בפרק הפותח את העונה השנייה, הצוות מנסה לעזור למפקד בחיל הים שעובד עבור הפנטגון, אשר בתו העיוורת ואשתו נלקחו בנות ערובה על-ידי אדם הדורש כופר של 2 מיליון דולר.

הליקופטר של המארינס נמצא נטוש במעגל תבואה קרוב לחווה, ושני הטייסים נעדרים...

שני יורדי ים נתקלים בגופתה של מפקדת בחיל הים, וגיבס והצוות שלו מזדרזים לקבוע את זהותה של האלמונית.

מותו של אזרח באתר הריסה של הצבא מוביל לגילוי גופות נוספות, ולמסקנה כי רוצח סדרתי נפטר מקורבנותיו בשטח זה.

הצוות מגן על חיילת משוחררת שלחמה בעיראק, המקבלת איומים על חייה.

חייל מארינס מבוגר מודה שרצח את חברו 60 שנה לפני כן, אך גיבס מאמין כי יש פרטים נוספים העשוים לטהר את שמו.

מפקד בחיל הים שעבר ניתוח לב פתוח מתאושש, ולפתע עולה באש. הצוות של גיבס נקרא לפענח את המקרה.

אשתו של חייל מארינס יורה באדם שפרץ לביתה וניסה לאנוס אותה. הצוות של גיבס חושף קשר מסתורי בין האישה לתוקף שלה.

טוני מעמיד פני אסיר נמלט במבצע חשאי. הוא מחובר באזיקים לגנב, שעשוי להוביל אותו אל סחורות עיראקיות גנובות. במהלך המבצע, טוני נעלם מהרדאר של היחידה.

בלש פרטי מפורסם מתערב בפרשה עליה עובד גיבס, בה נחשפה גופתו של קצין בחיל הים שנעדר במשך שנתיים, ושמשפחתו מציעה פרס למי שיספק תשובות לגבי מותו.

נציג טלמרקטינג מודיע לצוות על רצח כביכול של חייל, שהיה עד לו בטלפון, והמקרה מצליח לבלבל את הצוות. קייט בהלם עוד יותר משיתוף הפעולה עם בלש חוקר וחברי הצוות שלו - שדומים להפליא לגיבס, טוני ומקגי.

שלוש גופות מבותרות מתגלות במיכלים, ודאקי חושב שישנו קשר ביניהן לבין משפט רצח ישן שדורש את עדותו.

אישה הטוענת שהייתה עדה לרצח של מלח בדירה שממול דירתה, מתקשה לגבות את טענתה עם הוכחות ממשיות. ועדיין, למקגי יש תחושה שהיא מספרת את האמת.

הצוות פותח בחקירה חדשה, לאחר שחייל מארינס נמצא מת בתחתית צוק במהלך טיול קמפינג עם אשתו וחברו הטוב.

ברמן שמתעורר במיטה עם אישה מתה טוען שהיא אינה האישה שחזר איתה הביתה בלילה שלפני כן, למרות שהיה שיכור באותו הזמן.

היחידה חוקרת מקרה מוזר של קצין זוטר בוושינגטון שקיבל חבילה מפרגוואי, ובה עיניים אנושיות.

קצינה בחיל הים נמצאת מתה בתחרות ביקיני בה תכננה להשתתף. הצוות חושד באסיר שהשתחרר לא מזמן, אשר שלח לה מכתבים.

קצינה עם בעיות פסיכולוגיות טוענת שמפלצות רודפות אחריה, ולגיבס יש תחושה שהיא מצויה בסכנה אמיתית.

הצוות חוקר רצח של חייל מארינס בקולג' שלו, ומוצא שהמקרה קשור לקבוצה מסתורית בקמפוס הנקראת "התא האדום".

עצמותיה של גופת אישה נמצאות בלוקר אחסון של חייל שנהרג בעיראק ושעשוי לקבל אות גבורה לאחר מותו. הראיות מרמזות שהוא רוצחה של האישה.

טוני פותח מעטפה חתומה בנשיקה, ומגלה בה אבקה לבנה. הוא וקייט נאלצים להיסגר בחדר בידוד, בעוד גיבס ומקגי מנסים לגלות מי שלח את המעטפה.

פרק 23 ואחרון לעונה. חקירת מותם של שני קצינים בחיל הים מובילה למסקנה שהרציחות הן חלק מתכנית גדולה בהרבה - הכוללת התנקשות בחייו של גיבס.