Två månader efter att Gibbs och McGee sist sågs kämpandes mot en grupp rebeller i den Paraguanska djungeln söker deras teammedlemmar fortfarande efter dem. Vance och Torres står inför förhör om vad som egentligen hände under uppdraget i Paraguay.

NCIS kallas när man hittar kroppen tillhörande en försvunnen marinlöjtnant fast i cement. Gibbs och McGee måste klara ett psyktest hos doktor Grace innan de får gå tillbaka till sina reguljära jobb.

Under en storm, som slår ut hela Washington D.C., utreder NCIS-teamet kidnappningen av en sjöman. Torres och Bishop får ge sig ut till sjöss för att hitta bevis.

Efter att Reeves har sett en vän från AA blivit kidnappad upptäcker NCIS-teamet att den huvudmisstänkta har försvunnit ett par dagar tidigare med konfidentiellt, militärt material.

En sergant hittas mördad på en golfbana och McGee tillbringar timmar med offrets långvågsradio för att hitta ett vittne. Palmer ber sina medarbetare att donera pengar för att bygga lekplatser åt barn och Torres överraskar med ett generöst anslag.

Gibbs startar sin egen utredning efter att en dömd brottsling svär på att han har blivit ditsatt. FBI-agenten joinar teamet.

En person misstänkt för inblandning i en mut- och bedrägerihärva hittas mördad av en joggare som hörde en konstig röst. McGee och Delilah tycker olika om de ska ta reda på barnets kön eller låta det vara en överraskning.

En vapenhandlare vid namn Andre Yorka, som nyligen mördat en MI6-officer, jagas. Abby kör Delilah till sjukhuset när tvillingarna i hennes mage vill ut, tre veckor för tidigt.

Torres och Sloane sköter säkerheten för en amerikansk senator i Afganistan under ledigheten men måste återvända till Amerika när de får reda på att senatorns son ligger på intensiven.

Torres och Bishop går under täckmantel, som ett kriminellt par tillgängliga för arbete, när NCIS försöker spåra en illegal drogliga.

En tillsynes glad och lycklig marin löjtnant verkar ha tagit sitt liv och Gibbs och hans team gör en grundlig utredning.

Efter att McGee och Torres gjort ett hembesök hos en högskoleelev, som bevittnat en smitolycka, flyr elevens föräldrar med henne. Vances dotter åker fast för snatteri.

Efter att kroppen tillhörande en saknad marin befälhavare återfunnits, ger Vance Gibbs order att jobba med före detta FBI agenten Tobias Fornell, nu privatdetektiv, som var inhyrd för att hitta befälhavaren.

NCIS gör en överenskommelse med den dömde mördaren Paul Triff, och ger honom en 48-timmars permission i sin tidigare hemvist, nu McGees hem, i utbyte mot information som kan leda till en dom på hans före detta kompis, Gabriel Hicks.

Teamet jobbar med att rentvå en pensionerad marinofficer, som skickat omsorgspaket med kakor innhållandes cyanid till en utlandsstationerad marinsoldat.

Gibbs och Ducky ser ett antikt vapen på tv som skulle kunna vara det saknade vapnet i ett 16 år gammalt ouppklarat mordfall.

NCIS huvudkontor måste evakueras efter att en kropp och bombmaterial hittas på taket. Teamet får läsa det första utkastet till Duckys bok.

Gibbs ansvarar för att skydda en 10 år gammal föräldralös flykting, Elena, som NCIS listar ut är måltavla för ett våldsamt gäng.

NCIS letar efter en underofficer som misstänks för brott men som flytt under en transport där fordonet kraschat i en sjö. Torres jobbar nära Annie Barth, ett huvudvittne som är blind men som har hört saker som kan vara viktiga bevis i ett fall.

En dotter ber Gibbs att utreda mordet på hennes mamma, då hon tror att fel man har blivit dömd. Abby vinner en middag på en restaurang i en iglo.

När bevis visar att en NCIS-lagmedlem är en hitmans senaste mål, måste laget söka igenom gamla fallfiler för att avgöra vem som söker hämnd.

När Gibbs deltar i minnesstunden för en vän som försvann ute till sjöss, upptäcker han att vännen har gömt sig i ett skyddsrum efter att hans båt attackerades och han simmade i land.

Sloan är fast övertygad om att mannen som höll henne fången i Afganistan fortfarande är i livet. Vance och Gibbs befarar att Slone är villig att riskera allt för att omintetgöra denna man.