Gibbs vyšetřuje případ exploze osobního auta. Posádku tvořili manželé Campbellovi s dcerou. Manžel při nehodě zahyne, manželka leží v nemocnici v kómatu. Vyšetřování odhalí, že bratr paní Campbellové je Nicky Torres, který pracuje v utajení jako agent NCIS. Torres se snažil najít důkazy na Lea Silvu, který už léta uniká před spravedlností. Byl ale odhalen a Silva se ho chystá zabít. Gibbs hledá náhradu za Tonyho. Místo ve svém týmu nabídne Nickovi Torresovi i Alex Quinové, která měla dosud na starosti výběr a trénink nových agentů.

Další případ přivede agenty NCIS na školní setkání s bývalými spolužáky. Došlo zde k potyčce mezi frajerem Jimem a slušňákem Nealem. Celou věc vyprovokoval Jim, ale Neal si s ním překvapivě poradil. Ukáže se, že Neal pracuje pro NCIS. Vyšetřování odhalí, že Jim byl členem zlodějské party, která vykrádala domy po celém městě. Co ovšem v případu nehraje, je fakt, že muž před svou smrtí umístil do skříňky bombu a podle všeho se chystal zabít padesát svých spolužáků. A když se ukáže, že Jim při jedné ze svých posledních vloupaček ukradl obraz za milion dolarů, případ se ještě více zkomplikuje.

Gibbs vyšetřuje případ zdánlivě jasné sebevraždy. Psychiatrička Grace Confaloneová, která měla dotyčnou poslední měsíc v péči, ale trvá na tom, že byla spáchána vražda. Má totiž důvěrné informace, protože oběť byla její pacientkou. Ale protože ctí lékařské tajemství, nemůže mu prozradit víc. Torres zjistí, že by případ mohl mít souvislost s nedávným úmrtím starého souseda, který, jak se ukáže, měl sbírku zlata a vzácných mincí.

Na palubě torpédoborce Hoover jen nalezeno tělo poručíka Vivian Millsové. Gibbs a Quinnová se vydávají na loď, zatímco zbytek týmu vyšetřuje případ z kanceláře. Abby najde v odpadcích z lodi zbytky dronu, které by s případem vraždy mohly souviset. Detektivové vyšetřují posádku a civilisty, kteří se této plavby účastnili. Když se ukáže, že jeden z civilistů na palubu nenastoupil, ale na seznamu posádky je podepsaný, Gibbsovi dojde, že mají na palubě podvodníka. Souvisí ale jeho přítomnost na lodi s vraždou Vivian?

Gibbsův tým osloví agent MI6 Clayton Reeves. Hledá ve Philadelphii svého parťáka, Masona Finleyho, který zmizel při vyšetřování pašeráckého gangu. Quinnová a Bishopová se vydávají do Philadelphie, zatímco zbytek týmu vede vyšetřování z DC. Když je nezvěstný agent nalezen, Abby a Torres narazí na zvláštní věc, která v případu nesedí.

Gibbs vyšetřuje případ únosu mladé námořní rotmistryně. Té se ale podaří únosci utéct. Krátce nato je však nalezen její manžel v kufru svého auta zastřelený. Stopa vede k právnické firmě, kde manžel pracoval jako noční ostraha. Jaké je však překvapení, když Abby zjistí, že manžel byl ředitelem fiktivní firmy se sídlem na Kajmanech s majetkem ve výši tří milionů dolarů. Stopa se tedy vrací zpět k právnické firmě a jejím společníkům.

Tým vyšetřuje smrt námořníka zavražděného během nepovedené loupeže v obchodě. Svědek Victor Medina se marně snaží dopadnout pachatele. Vzápětí se ukáže, že Medina je bývalý mariňák mexické národnosti. A právě rozruch kolem případu na něj upozorní imigrační úřad. Ten je povinen ho kvůli nešťastné rvačce v baru deportovat. A tak Gibbsův tým řeší dilema. Musí navzdory svému přesvědčení předat imigračnímu člověka, který toho pro USA udělal víc než rodilý Američan.

Gibbsův tým vyšetřuje záhadnou autonehodu. Řidič byl totiž v okamžiku srážky už čtyři hodiny mrtvý. Jednalo se o vojenského kaplana poručíka Rezu, který před lety působil v detenčním táboře v Guantánamu. Stopa vede tedy tam. Bishopová s překladatelem Qasimem zjistí, že jeden z vězňů je ve věznici držen neprávem. Někdo totiž změnil přepisy jeho výpovědí a právě poručík Reza se mu snažil pomoct a dostat ho na svobodu.

