Sono trascorsi due mesi dalla scomparsa degli agenti Gibbs e McGee. Il team fa di tutto per scoprire quale sorte e' toccata ai due colleghi.

L'NCIS indaga sulla morte di un tenente della marina, di cui si erano perse le tracce da tempo; Gibbs e McGee devono sottoporsi a una valutazione psicologica prima di riprendere a lavorare.

Quando un poliziotto in incognito ricompare all'improvviso, dopo aver simulato la morte dieci anni prima, la squadra vuole vederci chiaro.

La squadra dell'NCIS e l'agente speciale Jacqueline Sloane, recentemente trasferita, indagano sul rapimento di un marinaio, avvenuto durante una violenta tempesta.

Reeves assiste al rapimento del suo amico. La squadra dell'NCIS scopre che il principale indiziato è scomparso. Inoltre, una foto privata di McGee adolescente diventa di dominio pubblico.

Un sottufficiale viene trovato assassinato. McGee cerca di individuare un testimone chiave per la sua indagine. Inoltre, Palmer chiede ai colleghi una donazione per un ente di beneficenza.

Un criminale, già condannato dalla giuria, sembra essere stato incastrato in un caso di omicidio. Gibbs decide di indagare per scoprire quale sia la verità.

La squadra deve far luce sulla morte di una persona coinvolta in un giro di corruzione e frode. Inoltre, McGee e Delilah non hanno ancora deciso se scoprire il sesso del bambino.

Un trafficante di armi internazionale, Andre Yorka, ha assassinato un ufficiale dell'MI6, nonche' amico molto caro di Sloane. Intanto, Delilah e' costretta ad andare in ospedale con urgenza.

Durante le vacanze, Torres e Sloane si occupano della protezione di un senatore in Afghanistan. Una drammatica circostanza, però, li costringe e a rientrare negli Stati Uniti.

Per sventare una truffa, Torres e Bishop lavorano sotto copertura come una coppia di abili criminali.

Un avvocato del JAG e tenente della Marina viene trovato morto dai suoi genitori. Si pensa subito a un suicidio. Il capitano Bud Roberts collabora con la squadra nelle indagini.

Il corpo del Comandante James Willis, scomparso una settimana prima mentre si trovava in visita alla madre, viene rinvenuto nel bagagliaio di un furgone rubato. Il giorno del mancato rientro del marito, la vedova, Sarah, aveva ingaggiato un investigatore privato per scoprire che fine avesse fatto James. L'uomo è una nostra vecchia conoscenza: T.C. Fornell, ex agente dell'FBI (la guest star Joe Spano). I rapporti tra Gibbs e Fornell, come ben sappiamo, non sono idilliaci e la convivenza nel corso delle indagini si rivelerà complicata. Gli indizi raccolti riveleranno un collegamento tra il caso e lo svolgimento di un processo che ha attirato l'attenzione dei media.

Il team di Gibbs indaga sulla morte di un marine con l’aiuto dell’ex agente fbi Fornell divenuto investigatore privato.

Al Distretto sono tutti convinti che Hicks sia stato scarcerato per errore e che Gibbs e Fornell ne siano i responsabili. Per accelerare le indagini, l'N.C.I.S. stringe un accordo con un altro pluriomicida.

Gibbs e la squadra lavorano per cancellare il nome del sergente maggiore in pensione John Ross quando del cianuro viene trovato in uno delle centinaia di pacchetti di assistenza che invia ai marine attivi.

Gibbs e Ducky stanno guardanto la TV e vedono un ospite maneggiare un reperto di 200 anni che potrebbe avere a che fare con un caso irrisolto vecchio di dieci anni.

Una giornata apparentemente noiosa viene scossa da un'esplosione sul tetto degli uffici dell'NCIS, con tanto di cadavere.

L'NCIS cerca un sottufficiale sospettato di aggressione in fuga quando lo sceriffo che lo trasporta si schianta contro un lago. Inoltre, Torres lavora a stretto contatto con Annie Barth, una testimone chiave cieca che ha ascoltato le prove vitali necessarie per risolvere il caso.

Sara Carter chiede a Gibbs di indagare sull'omicidio di sua madre, poiché ritiene che le autorità locali abbiano condannato l'uomo sbagliato. Inoltre, Abby riceve una prenotazione per la cena per due persone in un nuovissimo ristorante a cinque stelle in un igloo e deve decidere quale collega merita andare con lei.

Quando l'evidenza rivela che un membro del team NCIS è l'obiettivo finale di un sicario, il team dovrebbe cercare negli archivi di vecchi casi per determinare chi sta cercando vendetta.

Mentre Gibbs assiste al funerale di un amico disperso in mare, scopre che il defunto Capitano della Marina Phillip Brooks si è nascosto in un rifugio antiaereo dopo che la sua nave è stata attaccata e potrebbe nuotare fino a riva.

Sloane insiste sul fatto che un uomo che l'ha tenuta in ostaggio e l'ha torturata anni fa in Afghanistan, e che si credeva fosse morto dopo il suo salvataggio, è vivo e in DC. Inoltre, Vance e Gibbs temono che Sloane sia disposto a rischiare tutto per distruggere quest'uomo.