当一名海豹突击队队员在一次未经批准的旅行中失踪时，吉布斯、麦基和托雷斯前往巴拉圭一个无人居住的地区，那里挤满了暴力叛军。

Novomanželé a ekologičtí nadšenci najdou v řece v Paraguayi lidskou ruku. Krátce nato se nedaleko najdou další části rozřezaného těla. Ohledáním se zjistí, že by se mohlo jednat o rotmistra Deana, člena zvláštního oddílu SEAL. Ale když Abby provede analýzu DNA, zjistí, že jen ruka patřila rotmistru Deanovi. Zbytek těla byl rotmistra Hudsona, který byl členem stejného zvláštního oddílu jako Dean. Gibbs spolu s McGeem a Torresem odletí do Paraguaye, aby Deana našli. To se jim sice podaří, ale Dean odmítá odletět dřív, než splní svou misi. Chce osvobodit syna muže, který jeho týmu zachránil život. Gibbs zalarmuje vojenskou podporu a přebírá misi. Chlapce zachrání, ale vrtulník odlétá uprostřed přestřelky s rebely bez Gibbse a McGeeho.

In de jungle van Paraguay wordt de hand van een onderofficier gevonden.

When a Navy SEAL vanishes during an unsanctioned trip, Gibbs, McGee and Torres travel to an unpopulated area in Paraguay that's teeming with violent rebels.

Gibbs, McGee et Torres se rendent dans une région éloignée au Paraguay, contrôlée par un groupe de rebelles violents, dans le but de localiser un Navy SEAL disparu lors d'un voyage non autorisé.

In Paraguay wird eine Hand gefunden. Wie sich herausstellt, stammt sie von Petty Officer Matthew Dean, den die Ermittler vom NCIS daraufhin für tot halten, zumal weitere Körperteile gefunden werden.

בסיום מותח לקראת סוף העונה, חלקי גופתו של חייל קומנדו מתגלים בפרגוואי. גיבס, מגי וטורס נוסעים לשם כדי לאתר את חבריו ולהבין מדוע הפרו פקודה ונסעו לשם.

Il team indaga sul corpo depezzato di un Navy Seal rinvenuto in Paraguay. Quando si scopre che i militari scomparsi sono due, gli accertamenti del Dottor Mallard e di Abby permettono di capire che il corpo è di uno dei due, ma una mano è del secondo. Lo stesso viene ritrovato, ancora vivo, mediante l’uso di un satellite. Gibbs, McGee e Torres partono alla volta del Paraguay per recuperare il soldato. Qui scoprono che questi, con il compagno, aveva in programma di attaccare un campo base di un gruppo di violenti ribelli, per liberare tre ragazzini del posto, rapiti per essere trasformati in bambini soldato, Tra questi il figlio di un contadino che, in occasione di una loro precedente missione in quella zona, aveva salvato la vita alla squadra Seal. Gibbs decide di portare a compimento la missione privata del Navy Seal, prima di salire sull’elicottero che li esfiltrerà. La squadra attacca il campo dei ribelli e recupera i tre ragazzi, ma la cosa si dimostra più complicata del previsto: la squadra si apre la strada verso la zona di atterraggio inseguita dai ribelli e per permettere all'elicottero di decollare Gibbs e McGee, che sta per diventare padre, restano a terra a coprire il decollo, a corto di munizioni, circondati dai ribelli armati, mentre l’elicottero con a bordo Torres si allontana...

Gibbs, McGee e Torres viajam para uma área remota do Paraguai, controlada por rebeldes, na tentativa de localizar um oficial desaparecido durante uma operação não autorizada.

Gibbs, McGee și Torres călătoresc într-o regiune periculoasă din Paraguay după ce sunt descoperite părți din cadavrul unui membru al trupelor SEAL dispărut.

La temporada termina con Gibbs, Mcgee y Torres viajando a un área remota de Paraguay controlada por un violento grupo de rebeldes. Alli intentarán encontrar a un SEAL de la marina desaparecido.

Gibbs, McGee och Torres åker till en avlägsen plats i Paraguay, som kontrolleras av rebeller, i ett försök att hitta en försvunnen SEAL-soldat.