הצוות חוזר לעונה 16, כשואנס עדיין נעדר וגיבס ממונה לתפקיד המנהל בפועל בזמן שהצוות מחפש אחר ואנס.

שכניו המוזרים של סגן מחיל הים שנרצח הם החשודים העיקריים בחקירת הירצחו. טורס ופאלמר יוצאים לבלות ומסתבכים.

הצוות חוקר פיצוץ שאירע ליד ביתו של סמל ראשון מחיל הים ואשתו, כוכבת ריאליטי מפורסמת. המנהל ואנס מתקשה לחזור לעבודה.

החופשה של גיבס ביער נקטעת אחרי שפורנל וברוקס מחליטים לבוא לבקר והצוות מיידע אותו על חשוד שמסתובב בקרבת מקום.

הצוות חוקר מקרה רצח שאירע במלחמת וייטנאם לאחר שמתגלות ראיות חדשות המצביעות על כך שמדובר דווקא בהתאבדות ולא ברצח.

הצוות חוקר מקרה רצח כפול ומסתורי בליל כל הקדושים, ומהר מאוד מתגלה שאחד מהנרצחים הוא מכר של טורס מתקופת ההכשרה בבולשת.

ציור קיר של אמן רחוב שנגנב מבנק של הצי מוביל את הצוות לחקור רצח וקנוניה אפשרית.

הצוות חוקר מקרה רצח של גבר שמתגלה בביצה, ומתברר שהיה בקשר עם נחתת ששירתה באפגניסטן והתעלומה מסתבכת.

הצוות חוזר לשוד שבוצע שלוש שנים קודם, לאחר שאחת ממבצעות הפשע משתחררת מבית הכלא והצוות מנסה לגלות מי היה השותף שלה.

הצוות משהה את תוכניותיו לחג המולד לאחר שבחקירת רצח של יוצא חיל הים מתגלה תינוק ללא אמצעי זיהוי.

הצוות מגלה גופת גבר אלמוני בכנס רפואי, ונתיחה שלאחר המוות מעלה את המסקנה שהוא מת עקב שאיפת גז כלור, נשק כימי מסוכן.

חבר ותיק של המשפחה מפציר בגיבס להצטרף אליו לטיול לחפש את צמיד הזיהוי הצבאי החסר.

לאחר שילדה קטנה המתחבאת במחסן מתגלה, הצוות פותח מחדש תיק נעדרת ישן, שלסוכנת המיוחדת זיווה דויד היה עניין אישי בו.

מקגי נאלץ לחזור לתיכון שלו לאחר שמתגלה שסיסמת המחשב שלו מנעוריו קשורה לרצח של עובד במחלקת ההגנה.

כשהמשחתת יואינג חוצה את קו המשווה אחד המלחים מתגלה מת בים ליד המשחתת. האם הוא נרצח בנשק מימי הביניים? הסוכן טורס נאלץ לחנוך שלושה בני נוער ומתקשה לשלוט בהם.

ג'ימי נקרע בין נאמנות לעבודה לנאמנות למשפחה כאשר חותנו מבקש ממנו לחבל בראיות.

גיבס ובישופ חוקרים מקרה מוות בצוללת בדיוק בזמן שהיא מקבלת פקודה לצאת למשימה מסוכנת ולנתק קשר עם העולם החיצון.

טורס מתעורר בסירת דיג נטושה ואינו זוכר דבר והצוות עוזר לו לשחזר את אירועי הלילה הקודם.

הצוות מנהל מצוד אחרי יורה אלמוני שביצע ירי המוני בבית חולים של חיל הים.

הצוות חוקר רצח של קצינה שנהרגה לכאורה בהתקפת הטרור של ה-11 בספטמבר בפנטגון לאחר ששרידיה מתגלים באתר בנייה.

קייסי מפענחת תיק רצח בן 30 שנה, אבל פרט טכני משבש הכול. מקגי מבקר בחברת הייטק גדולה שמציעה לו משרה בשכר גבוה מאוד.

הצוות מגלה שחשבון הבנק סודי של מזכיר ההגנה מממן חיסולים של רוצחים שחמקו מעונש, ומנסה לגלות מי משתמש בחשבון.

פרק סיום העונה. בתו של פורנל מאושפזת בגלל מנת יתר והוא דורש מגיבס לעשות הכול לתפיסת סוחר הסמים. החקירה גורמת לגיבס להתמודד עם השדים שלו.