Twee maanden nadat Gibbs en McGee voor het laatst gezien zijn, gaat de rest van het NCIS team op zoek naar hun collega's. Vance en Torres worden ondertussen opgeroepen om zich te verantwoorden over wat er in Paraguay gebeurd is.

NCIS wordt erbij geroepen wanneer het lichaam van een vermiste marine luitenant na anderhalf jaar terug wordt gevonden op een kerkhof. Gibbs en McGee moeten een psychische keuring ondergaan alvorens ze weer aan het werk mogen.

Tijdens een surveillance verdwijnt de partner van Torres op mysterieuze wijze. Het onderzoek naar deze verdwijning brengt informatie naar boven over een oude moordzaak.

Vane verwelkomt NCIS special agent Jacqueline "Jack" Sloane die hij zelf heeft geholpen met haar carrière. Het team moet ondertussen de kidnapping van een matroos onderzoeken.

Nadat Reeves ziet dat een vriend van hem ontvoerd wordt, komt het NCIS team erachter dat de hoofdverdachte twee dagen geleden verdwenen is. Een gênante foto van McGee wordt een populaire meme.

Nadat een slachtoffer gevonden wordt, spendeert McGee uren aan het vinden van een getuige. Palmer vraagt of collega's aan een goed doel willen doneren.

Een verdachte voor het NCIS team in een omkopingszaak waar fraude ook een rol in speelt, wordt vermoord aangetroffen. McGee en Delilah worden het niet eens of ze het geslacht van de baby al willen weten.

Het NCIS team zit achter Andre Yorka aan, een internationale wapenhandelaar die recentelijk een MI6 agent vermoord heeft. Delilah bevalt ondertussen drie weken te vroeg.

Torres en Sloane beschermen een Amerikaanse senator in Afghanistan tijdens de feestdagen. Ze moeten terugkeren naar de Verenigde Staten wanneer ze erachter komen dat de zoon van de senator in de problemen zit.

Torres en Bishop gaan undercover als een crimineel koppel. Ze laten zich als duo inhuren voor criminele activiteiten in de hoop hiermee de verdachte te kunnen oppakken.

Een ogenschijnlijk gelukkige en succesvolle luitenant uit de marine wordt dood aangetroffen en het lijkt op zelfmoord. Gibbs besluit de zaak te onderzoeken en interviewt familie en vrienden van de overledene.

McGee en Torres bezoeken het huis van een scholiere die getuige is geweest van een aanrijding. Haar ouders Christopher en Julie Bell vluchten echter met haar dochter. De dochter van Vance wordt opgepakt voor winkeldiefstal.

Nadat het lichaam van een vermiste commandant wordt gevonden, krijgt Gibbs de opdracht samen te werken met privédetective Tobias Fornell om deze zaak op te lossen. Financieel adviseur Albert Hathaway lijkt meer van de zaak af te weten.

De NCIS sluit een deal met Paul Triff, een veroordeelde moordenaar. Ze willen dat Triff teruggaat naar zijn voormalige woonplaats om daar informatie te vergaren over Gabriel Hicks. Gibbs en Fornell zijn namelijk door Hicks belazerd.

Gibbs en het team doen er alles aan om de goede naam van de gepensioneerde marine sergeant John Ross te herstellen. Er is namelijk cyanide gevonden in de honderden pakketjes die Ross naar mariniers stuurt.

Gibbs en Ducky zien een zeer oud oorlogswapen op televisie. Ze menen dat dit wapen de ontbrekende schakel kan zijn in een zestien jaar oude moordzaak. Ze heropenen de zaak naar aanleiding van hun vondst.

Het hoofdkantoor van het NCIS team wordt ontruimd nadat er een lijk gevonden wordt. Naast het lijk wordt er ook bom materiaal aangetroffen. Daarnaast leest het team de kladversie van het boek van Ducky.

Gibbs krijgt de voogdij over de tienjarige vluchtelinge Elena die wees is. Hij is de aangewezen persoon, omdat het kind het doelwit blijkt te zijn van een gewelddadige bende.

Het NCIS team gaat op zoek naar een veroordeelde officier die heeft weten te ontsnappen toen de sheriff die hem naar de gevangenis moest brengen crashte. Torres werkt nauw samen met een blinde getuige die wel heeft kunnen horen wat er gebeurd is.

Sara Carter smeekt Gibbs om de moord op haar moeder te onderzoeken omdat ze ervan overtuigd is dat de lokale autoriteiten de verkeerde man hebben veroordeeld. Abby mag naar een vijfsterrenrestaurant en moet nu bepalen welke collega ze meeneemt.

Er is bewijs opgedoken waaruit blijkt dat één van de teamleden van het NCIS team het nieuwste doelwit is van een huurmoordenaar. De identiteit van deze huurmoordenaar is echter onbekend. Het team moet oude zaken doorspitten om erachter te komen wie het op ze gemunt heeft.

Gibbs bezoekt de herinneringsdienst van een vriend die verloren is geraakt op zee. Hij komt er echter achter dat de vermeende overledene, kapitein Phillip Brooks, nog leeft en zich verstopt in een schuilkelder. Het schip van Brooks werd namelijk aangevallen maar hij wist te ontkomen.

Sloane komt te weten dat de man die haar jaren geleden in Afghanistan gevangen hield en martelde, gewoon levend en wel rondloop in Washington. Vance en Gibbs vrezen dat Sloane er alles aan zal doen deze man te grazen te nemen.