Po explozi v budově hotelu, které padne za oběť Clayton Jarvis, se změní Parsonsův pohled na Gibbse a jeho tým. Domnívá se, že se je kdosi pokouší zlikvidovat. Mezitím Tony a McGee na vlastní pěst vyšetřují případ, který může ohrozit jejich životy.

Tony míří do Izraele, aby našel Zivu. Ona po smrti svého otce už nechce žít jako agentka. Díky tomu si Tony uvědomí, co k Zivě skutečně cítí, a pokouší se ji přemluvit k návratu. Gibbs se svými lidmi pokračuje v honu na muže zodpovědné za bombový útok a smrt Claytona Jarvise. Analýza bombových částic je přivede ke společnostem, jejichž vlastníkem je Mendez. Gibbs ho najde a zastřelí chvíli před tím, než stihne odpálit další bombu. Poté jsou všechna obvinění proti Gibbsovi a jeho lidem stažena.

Námořní nadporučík nelegálně nakoupil výbušniny a plánuje vyhodit do povětří loď, na kterou byl převelen. Pronajme si k tomu letadlo, které je schopno létat, aniž by ho zachytily radary. Naštěstí McGee přichází s úžasným nápadem využít k hledání letadla Twitter a jeho uživatele, kteří je ihned informují ve chvíli, kdy jim stroj přeletí nad hlavou. McGee má v průběhu případu opravdový problém, nemůže totiž najít své doklady a v případě ztráty mu hrozí velký trest. Nakonec mu doklady přináší sám Vance a díky nápadu s Twitterem je McGeemu prominut i trest.

V bytě je nalezeno tělo ženy silně poleptané kyselinou. Obětí by měla být četařka Patricia Morenová. Ta ale před několika lety zahynula při výkonu služby v Afghánistánu. Gibbsův tým zjistí, že jsou do USA pašovány afgánské ženy, kterým by jinak v rodné zemi hrozila krevní msta. V Americe dostanou totožnost mrtvých vojákyň, aby mohly vést poklidný život. Někdo ale vyzradí novou totožnost těchto žen, a ty se tak ocitají na seznamu nájemného vraha. K informačnímu úniku došlo nejspíš v azylovém domě kousek od Kábulu, a tak se tam Gibbs a McGee vydávají, aby zdroj toho úniku vypátrali.

V baltimorském parku je zastřelen námořní poddůstojník Andrew Wells. Tony trpí spánkovým deficitem a má pocit, že začíná mít halucinace. Na místě činu vidí muže, kterého znal z dob, kdy sloužil jako strážník v Batlimoru. Jde o zlodějíčka Antona Markina, kterého před patnácti lety přiměl ke spolupráci s policií. Jeho úkolem byla infiltrace do ruské mafie. Byl však prozrazen a šroubovákem ubodal jednoho z gangsterů. Od té doby je na útěku. Na místě činu je nalezena jeho DNA, ta oba dva případy spojí dohromady.

Michael Dawson, který se pokusil zabránit krádeži, se stal obětí vraha. Jenže v průběhu pátrání se Gibbsovi ozve otec, který mu sděluje, že musejí jet za Walterem Beckem, dávným známým z války. Ten mu kdysi zachránil život a nyní umírá. Gibbs senior prý dosud neměl příležitost mu za svůj život poděkovat. Gibbs tedy přenechává případ McGeemu a DiNozzovi a je k dispozici svému otci...

Dodávka rotného Dunna na základně v Quantiku srazí mladou důstojnici, která následkům zranění podlehne. Majitel má ale neprůstřelné alibi, s kterým se svěří své právničce a tím ji zaváže k mlčenlivosti. Byl totiž o 60 km dál a vraždil. Jeho auto tedy musel ukrást někdo jiný. Gibbs musí oba případy vyřešit, aniž by prozradil, že od Carrie dostal tip.

Na brífinku uspořádaném Sarah Porterovou bezpečnostní síť odhalí neoprávněně vysílaný signál. Místnost je okamžitě uzavřena. McGee kontroluje prostor, zatímco DiNozzo prověřuje čtyři zástupce smluvních stran, kteří se brífinku zúčastnili. Nic neobjeví, dokud se DiNozzo nepřiblíží k samotné Porterové. U ní se najde pero a v něm odposlouchávací zařízení. Porterová není schopna říct, kde k peru přišla. Gibbs se spojí s Národní bezpečnostní službou a k případu si přibere agentku Bishopovou. Ta se osvědčí, a tak se Gibbs rozhodne, že si ji nechá jako nového člena svého týmu.

