בפרק הראשון לעונה, פיצוץ במהלך אירוע בוושינגטון הבירה גורם לפרסונס לשנות את זווית הראיה שלו בנוגע לצוות אן-סי-איי-אס. דינוזו ומקגי חוקרים את המקרה כאזרחים.

טוני מגיע לישראל, נחוש לגלות מה עלה בגורלה של זיווה. בינתיים, גיבס והצוות ממשיכים במרדף אחר פרסה ורשת הטרור המתרחבת שלו.

צוות אן-סי-איי-אס נעזר בטוויטר כדי למצוא קצין צי שנעלם. בו בזמן, מקגי מאבד את התג ותעודת הזהות שלו אבל מסתיר את המידע מגיבס ומהרשויות.

רצח של אישה שהתחזתה לחיילת שנהרגה באפגניסטן מוביל את גיבס למקלט אפגני לנשים שנוהל בעבר על ידי מייק פרנקס.

דינוזו חוזר לימים שבהם היה שוטר במשטרת בולטימור כשהוא מזהה עבריין מתיק עליו עבד 15 שנה לפני כן בזירת רצח של חייל בצי ארה"ב.

סוכני אן-סי-איי-אס משתפים פעולה עם יחידת החקירה של משמר החופים כדי לחקור פיצוץ מסתורי על אסדת קידוח נפט. בינתיים, איש לא מוגן מפני תעלוליו של המותח המסתורי שמסתובב במשרדי הסוכנות.

לאחר שגיבס עוזב במהלך חקירה כדי לעזור לאביו לחדש קשר עם טייס שהכיר במלחמה, טוני ומקגי נאבקים ביניהם על הובלת חקירת הרצח של סמל מחיל הנחתים.

צוות החוקרים נאלץ לבחון מחדש תאונת פגע וברח כאשר סוכנת אף-בי-איי לשעבר, שכעת עובדת כעורכת דין, מגלה לגיבס שהאליבי של הלקוח שלה מוצק. בינתיים, התנהגותו של טוני מעוררת את חשדו של מקגי.

לאחר שמתגלה שמישהו צותת למזכירת הצי במהלך תדרוך חשאי, האנליסטית מהסוכנות לביטחון לאומי, אלי בישופ, שחזתה את התרחיש בדו"ח שכתבה שנתיים לפני כן, מצטרפת לחקירה של צוות אן-סי-איי-אס.

סיבוכים צצים כאשר צוות אן-סי-איי-אס מגלה קשר בין קרבן רצח והחבר הנוכחי של אשתו לשעבר של גיבס והסוכן פורנל. סוכנת הסוכנות לביטחון לאומי, האנליסטית אלי בישופ, מנסה להסתגל לעבודתה החדשה.

לאחר שמחלה מסתורית תוקפת ילדים של חיילים, גיבס והצוות חוקרים את המקרה. אבי וג'ימי חוברים למרכז הרפואי לחקר מחלות של הצי כדי לגלות את מקור המחלה, מתוך תקווה למצוא תרופה.

כשמתגלה שמל"ט שנגנב קשור למחבל החמקמק פרסה, צוות אן-סי-איי-אס חובר למשרד ההגנה בתיאום עם חברתו לשעבר של גיבס, הוליס מאן, כדי לאתר את המל"ט לפני שיעשה בו שימוש בקנה מידה רחב יותר.

בניסיון למצוא את הטרוריסט פרסה, גיבס והצוות מאתרים את אחד משותפיו באמצעות איות מפיגוע המל"ט. בינתיים, מקגי המזועזע מתקשה להסתגל להשלכות האירוע.

רצח של איש אבטחה בנמל חושף את מיקומו האפשרי של פרסה והצוות ממשיך בחיפוש חסר הפשרות אחריו, בינתיים בישופ מתוודה על יחסיה בעבר עם הטרוריסט החמקמק.

לאחר גילוי אפודי מגן פגומים ברכב מלא בציוד גנוב של חיל הנחתים, צוות אן-סי-איי-אס מנסה לאתר את הגנבים ואפודים פגומים נוספים שנשלחו לחיילים מחוץ לארה"ב על ידי ארגון צדקה.

במהלך עימות בין דינוזו ואדם שהתחזה לקצין בצי, אקדחים נשלפים והמתחזה נהרג. בחקירת האירוע מתגלה שעד הראיה היחיד הוא אביו של דינוזו שהגיע לעיר כדי לגלות סוד לבנו.

לאחר שמטען מתפוצץ בחדר הלבשה לפני מופע צדקה, על הצוות להכריע האם המטרה הייתה חיסולו של כוכב רוק מזדקן או שמא מדובר במזימה רחבה יותר. בנוסף, ג'ימי מתכונן להיות אבא.

לאחר שגופתו של חבר הקונגרס דן מקליין, סוכן אן-איי-אס לשעבר, נמצאת לחוף הנהר בניו אורלינס, גיבס חובר לעמיתו לשעבר, הסוכן המיוחד דווין קסיוס פרייד, לחקירה משולבת.

לאחר שגופתו של חבר הקונגרס דן מקליין, סוכן אן-איי-אס לשעבר, נמצאת לחוף הנהר בניו אורלינס, גיבס חובר לעמיתו לשעבר, הסוכן המיוחד דווין קסיוס פרייד, לחקירה משולבת.

דלילה, בת זוגו של מקגי, מגלה פרצה בחקירה שנויה במחלוקת לאחר שובה לתפקידה במשרד ההגנה. התגלית מובילה אותה לבקש את עזרתם של צוות סוכני אן-סי-איי-אס.

לאחר שגופתו של קצין בצי מתגלה בעיירה, על חברי הצוות להכריע האם מת כתוצאה מקטטה בבר או מפני שידע יותר מדי על תקיפה מינית שעברה ידידתו. בינתיים מקגי וטוני מתנסים בדיאטת ניקוי רעלים.

גיבס והצוות יוצאים לחקור מקרה רצח לו היה עד צלם צבאי שנעלם לפני מתן עדות במשפט. בינתיים, אבי מנסה לעזור לחסרת בית צעירה ליצור קשר עם משפחתה.

בפרק סיום העונה, הצוות חוקר מקרה של שריפה על ספינת קרב ששימשה גם כמתקן חקירה סודי לטרוריסטים. בינתיים, גיבס חוזר לבית ילדותו בעקבות החדשות על מותו של אביו.