גיבס ומקגי יוצאים להחזיר איש סוכנות ממוסקבה. העניינים מסתבכים כאשר המסוק שלהם מותקף ומתרסק ועליהם להגיע לגבול פינלנד כשבעקבותיהם טרוריסט מסתורי המבקש לחסל אותם.

גופה של קצין מהצי מתגלה סמוך לבית הלבן. מסתבר שהנרצח היה בדרכו לדבר עם הנשיא. גיבס והצוות צריכים לברר האם הרצח נבע מהקשר עם הנשיא או מבעיות בחיי הנישואין של הנרצח.

ד"ר מלארד נזכר בעברו כשהוא ובישופ מגיעים לאנגליה בחיפוש אחר פתרון לתעלומת רצח של אדם אנגלי בוירג'ינייה שהחזיק ברשימת חיילים מתים מהצי והיה בדרכו למסור אותה לדוקטור.

בזמן שהצוות משתתף בתרגיל יחד עם אביגייל בורין ממשמר החופים, גיבס מזהה אדם במים, מה שמוביל אותו לספינה אחרת ובמהרה הוא מגלה שהיא נחטפה ע"י פיראטים.

אשתו של לוחם ביחידת "אריות הים" נרצחת וצוות אן-סי-איי-אס מגלה שהיא הייתה פסיכולוגית פלילית, שביקרה לאחרונה רוצח סדרתי בכלא כדי להתייעץ עמו בקשר למטופל אחר.

במהלך חקירת רצח של רס"ר בדימוס מחיל הנחתים, גיבס והצוות מגלים שמותו קשור למוות של נחת אחר שנהרג במלחמת ווייטנאם וגופתו מעולם לא נמצאה.

חובשת לשעבר מהצי מטפלת בפצועים בתאונת פגע וברח, המשטרה עוצרת אותה מפני שהגישה טיפול רפואי ללא רישיון וגיבס והצוות מתגייסים כדי למצוא את הנהג שגרם לתאונה ולהציל את החובשת ממאסר.

בערב חג ההודיה, דינוזו ובישופ תקועים בנמל התעופה בוושינגטון עקב סופת שלגים. גיבס מודיע להם שישנה התראה על פיגוע טרור בנמל התעופה, ואדם המתחזה למאבטח מוטס מוביל אותם אל האיום האמיתי.

במכתב לאביו לכבוד חג המולד, מקגי מתאר תיק שבו הוא ושאר הצוות חוקרים האקרים מורשעים כדי למצוא את האחראי למתקפת סייבר על וושינגטון הבירה.

הצוות חוקר מספר זירות רצח שנראות כמו שחזורים של תיקים קודמים. בינתיים, שתיים מהגרושות של גיבס מגיעות לזירת רצח כדי לדבר אתו על משהו חשוב.

גיבס והצוות יחד עם הסוכן פורנל יוצאים למצוד אחר אמריקני שהצטרף לארגון טרור בסוריה ושב כעת לאדמת ארה"ב.

כשלוטננט מהצי נרצח, גיבס והצוות חוקרים את המקרה בחשד שנרצח על רקע היותו הומוסקסואל. בינתיים ברינה עומדת ללדת וג'ימי מתקשה להתמודד.

דינוזו חוזר לפנימייה הצבאית שבה היה חניך אחרי שחייל מחיל הנחתים ובוגר הפנימייה נמצא מת כשצילום של אחת החניכות בידו, בינתיים, בישופ ובעלה מחליטים להזמין את הצוות לארוחת ערב.

גיבס והצוות ממשיכים במצוד אחר הטרוריסט הרוסי סרגיי מישנב לאחר ששני חיילים בצי נהרגים בפיצוץ, בינתיים הסוכן פורנל מתקשה להתמודד עם מותה של גרושתו וגיבס נרתם לעזרתו.

זהות בדויה שהומצאה עבור גיבס כשעבד כסוכן סמוי לפני 20 שנה צפה מחדש לאחר שמתגלה גופתו של אדם שהשתמש בה.

לאחר שמתגלה גופה של לוטננט בלשכה של אדמירל מהצי, החקירה מובילה את הצוות למצוד אחר ציור גנוב שבתוכו מכשיר האזנה שהושתל ע"י טרוריסטים. אביו של טוני מצטרף לחקירה.

לאחר שגופתה של גנבת מתגלה בביתו של נחת, הצוות מגלה כרטיס ביקור של ארגון טרור שדלילה ומשרד ההגנה עוקבים אחריו. הדבר גורם למתח ביחסים בין מקגי ודלילה כשהם נאלצים לשתף פעולה.

רצח של נגד מהצי מספק קצה חוט על פיגוע בלתי מפוענח בנמל תעופה שקרה לפני 40 שנה ושגיבס ודינוזו חקרו מבלי לגלות על כך לשאר הצוות, מה שיוצר מתחים חדשים בין חברי הצוות.

דינוזו מצוות לחברתו, הסוכנת זואי קיטס מ-איי-טי-אף לאחר שמתגלה שכלי הרצח בחקירה של אן-סי-איי-אס נרכש במסגרת מבצע שנוי במחלוקת של האיי-טי-אף. בינתיים, טוני האב חוזר לעיר כדי לפגוש את חברתו של בנו.

גיבס ובישופ מגיעים לאפגניסטן לאחר שחקירת רצח מובילה אל ארגון טרור המחזיק נחת בשבי. טוני כועס כשהוא מגלה שמקגי זכה בתפקיד "הפנים של אן-סי-איי-אס" ויופיע על עלוני הגיוס של הסוכנות.

הסוכן דורנגט ממבצעי סייבר עוזר לצוות לאחר שקצינה צעירה שעבדה ביחידת הסייבר של המשרד למודיעין ימי נמצאה מתה. בנוסף, חברי הצוות מגלים שג'ייק וגיבס הפכו לחברים טובים.

תיק הסייבר של אן-סי-איי-אס הופך למאמץ בינלאומי למציאת "התכלית", ארגון טרור המגייס ילדים דרך האינטרנט, שהחל לרכוש מוקשים ישנים בשוק השחור.

בפרק סיום העונה, הצוות ממשיך בחקירה קדחתנית בניסיון לחשוף את ארגון הטרור "התכלית", שמגייס ילדים דרך האינטרנט וכעת אחראי לפיגוע במלון בקהיר ולאובדן מפתיע וכואב עבור חברי הצוות.