In Paraguay wird eine Hand gefunden. Wie sich herausstellt, stammt sie von Petty Officer Matthew Dean, den die Ermittler vom NCIS daraufhin für tot halten, zumal weitere Körperteile gefunden werden.

Auf der USS McGuire wird Petty Officer Third Class Gregory Jones eine Überdosis Ecstasy ins Essen gemischt, woraufhin er stirbt. Doch der Mordanschlag galt eigentlich jemand anderem: seinem CO Commander Bitterman.

Gemeinsam mit der britischen Polizistin Dawson ermittelt der NCIS im Fall des toten Marines Tanner. Als wenig später auch noch Dawsons Kollege Cole ermordet wird, vermutet Gibbs einen Zusammenhang zwischen den beiden Fällen.

Durch den Mord an einem Navy Corporal, der sich mit der Biker-Gang Rosewood Boyz eingelassen hatte, wird Torres mit seiner Vergangenheit konfrontiert: Er operierte einst Undercover in der Gang und schaffte es - teils mit fragwürdigen Methoden - den Boss ins Gefängnis zu bringen.

Ein Computervirus legt die Rechner und Smartphones des NCIS lahm. Erst, wenn ein Lösegeld gezahlt wird, gibt der Absender des Virus die Geräte wieder frei.

Reeves will sich wieder für einen hoch gefährlichen Auftrag melden, aber nach einem Gespräch mit Gibbs entscheidet er sich dagegen.

Lieutenant Laura Ellison liegt mit Krebs im Endstadium im Krankenhaus. Ihr Vater, ein alter Bekannter von Gibbs, bittet diesen um Hilfe. Ein Protégé von Laura verschwand im Dienst und wurde getötet.

In McGees Wohnung, die früher Tony gehörte, wird eingebrochen. McGee erschießt einen der beiden Täter und verletzt den anderen. Louis Cole, der erschossen wurde, hat von einem Häftling im Gefängnis den Tipp bekommen, dass in der Wohnung der Schlüssel zum Reichtum läge ...

Die Untersuchung des Mordes an Commander Turner bringt Gibbs und sein Team wieder auf die Spur von Chen, den reichen Geschäftsmann, der unter Terrorverdacht steht. Ihm ist aber nichts nachzuweisen.

Earl von der Homeland Security überzeugt Abby endlich, für ihn mit einem Expertenteam an einem Szenario für einen Terroranschlag zu arbeiten, um im Ernstfall die Gefahr schnell eindämmen zu können.

Mike Kettering ist verzweifelt: Seine Frau, Petty Officer Maya Kettering, wurde ermordet. Gibbs und sein Team nehmen die Ermittlungen auf und holen sich Unterstützung vom Sherlock-Konsortium, dem auch Tony DiNozzo Senior angehört.

Jimmy, der sich mit Ducky um die Leiche kümmert, entdeckt Ryan draußen auf dem Sims eines Hauses im siebten Stockwerk. Ohne nachzudenken sprintet er los und klettert raus, um mit ihm zu reden.

Gibbs hat vor Jahren versucht, eine Terrorgruppe unschädlich zu machen. Bis auf Bodie entkamen damals alle. Jetzt trifft Gibbs auf Bodie, will den Fall abschließen und ermittelt undercover.

Die Operation Willoughby ist eine Gemeinschaftsaktion mehrerer Geheimdienste, um den Geschäftsmann Chen zu schnappen, der Terrorakte begeht, um sich weiter zu bereichern. Reeves hat sich Undercover als Pilot in Chens engsten Kreis einschleusen lassen.

Der Navy Captain Green wurde ermordet. Er wurde verdächtigt, brisante Geheimdaten verkauft zu haben. Gibbs und sein Team stellen fest, dass der Verdacht gegen Green unbegründet war. Doch bei den Ermittlungen stossen sie auf eine Verbindung zu Ducky, beziehungsweise zu seiner Mutter ...

Weil sie einen Navy-Stützpunkt schließen will, hat die Abgeordnete Jenna Flemming einige Feinde. Als ihr Assistent Max Sanders in einem Pool ertrinkt, ordnet Vance Personenschutz für sie an.

Der Militär-Imam Commander Derrick Reza wird ermordet aufgefunden. Er war früher als Seelsorger in Guantanamo und wollte dem dort unschuldig einsitzenden Amir Hassan zur Freiheit verhelfen.

Der Ex-Marine Victor Medina beobachtet den Mord an einem Navy-Angehörigen - und verschwindet von der Bildfläche. Der NCIS sucht ihn fieberhaft, denn er gilt als tatverdächtig. Bald wird jedoch klar, dass er nicht der Täter ist.

Petty Officer Kelly Ristow wird entführt und in einen Keller gesperrt. Ihr gelingt die Flucht und sie fährt zum Flughafen, wo sie ihren Mann Chris treffen soll. Der Plan ist, das Land zu verlassen.

MI6-Inspektor Clayton Reeves ist gerade in Philadelphia, als dort ein Navy-Angehöriger erschossen wird. Reeves, der in Philly seinen verschwundenen Partner Finley sucht, alarmiert Gibbs' Team.

Auf der "USS Hoover" wird der Lieutenant Vivian Mills umgebracht. Momentan sind viele Zivilisten auf dem Schiff, da die Navy gerade eine Fahrt mit den Angehörigen der Besatzung organisiert hat.

Navy Sergeant Erin Hill sprang vom Dach ihres Wohnhauses, was auf einem Überwachungsvideo dokumentiert ist: anscheinend ein Selbstmord. Doch erst vor kurzem starb in dem Haus auch ein Mann.

James Bruno wurde während eines Klassentreffens mit einem vergifteten Nikotinpflaster getötet. Gibbs findet heraus, dass er einer Diebesbande angehörte, die gemeinsam Raubzüge begingen.

Auf eine Navy-Anwältin wird ein Attentat verübt. Gibbs und seine Leute finden heraus, dass die Attacke in Zusammenhang mit dem NCIS-Agenten Torres steht, der seit einigen Monaten als verschollen gilt.