útok, ale též zavraždit Gibbse. Gibbs zjistí, že útok je namířen na vracející se námořníky z Iráku.

Útoku se sice podaří zabránit, při akci je však zastřelena Kate kulkou, která patřila Gibbsovi...