In einem Hotel explodiert eine Bombe. Der zivile Leiter der Navy, Clayton Jarvis, kommt dabei ums Leben, während Tom Morrow schwer verletzt wird. Gibbs (Mark Harmon) ist der festen Überzeugung, dass es jemand auf die Mitglieder des NCIS-Teams abgesehen hat.

Gibbs (Mark Harmon) hat von Agent Fornell (Joe Spano) erfahren, dass der Terrorist Benham Parsa für die Anschläge auf die NCIS-Mitarbeiter verantwortlich ist. Dann wird auf Tomas Mendez, Mitglied einer Anti-Terror-Organisation, geschossen, der kurz darauf nur knapp einem Bombenattentat entgeht.

Gibbs (Mark Harmon) und sein Team suchen nach Navy Lieutenant Terence Keith, der spurlos verschwunden ist. Tony (Michael Weatherly) muss mit Special Agent Vera Strickland zusammenarbeiten. Die beiden finden heraus, dass Keith einen Selbstmordanschlag plant: Er hat 200 Pfund Sprengstoff gekauft und in einem Flugzeug deponiert.

Das NCIS untersucht den Mord an einem Navy-Sergeant. Bei der Obduktion der Leiche erwartet die Ermittler eine Überraschung. Bei dem getöteten Soldaten handelt es sich in Wahrheit um eine verkleidete afghanische Frau. Die Tat scheint ein Ehrenmord gewesen zu sein.

Petty Officer Wells (Wes McGee) wird ermordet aufgefunden. Zunächst deutet einiges darauf hin, dass die Tat mit Spionageaktivitäten in Zusammenhang steht.

Bei einer Explosion auf einer Bohrinsel vor Virginia Beach wurde der Marine-Reservist Major Marvin Hebner (Brent Huff) getötet. Da es Hinweise darauf gibt, dass es sich um einen Terroranschlag handelt, wird Gibbs (Mark Harmon) Agent Abby Borin (Diane Neal) von der Küstenwache zugeteilt.

In einem Laden wurde ein Marinesergeant erschossen, als er angeblich einen Raub verhindern wollte. Obwohl DiNozzo (Michael Weatherly) und McGee (Sean Murray) sich nicht einigen können, wer während Gibbs' (Mark Harmon) Abwesenheit den Fall leitet, finden sie heraus, dass am Tathergang etwas nicht stimmen kann.

Gibbs (Mark Harmon) bekommt von der Anwältin Carrie Clark (Salli Richardson-Whitfield), einer ehemaligen FBI-Agentin, den vertraulichen Hinweis, dass an einem Unfall mit Fahrerflucht etwas faul sei. Auf dem Navy-Stützpunkt Quantico wurde eine Soldatin überfahren. Der Täter beging Fahrerflucht.

Offenbar wurden als Werbegeschenke getarnte, verwanzte Kugelschreiber gezielt an Navy-Angehörige und Entscheidungsträger in der Wirtschaft verschickt. Auch SecNav Sarah Porter (Leslie Hope) hatte einen bekommen und unterstützt jetzt das NCIS-Team bei seinen Ermittlungen.

Ein Marine wird ermordet. Wie sich herausstellt, gehörte das Handy, das er bei sich trug, dem Freund der Frau, die das Team in einem Hotel mit ihrem Geliebten erwischt. Ist ihr Freund der Mörder?

Die Hoffnung des NCIS-Teams auf besinnliche Weihnachtsfeiertage ist schnell dahin, als einige Dutzend Kinder von Militärangehörigen fast gleichzeitig an einer rätselhaften Infektion erkranken. Gibbs (Mark Harmon) und seine Leute schließen einen Terror-Anschlag mit Biowaffen nicht aus.

Mittels einer Drohne tötet der Top-Terrorist Benham Parsa einen Petty Officer. Unterstützt wurde er von der Navy-Angehörigen Erin Pace. Gibbs und sein Team heften sich an die Fersen des Attentäters, der schon bald wieder zuschlagen soll.

McGee gibt sich die Schuld daran, dass Delilah bei dem Anschlag so schwer verletzt wurde. Das Team will ihm helfen, indem es den eigentlich Schuldigen, den Terroristen Parsa, fängt.

Bishop (Emily Wickersham) sammelt bereits seit Jahren für die NSA Daten über Parsa (Karan Oberoi). Sie glaubt, dass er versuchen wird, nach Pakistan zu gelangen, um dort den Todestag seiner Eltern zu begehen. Der Mord an einem Mitarbeiter der Hafenbehörde spricht für Bishops Theorie.

Nachdem in einem verunglückten Lieferwagen große Mengen an Waffen und Militärgütern gefunden wurden, wird der Fall an das NCIS-Team übergeben. Zunächst geht man davon aus, dass hier Schwarzmarktgeschäfte betrieben wurden. Abby (Pauley Perrette) entdeckt jedoch, dass viele der kugelsicheren Westen fehlerhaft verarbeitet und dadurch für ihren Träger lebensgefährlich sind.

Als Tony (Michael Weatherly) seinen Vater (Robert Wagner) vor dessen Hotel treffen will, kommt es zu einem Zwischenfall. Tony spricht einen Mann an, der die gefälschte Uniform eines Navy-Commanders trägt. Der flieht und zieht eine Waffe.

Während der Proben zu einem Benefizkonzert auf einer Marinebasis detoniert in der Garderobe ein Sprengsatz. Ziel des Anschlags scheint der Altrocker Mannheim Gold (Keith Carradine) gewesen zu sein. Zu seinem Schutz zieht Gold vorübergehend bei Tony ein und muss sich dessen strengen Hausregeln unterwerfen.

Der Fall des ermordeten Kongressabgeordneten Dan McLane in New Orleans führt zu der Zusammenarbeit von Gibbs NCIS-Team mit dem seines ehemaligen Kollegen Dwayne Cassius Pride und dem FBI.

In den Sümpfen wird ein weiteres Mordopfer gefunden. Man nimmt an, dass der Mann den Mord an McLane beobachtet hat und deshalb sterben musste. Alles deutet darauf hin, dass hier der Serienmörder am Werk ist, den McLane angeblich vor Jahren festgenommen hat.

Nachdem der Navy Officer Lester Tate auf einer abgelegenen Straße überfahren wurde, muss das NCIS-Team herausfinden, ob es sich wirklich um einen Unfall handelte. Die einzige Spur führt Gibbs (Mark Harmon) in eine Bar, in der der Tote in eine Schlägerei verwickelt war.

Ein Marine-Fotograf ist verschwunden, kurz bevor er vor einem Militärgericht über einen Mord in Afghanistan aussagen sollte. Als man seine Leiche findet, sieht alles danach aus, als sei er an einer Überdosis gestorben.

Tony (Michael Weatherly) bekommt den Auftrag, Amanda (Meg Chambers Steedle), die Tochter eines Admirals (Daniel Hugh Kelly), in Marseille abzuholen und nach Hause zu bringen. Als er jedoch im örtlichen NCIS-Büro ankommt, ist das Team, das Amanda dort betreuen sollte, tot.

Das NCIS-Team untersucht den Ausbruch eines Feuers auf einem Marineschiff, das als geheimes Internierungslager für angeklagte Terroristen diente. War das Feuer lediglich ein Unfall oder wurde es absichtlich gelegt, um von der Flucht einiger der Terroristen abzulenken?