Dos meses después de que Gibbs y McGee fueran vistos por última vez luchando contra un efusivo grupo de rebeldes en una selva de Paraguay, el equipo de NCIS en DC busca incansablemente a sus colegas desaparecidos. Además, Vance y Torres son convocados a una audiencia en el Congreso sobre las consecuencias de la misión de Paraguay.

NCIS es llamado para investigar cuando el cuerpo de un teniente de marina que desapareció hace un año y medio es localizado por los empleados del cementerio mientras están reubicando ataúdes en la propiedad.

Durante una vigilancia con de departamento de policia de Metro, el socio de Torres desaparece misteriosamente. La investigación posterior, conduce a NCIS a nuevas pruebas de un asesinato de hace una década.

Una nueva Agente Especia se incorpora al equipo de NCIS Jacqueline "Jack" Sloane, una psicólogo forense que presionó para trasladarse de California a la sede. Además,durante, una tormenta que provoca un apagon en Washington, el equipo NCIS investiga el secuestro de un marinero, que envía a Torres y Bishop al mar para rastrear las pruebas.

Después de que Reeves vea a su amiga siendo secuestrada, el equipo de NCIS descubre que el principal sospechoso desapareció hace dos días con información militar confidencial. Además, una foto vergonzosa de la adolescencia de McGee se convierte en un meme popular.

Después de encontrar a un Suboficial asesinado en un campo de golf, McGee pasa horas en el equipo de radio-aficionado de la víctima tratando de localizar a un testigo clave. Además, Palmer les pide a sus compañeros de trabajo que donen a una organización benéfica que construye parques infantiles para niños de todas las capacidades, y Torres los sorprende con su generosidad.

Después de que un delincuente convicto jura que la agencia NCIS lo acusó de asesinato hace una década, Gibbs comienza su propia investigación, comenzando con una nueva autopsia por parte de Ducky. Además, el Agente Senior del FBI Fornell, se une al equipo, ya que fue el investigador principal en el caso original del FBI y el NCIS.

Una persona de interés para el NCIS en un caso de soborno y fraude es encontrado muerto después de que una corredora fuera llevada a su cuerpo por una voz extraña. Además, McGee y Delilah no están de acuerdo sobre si averiguar el sexo del bebé o si debe ser una sorpresa.

Los planes de Acción de Gracias del equipo se detienen mientras rastrean a un evasivo traficante de armas internacional en D.C. que recientemente asesinó a un oficial del MI5 que era amigo cercano de Sloane. Además, Abby lleva a Delilah al hospital cuando su parto comienza tres semanas antes.

Mientras Torres y Sloane dirigen detalles de protección para el Senador estadounidense John Phillips en Afganistán durante las vacaciones, deben regresar urgentemente a los estados después de escuchar que el hijo del senador está en la UCI. Además, Gibbs y el equipo investigan el altercado que causó lesiones graves al hijo del senador.

Después de que una aparentemente feliz y exitosa Teniente del JAG se quite la vida, Gibbs y el equipo llevan a cabo una investigación exhaustiva, entrevistando a familiares y amigos de su pasado y presente.

Después de que McGee y Torres visitaran la casa de una estudiante de secundaria que fue testigo de un atropello y huida, sus padres, Christopher y Julie Bell, huyeron con su hija, dejando al NCIS en la estacada. Además, la hija de Vance es arrestada por hurto en tiendas.

Después de encontrar el cuerpo de un Comandante de la Marina desaparecido, Vance ordena a Gibbs y al equipo que trabajen con el ex agente del FBI Tobias "T.C." Fornell, el investigador privado que fue contratado para localizarlo. Además, Bishop y Torres entrevistan al asesor de inversiones convicto Albert Hathaway cuando la víctima está vinculada a su altamente publicitado juicio.

El NCIS llega a un acuerdo con el asesino convicto Paul Triff, dándole un permiso de 48 horas en su residencia anterior, ahora la casa de McGee, a cambio de información que puede condenar a su ex compañero de celda, Gabriel Hicks, el asesino que engañó a Gibbs y Fornell.

Gibbs y el equipo trabajan para limpiar el nombre del Sargento de Marina retirado John Ross cuando se encuentra cianuro en uno de los cientos de paquetes de ayuda que envía a Marines en servicio activo.

Gibbs y Ducky están viendo la televisión cuando ven al anfitrión manejando un bastón de guerra de 200 años que podría ser un estar relacionado con un caso sin resolver de hace una década.

Las oficinas centrales del NCIS son evacuadas cuando el equipo descubre un cuerpo y un detonador en el tejado de la sala de común. Además, el equipo lee el primer borrador del libro de Ducky.

A Gibbs se le concede la custodia de protección de una refugiada huérfana de 10 años, Elena, cuando un caso del NCIS revela que es el blanco de una pandilla violenta.

El equipo persigue a un fugitivo, sospechoso de haber cometido un crimen, que huyó cuando el sheriff que lo transportaba sufrió un accidente en un lago. Mientras, Torres colabora con un testigo ciego que oyó algo crucial para resolver el caso.

Sara Carter le ruega a Gibbs que investigue el asesinato de su madre, ya que cree que las autoridades locales condenaron al hombre equivocado. Además, Abby recibe una reserva de cena para dos personas en un flamante restaurante de cinco estrellas en un iglú y tiene que decidir qué compañero de trabajo merece ir con ella.

Cuando las pruebas revelan que un miembro del equipo del NCIS es el último objetivo de un asesino a sueldo, el equipo debe buscar en los archivos de casos antiguos para determinar quién está buscando venganza.

Mientras Gibbs asiste al servicio fúnebre de un amigo perdido en el mar, descubre que el difunto Capitán de la Armada, Phillip Brooks, se ha escondido en un refugio antiaéreo después de que su barco fuera atacado y pudiera nadar hasta la orilla.

Sloane insiste en que un hombre que la retuvo como rehén y la torturó hace años en Afganistán, y que se creía que murió tras su rescate, está vivo y en DC. Además, Vance y Gibbs temen que Sloane esté dispuesta a arriesgar todo para destruir a este hombre.