Gibbs vyšetřuje vraždu námořníka. U jeho těla je nalezen mobil a na něm řada nepřijatých hovorů z místního hotelu. Když tam Gibbs se svým týmem dorazí, najdou v pokoji Fornella s jeho bývalou ženou Diane. Mobil patřil Dianině příteli Eddiemu. Ten, jak se ukáže, je tajný agent, který se infiltroval do skupiny vykrádající banky. Mrtvý námořník jim měl dělat řidiče.

V nemocnicích začínají přibývat děti s vysokými horečkami a dýchacími obtížemi. V první chvíli panují obavy, že by mohlo jít o bioterorismus, protože všichni pacienti jsou děti vojenského personálu působícího na vojenských základnách v okolí Washingtonu. Aby byla epidemie zastavena, je třeba najít zdroj nákazy. Gibbs na to nasadí všechny své lidi a začíná závod s časem. Vance navštíví Lamar Addison, otec jeho mrtvé ženy, který před mnoha lety opustil rodinu. Vance mu to má za zlé, ale Lamar přehodnotil svůj život a chce se sblížit se svými vnoučaty.

V parku je zastřelen námořní rotmistr Coyne. Svědci vypověděli, že střílelo jakési záhadné letadlo. Ukázalo se, že to byl bezpilotní letoun Angelus, který se zřítil při útoku na výcvikový tábor hledaného teroristy Benhema Parsu v Pákistánu. Parsa letoun našel a propašoval do Spojených států, kde plánuje další teroristický útok. Gibbs na případu spolupracuje se svou bývalou přítelkyní Hollis Mannovou. Přes veškerou snahu k útoku dojde a Parsa opět uniká.

Gibbs, Tony a Bishopová najdou kulku, na níž je DNA řidiče, kterého Gibbs během Parsova útěku zranil. Abby muže identifikuje jako Bašira Malika, který je podezřelý z terorismu už hodně let. Nikdo mu však nikdy nic nedokázal. Když se najde auto, v kterém Parsa unikl, Abby zjistí, že bylo upravené. Místo nádrže byla namontovaná skrýš na přepravu lidí. Mc Gee se vrací do práce, ale doktorka Cranstonová o něj má obavy. Má pocit, že se nevypořádal dobře se zprávou, že Delilah na následky svých zranění ochrnula.

Gibbsův tým dál pátrá po Parsovi. Bishopová je přesvědčená, že se Parsa chystá vrátit do Pakistánu, protože se blíží výročí úmrtí jeho rodičů. Od Parsova bodyguarda zjistí základnu, kde se údajně skrývá. Vance tam ve spolupráci s armádou vyšle zásahový tým. Ten muže dopadne a převeze na letadlovou loď. Když ho přímo na lodi Bishopová vyslýchá, podaří se mu zneškodnit stráže a chystá se spáchat sebevraždu. S sebou chce vzít na onen svět i Bishopovou. Gibbs ji zachrání a po skončení mise nabízí Bishopové stálé místo agentky ve svém týmu v NCIS.

Dva sprejeři hodí z okna plechovky s barvou a zasáhnou dodávku. Ta havaruje, řidič uteče a uvnitř se najdou vojenské bezpečnostní vesty. Když Abby provede analýzu, zjistí, že vesty jsou vadné. Výrobce tvrdí, že při jejich likvidaci dodržel veškeré předpisy.

Tony se ve městě setkává se svým otcem. Ten mu chce oznámit důležitou novinku, ale jsou přerušeni, když se Tony vrhne za falešným námořním poručíkem. Muž na něj vytáhne zbraň a Tony ho zastřelí. Ukáže se, že se jednalo o soukromého vyšetřovatele. Stopa vyšetřovatele zavede až do Capitolu k senátorce O’Harové, která předsedá rozpočtovému výboru a chystá se předložit návrh na zrušení některých amerických přístavů v Asii.

V budově, kde se má konat koncert pro vojáky, vybuchne bomba a zabije dva lidi. Ukáže se, že exploze sloužila pouze k tomu, aby koncert musel být přeložen na vojenskou základnu v Pax River, odkud se před lety ztratily desítky milionů. Pachatel si tam peníze ukryl a nyní se je chystá vyzvednout.

