Miesiąc po porwaniu dyrektora Vance'a, Gibbsowi zostaje przydzielona rola dyrektora pod jego nieobecność, podczas gdy zespół szuka na całym świecie miejsca jego pobytu.

Po tym jak porucznik marynarki wojennej zostaje znaleziony zamordowany w jacuzzi, zespół przeprowadza wywiady z kilkoma rodzinami z sąsiedztwa ofiary.

Zespół bada wybuch przed domem popularnej gwiazdy reality TV. Vance kontynuuje rehabilitację po obrażeniach odniesionych podczas przetrzymywania go jako zakładnika.

Spokojne wakacje Gibbsa w jego odległym domku przerywa niespodziewana wizyta Tobiasa Fornella i Phillipa Brooksa, a także telefon z NCIS z prośbą o pomoc w zlokalizowaniu rabusia ukrywającego się w lesie nieopodal.

Znalezione zostaje 50-letnie nagranie pozostawione przez ofiarę morderstwa, a zespół NCIS próbuje uniewinnić Raya Jenningsa, żołnierza piechoty morskiej odsiadującego wyrok dożywocia za tę zbrodnię.

Po tym jak NCIS przybywa na miejsce zbrodni, Torres rozpoznaje w ofierze dawnego przyjaciela z akademii.

Po kradzieży muralu autorstwa ulicznego artysty i aktywisty, śledztwo NCIS prowadzi do spisku dotyczącego kontrahenta Marynarki Wojennej i bezpieczeństwa ssaków oceanicznych.

McGee i Bishop wyjeżdżają do Afganistanu po tym, jak sprawa morderstwa w Stanach zostaje powiązana z serią żołnierzy zastrzelonych za oceanem.

Kiedy główny podejrzany w nierozwiązanej i głośnej sprawie rabunku zostaje zwolniony z więzienia, zespół NCIS wznawia śledztwo pod przykrywką.

Wakacyjne plany zespołu zostają wstrzymane, gdy w ramach śledztwa w sprawie morderstwa weterana marynarki wojennej zostaje znaleziony noworodek, który nie ma żadnych dokumentów ani powiązań z rodziną.

Sekretarz obrony Stanów Zjednoczonych Wynn Crawford wstrzymuje śledztwo Gibbsa i żąda aresztowania agentów specjalnych McGee i Torresa za ich działania w tej sprawie.

Stary przyjaciel rodziny, kapral armii John Sydney, prosi Gibbsa, by przyłączył się do niego w podróży w poszukiwaniu zaginionej bransoletki z wojskowym identyfikatorem.

Po tym jak niedożywiona i zdezorientowana 9-latka zostaje znaleziona ukrywająca się w magazynie, NCIS ponownie otwiera starą sprawę zaginięcia.

McGee niechętnie odwiedza swoje liceum po tym, jak unikalne hasło do komputera, którego używał jako nastolatek, zostaje powiązane z morderstwem kontrahenta Departamentu Obrony.

Zespół NCIS prowadzi śledztwo w sprawie śmiertelnego wypadku na pokładzie niszczyciela marynarki wojennej.

Jimmy jest rozdarty między rodziną a pracą po tym, jak jego teść prosi go o manipulowanie dowodami z bieżącego śledztwa NCIS w sprawie morderstwa.

Dyrektor Vance zostaje powiadomiony przez Pentagon, że atomowa łódź podwodna, na pokładzie której Gibbs i Bishop prowadzą śledztwo w sprawie morderstwa, zniknęła z radarów.

Torres polega na umiejętnościach śledczych swojego zespołu po tym, jak budzi się na zniszczonej łodzi rybackiej, pokryty krwią i nie pamięta ostatnich 12 godzin.

Po zamknięciu szpitala marynarki wojennej, zespół NCIS poszukuje podejrzanego, który uciekł z miejsca zdarzenia.

NCIS prowadzi śledztwo w sprawie morderstwa majora piechoty morskiej, który prawdopodobnie zginął podczas ataku na Pentagon z 11 września, po tym jak na placu budowy zostają znalezione ludzkie szczątki.

Po wprowadzeniu do systemu DNA z dawnej sprawy, Kasie rozwiązuje sprawę morderstwa sprzed 30 lat, ale luka w systemie prawnym może uwolnić podejrzanego.

Zespół NCIS prowadzi śledztwo w sprawie morderstwa sierżanta piechoty morskiej w Stanach, który za swoje działania za oceanem został okrzyknięty bohaterem wojennym.

Były agent FBI Tobias Fornell błaga Gibbsa, by zrobił wszystko, co konieczne, by złapać dilerów narkotyków w okolicy po tym, jak jego córka, Emily Fornell, trafia do szpitala z powodu przedawkowania opiatów.