Gibbs y McGee viajan a Rusia para escoltar a un ingeniero informático del NCIS que tiene conexión con una información clasificada. Pero su misión se ve comprometida y se ven obligados a salirse fuera de la red mientras son perseguidos por un grupo de mercenarios rusos. Mientras tanto, el equipo de D.C. utiliza frenéticamente cada contacto activo e inter-agencia que tienen en un intento de localizar a los miembros desaparecidos.

Cuando un Teniente de la Marina es asesinado cuando se dirigía a una reunión privada con el Presidente, el equipo del NCIS debe determinar si el asesinato fue parte de una corriente reciente de asaltos en la zona o un golpe dirigido a mantener información en secreto.

Cuando un caso del NCIS revela una conexión con el distanciado mejor amigo de la infancia de Ducky, él y la Agente Especial Bishop viajan a Londres para entrevistarse con la familia y compañeros de trabajo de su amigo. Una vez allí, Ducky se encuentra recordando las decisiones que tomó en su pasado y el consiguiente impacto que tuvieron en su vida adulta.

La Secretaria de la Marina asigna el equipo del NCIS a una unidad conjunta contra el terrorismo después de que una científica de investigación Naval sea asesinada y el sospechoso principal buscado por el gobierno Ruso. Con el fin de avanzar en el caso, Gibbs hace que DiNozzo interfiera con el líder de la fuerza conjunta, la agente del FBI Leia Pendergast.

Durante un ejercicio conjunto de entrenamiento en el mar de la Guardia Costera y el NCIS, Gibbs y la Agente Borin del CGIS detectan a un hombre fallecido en el agua, quien se descubre que era un miembro de la tripulación desaparecido de un barco a 60 millas náuticas de distancia. Al abordar el barco para interrogarles, Gibbs se encuentra en un buque que ha sido tomado por piratas.

El equipo del NCIS debe determinar si el asesinato de la esposa de un Comandante de la Marina está vinculado a su profesión como terapeuta o es un acto de terrorismo después de encontrar el nombre del Comandante en una lista de objetivos yihadista. Mientras tanto, el equipo comenta sobre disfraces de Halloween y los últimos hábitos de citas de Tony.

Después de investigar el asesinato de un sargento mayor retirado, el equipo del NCIS descubre una organización benéfica fraudulenta que se aprovecha de los que buscan personal militar desaparecido en combate. Mientras tanto, Bishop se lamenta por los resultados de la evaluación de su periodo de prueba, y Tony contempla la adopción de un gato callejero que le siguió a casa.

Mientras que el equipo del NCIS investiga la causa de un accidente con fuga que resultó en la muerte de un Suboficial, Gibbs busca una manera de ayudar a una ex sanitaria de la Marina, que ha servido dos campañas médicas en Afganistán, cuando es acusada de proporcionar ilegalmente asistencia médica a las víctimas del accidente.

Estando aislados en el aeropuerto Dulles, debido a las inclemencias del tiempo, DiNozzo, Bishop y su marido Jake trabajan un caso del NCIS que implica una amenaza terrorista en los aeropuertos del noreste durante la oleada de viajes de Acción de Gracias.

El equipo del NCIS consulta con tres ciber-terroristas que encarcelaron tras un corte de Internet en toda la ciudad la semana antes de Navidad. Además, McGee reflexiona sobre el caso y las infames reglas de Gibbs mientras escribe una sentida carta a su padre.

El equipo del NCIS debe investigar una serie de escenas del crimen que parecen ser recreaciones de casos anteriores. Además, dos de las ex mujeres de Gibbs, una de las cuales el equipo aún no conoce, se presentan en la escena del crimen para discutir algo importante con él.

El equipo del NCIS va tras un terrorista estadounidense cuando una misión de rescate en Siria revela que un americano estuvo involucrado en la captura de una trabajadora social. Mientras tanto McGee y Bishop se preguntan por el raro comportamiento de DiNozzo.

Gibbs y el equipo investigan la muerte del primer Teniente de la Marina que reconoce abiertamente ser gay y que va a recibir la Medalla de Honor

DiNozzo regresa a la academia militar a la que asistió de joven por el asesinato de un Marine y exalumno que es encontrado agarrado a la foto de un estudiante actual. Además, Bishop y su marido invitan Gibbs y al equipo a una cena especial.

El equipo del NCIS sospecha que el archienemigo de Gibbs está detrás de una explosión en una cumbre global contra el terrorismo. Gibbs elige no participar en la investigación con el fin de ayudar a un Fornell afligido, cuya vida está al borde de la implosión tras el asesinato de su esposa.

Una identidad secreta creada para uno de los casos encubiertos de Gibbs de hace 20 años reaparece cuando se encuentra una víctima de asesinato que vive bajo ese alias.

Un cuadro valioso y raro ha sido cambiado por una falsificación. El padre de DiNozzo tiene que compartir sus contactos y conocimientos sobre el mercado negro del arte con el equipo.

Cuando el cuerpo de una ladrona es descubierto en la casa de un Marine, el equipo del NCIS descubre una tarjeta del grupo terrorista que Delilah y Departamento de Defensa han estado siguiendo.

El asesinato de un Suboficial da una pista de un caso en que Gibbs y DiNozzo han estado trabajando durante dos años.

DiNozzo tiene que trabajar con su novia la agente especial Keates del departamento ATF. El caso que están investigando revela que el arma del crimen fue comprada por este departamento para una operación especial.

Gibbs y Bishop viajan a Afganistán tras el asesinato de un Marine en Washington D.C. que está vinculado a un grupo terrorista que tiene a otro Marine como rehén en el extranjero. Además, DiNozzo está molesto de que McGee sea elegido para ser la nueva cara del NCIS para todos los folletos de reclutamiento.

El Agente Especial Ned Dorneget de operaciones cibernéticas del NCIS ayuda al equipo cuando un alférez de la Marina que trabajó en la Oficina de Inteligencia Naval es asesinado. Además, el equipo descubre que Jake y Gibbs se han convertido en buenos amigos.

El NCIS aúna esfuerzos con otras agencias a nivel internacional para luchar contra "La Llamada" cuando se confirma que este nuevo grupo terrorista internacional que se dedica a reclutar niños a través de la red, ha comprado minas S en el mercado negro.

El NCIS investiga incansablemente a un grupo terrorista internacional que está reclutando adolescentes a través de Internet. Se produce un atentado mortal en el extranjero con una sorprendente y emotiva perdida para el equipo.