V přístavišti je nalezeno tělo kongresmana Dana McLana, který byl kdysi agentem NCI a součástí Federální pětky, kde působili i agenti Gibbs a Pride. Když je nalezena další oběť zavražděná stejným způsobem, vyšetřovatelé pátrají ve starých případech vražd, u jejichž vyřešení kdysi stála právě Federální pětka. Zdá se, že Gibbs a Pride mají co dočinění s napodobitelem.

Pride je přesvědčený, že nové vraždy jsou prací Lortova fanouška. Gibbs si tím není tak jistý. Lorta až do své smrti trval na své nevině. A když se ukáže, že Dan McLane bral celé roky úplatky za mlčení, je jasné, že Lorta byl skutečně nevinný a pravý vrah je stále na svobodě. A nyní podniká kroky, aby je svedl ze stopy. Tým začne prověřovat příspěvky na McLanovu volební kampaň a stopa je přivede k největšímu dárci Josefu Henlonovi.

Delila objeví šifrovaný mail, který souvisí s případem bombového útoku v Budapešti, při kterém měl údajně zahynout agent NCIS Kit Jonas. Když se o tom ale zmíní své šéfce, ta další šetření rázně utne. A tak se Delila obrátí na Gibbse, aby celou věc prošetřil. Agent Jonas pracoval na likvidaci stránek na webu. Když ale Gibbs zjistí, že agent Jonas nezemřel, začne to vypadat, že se z něj stal dvojitý agent a přešel na stranu provozovatele stránek. Pak ale Abby přijde se zjištěním, že agent Jonas je držen někde v zajetí.

Na ulici je nalezeno tělo námořního důstojníka. Ducky při ohledání zjistí, že muž zemřel na následky krevního výronu, který utrpěl během barové rvačky. Pří výslechu jeho spolubydlícího vyjde najevo, že před pár týdny ohlásil znásilnění své kolegyně z lodi. K případu je povolána agentka Cabotová z divize pro rodinné a sexuální násilí. Napadená důstojnice však odmítá spolupracovat. Nechce se k celé věci vracet, ale jak se později ukáže, někdo z posádky znásilňuje ženy už pěkně dlouho. A Gibbs to nenechá jen tak být.

Na Gibbse se obrátí jeho bývalý kolega mariňák, aby mu pomohl najít válečného fotografa Martina Roua. Ten v Afganistánu pořídil fotografii nadporučíka Waterse těsně poté, co zastřelil afgánského civilistu. Fotografie byla v USA zveřejněna, Waters byl obviněn a postaven před vojenský soud. Martin Roe měl vypovídat jako hlavní svědek. Jenomže v den procesu zmizel. Gibbsův tým ho našel pár dní nato ve slamu. Byl mrtvý, údajně se předávkoval drogami. V jeho fotoaparátu byly fotografie z poslední reportáže, kterou chystal. Měla být o veteránech, kteří skončili bez domova na ulici. A nejčastěji se na fotografiích objevuje záhadný muž se psem.

Tony je vyslán do Francie, aby tam na pobočce NCIS vyzvedl admirálovu dceru Amandu a přivezl ji zpátky. Když ale dorazí na místo, všichni agenti jsou mrtví a Amanda nikde. Gibbs zatím se zbytkem týmu vyšetřuje vraždu muže nalezeného v septiku. Ukáže se, že muž měl ve svém laptopu tajné složky z ministerstva obrany. A když Gibbs zjistí, že mrtvý muž byl Amandiným spolužákem na vysoké, je mu jasné, že spolu oba případy souvisejí.

Gibbs se dozvídá nečekanou zprávu, že jeho otec měl mrtvici a zemřel. Odjíždí zařídit pohřeb. Tým zatím vyšetřuje požár na letadlové lodi, která přepravovala vězněné teroristy. Dvěma z nich se při požáru podařilo uprchnout. Jedním z nich je bývalá pravá ruka teroristy Parsyho. Bratrstvo pochybností je po Parsyho smrti zcela finančně zdecimované, a tak si najde nového spojence, drogového dealera Riveru, který sedí ve vězení a je znám svou nenávistí vůči Gibbsovi.