Bij een bomaanslag op een hotel komt Clayton Jarvis om het leven en raakt Tom Morrow zwaargewond. Gibbs beseft al snel dat de aanslag het werk is van een huurmoordenaar die de leden van het NCIS-team één voor één probeert uit te schakelen. Vance ontdekt dat Ziva het volgende doelwit is.

Vastbesloten om Ziva te vinden, jaagt Tony aanwijzingen na in Israël om haar huidige locatie te vinden. Gibbs en het team zijn ondertussen aan het jagen op Parsa en zijn groeiende groep terroristen.

Het NCIS-team moet op Twitter vertrouwen voor een zaak van een missende marine luitenant. Ondertussen is McGee zijn identificatie kwijt en zegt dit niet tegen Gibbs en de autoriteiten.

Gibbs en McGee reizen naar Afghanistan als een moord hen leidt naar een Afghaans vrouwenonderkomen waar Mike Franks zich jarenlang stiekem voor heeft ingezet.

DiNozzo gaat terug naar de Baltimore politie wanneer hij een verdachte ziet van een 15 jaar oude zaak bij een NCIS moordonderzoek van een vermoorde marinier.

NCIS moet samenwerken met de kustwacht CGIS om een verdachte explosie te onderzoeken op een olieplatform. Ondertussen is niemand veilig voor de anonieme grappenmaker die het op het NCIS-team heeft voorzien.

Als Gibbs middenin een onderzoek vertrekt om zijn vader te helpen, kibbelen Tony en McGee over wie er de leiding heeft in het onderzoek op de moord van een marine sergeant.

Het NCIS-team moet een zaak heronderzoeken wanneer een voormalig FBI-agent die nu advocaat is aangeeft dat het alibi van haar cliënt solide is.

Nadat men heeft gevonden dat SECNAV afgeluisterd is tijdens een geheime vergadering, gaat NSA analist Eleanor Bishop, die de beveiligingsbreuk twee jaar geleden in exact detail wist te voorspellen samenwerken met NCIS.

Er ontstaan complicaties als het NCIS-team een link ontdekken tussen een moordslachtoffer en de huidige vriend van Gibbs en Fornell's ex-vrouw.

Nadat een mysterieuze ziekte de kinderen van militaire families treft, moeten Gibbs en de rest van het team de oorzaak onderzoeken.

Wanneer een gestolen drone wordt gelinkt aan de terrorist Parsa, moet het NCIS-team samenwerken met defensie en dus met Hollis Mann om het apparaat in handen zien te krijgen voordat deze gebruikt kan worden. Ondertussen heeft McGee het moeilijk om vrij te vragen om een gala bij te wonen ter ere van zijn vriendin.

In een poging om de terrorist Parsa te vinden, gaan Gibbs en het team op zoek naar een van zijn partners, daarbij gebruik makend van bewijs van de drone aanval. Ondertussen heeft McGee het moeilijk met de gevolgen van het incident.

De moord op een havenofficier onthult een mogelijke locatie van Parsa terwijl het team hun onvermoeibare klopjacht voortzet. Ondertussen onthult Bishop haar vroegere connectie met de terrorist.

Nadat men slechte kogelwerende vesten vindt in een truck met gestolen U.S.M.C. spullen moet het NCIS-team zowel de bron van de slechte vesten zien te vinden als de vesten die al verscheept zijn naar overzees militair personeel.

Nadat er een bom is ontploft in de kleedkamer van een militair liefdadigheidsconcert, moet het NCIS-team uitvinden of het doel een uitgerangeerde 80-er jaren rocker was of dat het een groter doel heeft.

Wanneer het lichaam van congreslid Dan McLane, een voormalige NCIS agent, aanspoelt in New Orleans, worden Gibbs en zijn voormalige collega NCIS special Agent Dwayne Cassius Pride herenigd in een zaak die door beide teams en de FBI wordt onderzocht.

Gibbs en Pride onderzoeken in New Orleans het bewijs dat lijkt te leiden naar een copycat van de beroemde moordenaar privileged killer. Ondertussen stuurt Bishop een speciaal souvenir naar DiNozzo van Cresent City als Dinozzo, McGee en de FBI aanwijzingen onderzoeken in DC.

Nadat ze weer terug is op haar werk bij defensie, ontdekt McGee's vriendin Delilah een doorbraak in een controversiële zaak, die er voor zorgt dat ze hulp zoekt bij het NCIS-team.

Nadat een marine officier dood wordt gevonden op een onverharde weg moet het team onderzoeken of het een bargevecht was wat zijn dood veroorzaakte of dat hij teveel wist over een aanval op een vrouwelijke officier.

Wanneer een marinefotograaf verdwijnt vlak voordat hij moet getuigen voor een hoorzitting, onderzoekt het NCIS-team de moord die hij had gezien en zijn huidige zaak over militaire veteranen die dakloos zijn in de buurt van D.C.

Directeur Vance geeft DiNozzo een speciale opdracht om een dochter van en admiraal thuis te brengen vanuit Parijs, maar hij moet het NCIS-team aanspreken als hij een controversieel plaats delict tegenkomt.

Het NCIS-team onderzoekt of een brand op een U.S. marineschip dat dienst deed als geheime gevangenis voor terroristen toevallig was, of dat dit een ontsnapping mogelijk moest maken. Ondertussen reist Gibbs terug naar het huis waar hij opgroeide nadat hij bericht heeft gekregen over het overlijden van zijn vader.