Kongresmanka Flammingová najde na přední sedačce svého auta mrtvou krysu s drsným vzkazem, že příště je na řadě ona. Vance se proto rozhodne přidělit jí ochranku, než bude případ vyšetřen, ale kongresmanka to tvrdošíjně odmítá. Když je ale její asistent nalezen v motelovém bazénu mrtvý, je nucena si přiznat, že jí skutečně hrozí nebezpečí. S vraždou zřejmě souvisí fakt, že kongresmanka nedávno podepsala uzavření vojenské základy nedaleko městečka, kde se mrtvý asistent našel.

Na skládce je nalezeno tělo kapitána Greena a v jeho kapse se najde lístek s adresou Duckyho domu, ve kterém léta žil se svou matkou Victorií. Tým zjistí, že kapitána Greena vyšetřovala inspekce kvĘuli prodeji tajných vojenských informací, a Ducky se vrací do svého mládí, kdy si jeho matka našla tajemného Balthazara a zasnoubila se s ním. Obojí spolu zdánlivě nesouvisí, ale ukáže se, že právě postava Balthazara je klíčem k vyřešení případu.

Vance společně s krizovým štábem složeným z několika zpravodajských agentur rozjíždí operaci Willougby, která se už měsíce připravuje. Jejím cílem je získat důkazy proti teroristovi jménem Chen, který byl až dosud velmi ostražitý. Clayton se infiltruje do Chenova letadla jako druhý pilot, aby mohl s pomocí sdílecího zařízení stáhnout z Chenova laptopu klíčové důkazy. Ale Chen ani nenastoupí a letadlo vybuchne. Clayton jen stěží vyvázne živý. Odposlechy potvrdí, že Chen o celé operaci věděl, dá se tedy předpokládat, že má v NCIS svého člověka.

Gibbs sedí ráno ve svém oblíbeném bistru, když zahlédne muže, který před lety se svým bratrem ukradl nukleární palivové články. Gibbs se tehdy v utajení infiltroval do skupiny, ale články se mu najít nepodařilo. A nyní se nečekaně otevřela nová šance. Tým tuší, že něco není v pořádku, když Gibbs nedorazí do práce, a tak po něm začnou pátrat. Brzy si Gibbse se starým případem spojí a vydají se mu na pomoc. Ale když je Gibbs nečekaně odhalen, dojde jim, že pachatel musel od někoho získávat interní informace. Je tedy třeba najít krysu.

Ryan a jeho otec kapitán Smith se hádají v autě. Když otec vystoupí, aby vybral peníze z bankomatu, je sražen jiným řidičem, který z místa nehody ujede. Gibbs a jeho tým přijíždí na místo činu, když si Palmer všimne, že na římse budovy stojí nějaký muž a chystá se skočit. Tím mužem je Ryan. Dává si za vinu otcovu smrt a chce spáchat sebevraždu. Palmer bez rozmýšlení vyleze na římsu a snaží se mladíka přesvědčit, aby neskákal. Během dlouhé noci, kterou na římse prožijí, se mu Palmer svěří s velmi nečekaným tajemstvím.

Gibbs vyšetřuje smrt mladé rotmistryně, která byla nalezena uškrcená ve svém domě. Zdrcený manžel je právě na cestě ze San Franciska, Gibbs tedy vysílá své dva agenty, aby ho přímo na letišti vyzvedli. Tým sleduje stopu možného vloupání, ale když se ukáže být liché, Gibbs se vrací ke své teorii, že vrahem by mohl být manžel. Ten má však neprůstřelné alibi. Prokazatelně seděl v době vraždy v letadle. Nečekaný vhled do celého případu vnese DiNozzo senior...

Do obtížné situace se dostane Abby, když je přistižena policií, jak klade bombu do velké haly, kde se má odehrávat koncert. Přistoupila na požadavek jiné vládní agentury, která měla údajně simulovat teroristické činy za účelem vývoje preventivních opatření skutečných teroristických útoků. Tým se snaží Abby pomoct a zahajuje své vyšetřování celé události. Je jasné, že klíčovou osobou v celém případu je Earl Goddard, který měl celou simulaci vymyslet a řídit. Goddard je však nezvěstný. O několik hodin později je ale nalezen mrtev v opuštěné dodávce.

V domě je nalezeno tělo poručíka Turnerové. Na první pohled zřejmá sebevražda, jenomže McGee zjistí, že někdo ženu vydíral, a proto spáchala sebevraždu. Stopa vede ke starému radiovysílači, kde se tým nečekaně srazí s Bishopovou a Reevsem, kteří potají dál vyšetřují případ Chen. Zdá se, smrt poručíka souvisí s Chenovým plánovaným teroristickým útokem. Gibbs se rozhodne Chena zatknout, ale kongresmanka Flemmingová mu prozradí, že se Chen domluvil na spolupráci s CIA, a je tudíž v tuto chvíli nepostižitelný. Bishopová si však jde pro svou pomstu, a tak neposlechne rozkaz a vydá se Chena dostat na vlastní pěst.

