Měsíc po únosu ředitele Vance je Gibbsovi přisouzena role zastupujícího výkonného ředitele. Mezitím se tým usilovně snaží po celém světě ředitele najít.

Když je námořní poručík nalezen mrtvý ve vířivce, tým vyslýchá jeho podivné sousedy. Torres musí čelit následkům divoké noční jízdy s Palmerem.

Jeden z členů NCIS je nadšen, když tým vyšetřuje explozi před domem námořního poddůstojníka první třídy Todda Nicholase a jeho manželky, hvězdy populární reality show Sheby Nicholasové. Vance pokračuje v léčbě zranění která utrpěl, když byl držen jako rukojmí.

Gibbsova poklidná dovolená v jeho osamocené chatce je přerušena překvapivou návštěvou Tobiasa Fornella a kapitána Philipa Brookse. A také hovorem z NCIS, který mu oznámí, že se v okolních lesích ukrývá zloděj.

Poté co je nalezena padesát let stará nahrávka, kterou po sobě zanechala oběť vraždy, NCIS se snaží ospravedlnit Raye Jenningse, mariňáka, který byl za zločin odsouzen na doživotí.

O Halloweenu, po příchodu NCIS na místo činu, poznává Torres oběť. Byl to jeho kamarád z dob tréninku na federálního agenta. Jimmy se domnívá, že jeho pitevna je posedlá duchy, protože se v ní předměty záhadně přemisťují.

Vyšetřování krádeže malby pouličního umělce a aktivisty dovede NCIS až ke spiknutí týkajícího se dodavatele námořnictva a ochrany mořských savců. Bishopová navazuje zvláštní spojení s pouličním umělcem.

Když je z vězení propuštěn hlavní podezřelý z nevyřešeného a vysoce postaveného případu loupeže, tým NCIS pokračuje ve vyšetřování tajným sledováním.

Plány na prázdniny musí tým odložit stranou, protože musí vyšetřovat vraždu námořního veterána a objevení novorozence, kterého nelze identifikovat a nemá žádné rodiče, kteří by ho pohřešovali.

Ministr obrany Spojených států Wynn Crawford přeruší Gibbsovo vyšetřování vraždy a požaduje, aby byli zvláštní agenti McGee a Torres zatčeni za jejich jednání během případu.

Starý rodinný přítel, desátník John Sydney, poprosí Gibbse, aby se k němu přidal na výlet za hledáním ztraceného válečného náramku. V ochranné vazbě NCIS je známým drogovým dealerem otráven námořní poručík.

Po nalezení podvyživené a zmatené devítileté dívky, ukryté ve skladovací jednotce, NCIS znovu otevírá starý případ zmizelých lidí, protože věří, že dívka je dcerou námořního rekruta, který zmizel před deseti lety. Bishopová odhalí poznámky o případu, který zkoumala agentka Ziva Davidová, přestože NCIS oficiálně vyšetřování zastavila.

Poté co je jedinečné počítačové heslo, které použil jako puberťák, spojeno s vraždou na oddělení obranného transportu, McGee neochotně navštíví svoji střední školu. Případ nabere obrátky, když vetřelec vrazí do McGeeho domu, aby ukradl jeho starý středoškolský počítač.

Tým NCIS vyšetřuje smrt muže, který spadl z námořního torpédoborce do moře. Torres je frustrovaný, protože mu Vance přidělil na výcvik tři středoškoláky.

Jimmy je nucen rozhodnout se mezi rodinou a prací, když ho jeho tchán Ed požádá, aby zfalšoval důkaz v současném případu vyšetřování vraždy. Edův parťák v pokeru, Anthony DiNozzo senior, nabídne týmu, že jim pomůže s případem.

Ředitel Vance dostává zprávu z Pentagonu, že se jaderná ponorka, na které Gibbs a Bishopová vedou vyšetřování vraždy, ponořila do rádiového ticha.

Torres se musí spolehnout na schopnosti vyšetřovacího týmu, protože se probudí na zchátralé rybářské bárce celý pokrytý krví a neschopen si vzpomenout, co dělal posledních 12 hodin.

NCIS hledá aktivního střelce, který začal střílet v v námořní nemocnici, a který následně z místa činu utekl. V nemocnici se objeví někdo z minulosti Sloaneové a je klíčovým svědkem k případu.

NCIS vyšetřuje vraždu majora námořnictva, jehož ostatky byly nalezeny na stavbě, a který byl pravděpodobně zabit 11. září během útoku na Pentagon. Osobní vazby s obětí pohání Gibbse vpřed k vyřešení zločinu.

Kasie zadá DNA vychladlého případu do systému a vyřeší tak 30 let starý případ, ale díra v legislativě může podezřelého osvobodit. McGee navštíví elitní technologickou společnost v Sillicon Valley, která mu nabízí vysoce placenou pozici.

Poté co NCIS najde tajný vládní bankovní účet, který financuje celonárodní síť civilních strážných, se tým musí rozhodnout, kdo funguje jako soudce a porotce.

NCIS vyšetřuje vraždu námořního seržanta, který byl oslavován jako válečný hrdina za činy v zámoří. Gibbs půjde pro radu za doktorkou Grace Confaloneovou, když nezvykle opustí svůj tým na místě činu.

Poté co je jeho dcera Emily hospitalizována po předávkování se opiáty, spojí se bývalý agent FBI Tobias Fornell s Gibbsem, aby dostal drogové dealery a zásobovače v oblasti. Gibbse tíží osobní stránky případu a jeho zkušenosti z historie se spravedlností z vlastních rukou.