Gibbs går på jakt för att hitta och arrestera Harper Dearing efter att NCIS högkvarter bombas.

NCIS-teamet undersöker orsaken bakom ett mystiskt dödsfall, som involverar en anställd i NCIS vapenförråd som hittades fyra månader efter bombningen av flottbasen. Under tiden måste teamet genomgå obligatoriska psykutvärderingar, vilket får Gibbs att oroa sig för Abby.

Medan Ducky är sjukledig väljer han att återuppta ett tolv år gammalt fall genom att gräva en flottbefälhavares kropp. Och under tiden undersöker teamet en marinsoldats nyliga dödsfall, som kan vara kopplat till Duckys gamla fall.

NCIS-teamet måste ta reda på orsaken bakom helikopterkraschen på stranden och hitta den försvunna piloten. Under tiden ger Ziva Tony och McGee en utmaning.

NCIS-teamet undersöker det brutala mordet på en löjtnant i flottan som just återvänt hem från Mellanöstern.

Gibbs fortsätter att arbeta med en kapten i flottan som lider av PTSD i en utredning för att hitta en terrorist.

NCIS-teamet undersöker en tonårsflickas bortförande, medan Ziva och Abby går ihop för att skydda en vän som bevittnat en kidnappning, samtidigt som Gibbs jagar information från en tidigare kontakt.

Gibbs går ihop med Fornell i en gemensam utredning efter att Fornell beskjuts, men de står inför en oväntad vändning i fallet när deras gemensamma före detta fru, Diane Sterling, involveras. Under tiden går vilda rykten i gruppen, efter att Diane sover över hos McGee.

Det är juletid hos familjen DiNozzo när Tonys pappa kommer på besök. Under tiden följer NCIS-teamet "efter pengarna" för att lösa en mordutredning.

Medan NCIS-teamet undersöker kopplingen till en död journalist och en underofficer i flottan, blir Ziva överraskad av ett plötsligt känslomässigt besök från sin pappa som hon inte sett på mer än två år.

Efter en händelse på nära plan enas NCIS-teamet för att söka svar och utkräva rättvisa, för att skydda sina mest utsatta kollegor.

NCIS-teamet undersöker en marinsoldats bilolycka och väcker några upprörande minnen för Abby som en ung tjej på spåret i hennes första "fall".

NCIS-teamet tar sig an en berömd hackare som kan vara nyckeln till att hitta den mest eftersökta cyberterroristen i världen.

På ledigheten från NCIS, medan han fortfarande sörjer förlusten av sin fru, upptäcker direktör Vance oväntad personlig information som får honom att ifrågasätta allting.

NCIS-teamet skyndar för att hitta Ducky och Jimmy efter att de två försvinner medan de transporterar en kropp från en brottsplats.

En mediecirkus runt en oidentifierad brottsling får Gibbs barberare att ifrågasätta sin sons inblandning och be om Gibbs hjälp för att utesluta sin son som huvudmisstänkt.

Hustrun till en marinsoldat som specialiserat sig på hundspårning av bomber uppmanar NCIS-teamet att undersöka hennes mans nyliga dödsfall i Afghanistan. Under tiden ber direktör Vance om teamets hjälp när han intervjuar barnflickor.

En mäktig storm tar ombord NCIS-teamet på USS Borealis, där alla är misstänkta när brottsplatsen pekar på att Moder Natur inte var den enda förövaren.

När en reservofficer i flottan kommer hem och märker att hennes man saknas och vardagsrummet är täckt av blod vänder hon sig till NCIS-teamet för att hämta hem honom. Under tiden misstänker Tony att Ziva planerar något riskabelt för att hämna sin fars död.

Medan NCIS-teamet undersöker mordet på en Mossad-officer i Virginia, reser Tony och Ziva till Berlin för att spåra sin fars mördare.

I vedergällning för morden på Eli David och Jackie Vance söker NCIS-teamet frenetiskt efter Bodnar, trots order från Homeland Security att avstå från fallet.

En utredare vid försvarsdepartementet rannsakar NCIS-teamets respons på Bodnar-fallet, som involverar mordet på Zivas far och Vances fru. Under tiden undersöker teamet huruvida en underofficer lider av paranoia eller om hans påståenden om att vara förföljd är kopplade till en fråga om nationens säkerhet.

Den internationella människojakten på Eli David och Jackie Vances mördare blir en federal häxjakt mot Gibbs och teamet, som ifrågasätter deras okonventionella metoder och hotar deras framtid inom byrån, i den tionde säsongsavslutningen.