Agent McGee se vrátí domů a v jeho bytě jsou zloději. McGee jednoho z nich zastřelí, druhý uteče. Bishopová přijde s teorií, že by to mohlo souviset s patnáct let starým případem, kdy původní majitel ve svém bytě zabil a rozkrájel své tři kumpány, za což si nyní odpykává doživotní trest. A jak se ukáže, její teorie je správná. Je třeba ale zjistit, co zloději v bytě hledali. K překvapení všech je pod podlahou v McGeeho ložnici už patnáct let ukrytá mrtvola vlivného lobbisty podezřelého z krádeže jihoafrických diamantů za desítky milionů dolarů.

Gibbse navštíví jeho starý přítel generál Charles Ellison s prosbou, aby pomohl jeho dceři Lauře, která v nemocnici umírá na rakovinu. Laura se Gibbsovi svěří, že její přítel rotmistr Collins před časem údajně vypadl při misi z lodi, ale ona je přesvědčená, že nešlo o nešťastnou náhodu, a žádá Gibbse, aby to znovu prošetřil. Gibbs do případu zapojí celý tým a brzy se ukáže, k čemu na palubě vojenské námořní lodi došlo.

Při příjezdu skupiny veteránů vietnamské války do města dojde k náhlému úmrtí jednoho z pomocníků, kteří jim dělali doprovod. Ducky během pitvy zjistí, že muž byl otráven botulotoxinem. Krátce nato je nalezeno tělo mladé ženy otrávené stejným způsobem, stopy tým zavedou k firmě nakupující z Asie podlahové krytiny. Bishopová a McGee se doslechnou, že Quinnová a Torres spolu měli ve výcvikovém středisku románek, a rozhodnou se tomu přijít na kloub, přestože to Quinnová a Torres sveřepě popírají. Clayton požádá o účast na další nebezpečné misi. Gibbs brzy pochopí, že se za vším skrývá Claytonova samota.

Poté, co viceadmirál Chase otevřel e-mail od sestry, napadl jeho laptop virus. Hecker žádá 500 dolarů za dešifrovací klíč, aby se admirál dostal ke svým datům, jinak budou navždy ztracena. A tak Chase požádá McGeeho o pomoc. Odmítá se nechat vydírat. Ale když mu McGee poradí, aby raději zaplatil, admirál pošle virus do jeho smartphonu a od něj se nakazí zařízení celého týmu. Vance a Gibbs tedy souhlasí, že se případu ujmou. Když se ale v jezeře najde expert na viry, který měl týmu s pátráním pomoci, úplně zmrzlý na kost, Gibbsovi dojde, že tu jde o mnohem víc než jen o počítačový virus.

Gibbsův tým vyšetřuje smrt námořního desátníka, zastřeleného a pohozeného u silnice. Brzy se ukáže, že desátník měl dluhy z hazardu, vstoupil do gangu, který si říká Rosewood Boys. A právě tento gang Torres před pěti lety společně se svým kamarádem Roycem rozprášil. Jenomže jak se zdá, někdo ho dal opět dohromady, a Torres musí zjistit kdo. Když mu ale zavolá anonym, že chce dvě stě tisíc výměnou za mlčení o tom, co Torres před pěti lety dělal, začne mít Torres o pachateli jasno.

Na letadlové lodi je nalezen mrtvý mariňák. Palmer s Gibbsem letí vyzvednout tělo, ostatní se chystají strávit klidný den v kanceláři. Klid ale naruší zmizení námořníkovy mrtvoly. Rázem je jasné, že nemohlo jít o nešťastné úmrtí. McGee a Delilah zatím připravují svatbu. Vše je velmi hektické a Delilah náhle zkolabuje. Zoufalý McGee stráví celou noc v nemocnici, aby se dozvěděl, že nevolnost jeho nastávající způsobilo těhotenství. Když se večer všichni sejdou na McGeeho pozvání v jejich bytě, dozvědí se nejen o brzkém přírůstku do rodiny, ale také to, že se McGee a Delilah v jejich přítomnosti rozhodli vzít.

Novomanželé a ekologičtí nadšenci najdou v řece v Paraguayi lidskou ruku. Krátce nato se nedaleko najdou další části rozřezaného těla. Ohledáním se zjistí, že by se mohlo jednat o rotmistra Deana, člena zvláštního oddílu SEAL. Ale když Abby provede analýzu DNA, zjistí, že jen ruka patřila rotmistru Deanovi. Zbytek těla byl rotmistra Hudsona, který byl členem stejného zvláštního oddílu jako Dean. Gibbs spolu s McGeem a Torresem odletí do Paraguaye, aby Deana našli. To se jim sice podaří, ale Dean odmítá odletět dřív, než splní svou misi. Chce osvobodit syna muže, který jeho týmu zachránil život. Gibbs zalarmuje vojenskou podporu a přebírá misi. Chlapce zachrání, ale vrtulník odlétá uprostřed přestřelky s rebely bez Gibbse a McGeeho.