Gibbs' Leben hängt nach dem Attentat durch Luke am seidenen Faden. Während er operiert wird, heften sich Tony und Joanna Teague an die Fersen von Daniel Budd, der eine Kinder-Terrorgruppe steuert.

Gibbs wird von seiner Vergangenheit eingeholt: Bei den Ermittlungen in einem Mordfall trifft er auf den Sohn des NCIS-Agenten Kurt Mitchell. Der starb, als er Gibbs' Frau und Tochter schützen wollte.

Eigentlich wollte sich Navy-Major Newton mit Gibbs und Tony treffen, um mit ihnen über brisante Informationen zu sprechen. Dann wird er ermordet. Eine Spur führt zu Captain Hudson und seiner Frau.

Nachdem er ein illegales Wettbüro ausgeraubt hat, stirbt der junge Seaman Dokes bei einem Autounfall. Er hatte eine Drogenüberdosis im Blut, die ihm unbemerkt der Besitzer des Wettbüros verabreicht hatte.

Navy Captain Doblin wird ermordet aufgefunden. Ducky stellt fest, dass er organisch gesund war, aber gegen psychische Probleme Medikamente genommen hat. Die Spur führt zu Celodyne Pharmaceuticals.

Petty Officer Meyers wird mit einem präzisen Schuss in die Brust getötet. Der NCIS vermutet zunächst den Tri-State-Sniper, einen Serienkiller, hinter der Tat, da einige Indizien darauf hinweisen. Abby entlarvt diese Indizien aber als Schwindel.

Die Familie Hayes hat es nicht leicht: Sohn Michael sitzt seit 16 Jahren wegen Mordes im Gefängnis - zu Unrecht, wie er behauptet. Nun wurde auch noch sein Vater Runyan ermordet.

Im Südsudan betreiben Ärzte und Navy-Angehörige eine Krankenstation, um der Bevölkerung zu helfen. Als Rebellen die Einrichtung überfallen, werden der Chefarzt Dr. David Woods und die Krankenschwester Joni Ryan entführt.

Das Team muss einen Kriminalfall neu aufrollen: Hat Petty Officer Kyle Friedgen wirklich seine Ex-Freundin ermordet? Seine Frau traut ihm die Tat zu, weswegen seine Anwältin ihn an den NCIS verweist.

Lieutenant Alex Quinn liegt im Sterben. Er hat Leukämie. Eine Knochenmarkspende könnte ihn retten. Sein Bruder Sean käme vielleicht als Spender in Frage, doch er ist spurlos verschwunden. Gibbs und sein Team sollen ihn aufspüren, denn die Zeit drängt.

Ducky wird von einem Mann angegriffen, der angeblich Informationen bezüglich seines Halbbruders hat, der vor einigen Jahrzehnten verstorben ist. Ducky begint daraufhin in Erinnerungen zu schwelgen.

Abbys Adoptivbruder, der Koch ist, sollte auf dem Flug des Industriellen Jenner in dessen Privatjet für Verpflegung sorgen. Der Flug sollte von New Orleans nach D.C. gehen, doch eine Panne passiert.

Das Crossover geht weiter mit NCIS: New Orleans S02E12 Staatenlos.

Die Leiche von Navy Seaman Ramos wurde auf einer Müllkippe gefunden. Bei der Autopsie stellt sich heraus, dass unter ihrer Achsel ein Mikrochip implantiert war. Das kommt Bishop bekannt vor.

Der Ex-Navy-Soldat Diego de la Rosa, der mit Kollegen Unterwassercontainer erforschen sollte, die die Lagerung von Gütern auf dem Meeresboden ermöglichen, kommt in der Dekompressionskammer zu Tode.

Sarah Porters Tochter Megan wird entführt. Gibbs und seine Leute finden heraus, dass der Ex-Söldner Dixon und die Lebensgefährtin von Porters Ex-Mann Richard in die Entführung verwickelt sind.

Die Petty Officers Finn und Shor geraten auf ihrer Patrouille mit Waffendieben aneinander. Finn wird erschossen, Shor verletzt. Die Diebe entkommen. Am Tatort treffen Gibbs und sein Team auf den ATF-Agenten Kitt, der die Bande schon eine ganze Weile jagt.

Petty Officer Muldoon bittet in der Notrufzentrale um Hilfe. Er und eine Bekannte melden einen Todesfall auf der Strasse. Angeblich hat der Verstorbene die Frau angegriffen, woraufhin Muldoon ihn erschossen hat.

Gibbs und sein Team ermitteln in einem Mordfall, der sich im Irak ereignet hat. Dort wurde unter anderem ein Navy Petty Officer mit einem Gewehr erschossen, das nach einem Feuergefecht abhandenkam.

Der Journalist Laurence Jennings wurde in seinem Haus ermordet. Gibbs und Co. bekommen es mit zwei Verdächtigen zu tun: Jennings' Geliebte und seine Frau bezichtigen sich gegenseitig der Tat.

Jemand erpresst in Tonys Namen drei Senatoren. Zudem bedienen sich die Kriminellen seines Dienstausweises und seiner Kreditkarte. Wie sich herausstellt, agieren drei Erpresser mit seiner Identität.

Die britischen Häftlinge Cassio Chavez und Jacob Scott kamen in einem Frachtcontainer aus Europa in die USA und sind nun spurlos verschwunden. Eine Spur führt in eine Lasertag-Arena, deren Besitzerin sie mit Waffen und Geld versorgte - und schließlich sterben musste.

Der 14-jährige Henry hat den Einbrecher Doyle bei sich zu Hause ertappt und auf ihn geschossen. Doyle, der fliehen konnte, wollte den Jungen ausschalten, da dieser ihn bei einem Mord beobachtet hat.

Jessica Terdei ist tot, Fornell liegt schwer verletzt im Krankenhaus - und Gibbs ist mit seinem Team unter Hochdruck auf der Jagd nach Jacob Scott. Im Zuge ihrer Ermittlungen treffen sie auf den Ex-CIA-Mitarbeiter Trent Kort, der seine Hilfe anbietet.

Es stellt sich heraus, dass Jacob Scott einer Verleumdungskampagne zum Opfer fiel und in Wahrheit Trent Kort hinter allem steckt. Gibbs und sein Team setzen alles daran, den Mann zu finden.