Vyšetřovatelé se po explozi v jejich prostorách vrací do práce. Zatímco Gibbs, Abby, Palmer a Vance vyvázli bez zranění, Ducky s McGeem jsou v nemocnici. Tony se Zivou jsou ještě pohřešováni, protože uvízli ve výtahu a záchrana přichází až za nějakou dobu. Na pomoc je přivolána FBI, aby pomohla s dopadením Harpera Dearinga, neboť právě on stojí za výbuchem, jenž měl za následek životy čtyř agentů. Dearing finguje svoji smrt, aby se vyhnul dopadení. Gibbse však nepřesvědčí. Jediný způsob, jak ho může dostat, je setkat se s ním sám.

Zatímco v budově NCIS probíhají rekonstrukce, tým se musí podrobit psychologickému vyšetření. Zpět do služby jsou povoláni ve chvíli, kdy je zaměstnankyně zbrojního skladu nalezena mrtvá v řece. Záhy se ukáže, že dívka byla zavražděna a vrahem je jeden z lidí pracujících na rekonstrukci objektu. Abby pronásledují zlé sny, kdy se jí zdá, že leží mrtvá na pitevně. Gibbs požádá psychologa, aby se na ni zaměřil. Abby vysvětluje, že její sny má na svědomí strach z toho, že je sama. Gibbs jí proto navrhuje, aby kontaktovala svého biologického bratra. Setkání se vydaří a Abby může zase klidně usínat. Povolaný psycholog pochopí, že i Vance má problém. Chce co nejrychleji vše vrátit do původního stavu, aby mu nic nepřipomínalo explozi, neboť se cítí za celé neštěstí zodpovědný.

Ducky se domnívá, že se v minulosti při pitvě poručíka Robertse dopustil chyby. Protože mu vzhledem k prodělanému infarktu není zatím povolena aktivní služba, exhumuje tělo bez povolení. Příčinu smrti tenkrát posoudil jako následek otravy alkoholem. Ve světle nových skutečností se však ukáže, že byl Robert zavražděn. Ve stejné době je Gibbs povolán k případu rotného Hila, který se otrávil oxidem uhličitým. Když ale Abby v jeho počítači najde Duckův příkaz k exhumaci poručíka Robertse, celý případ nabírá zcela nový směr. Vypadá to, že Roberts a Hil měli spolu jakési nelegální obchody.

Během cvičení dojde nad mořem k havárii vojenského vrtulníku. Do akce jsou vyslány veškeré záchranné složky. Tři členové posádky se zachrání, ale chybí pilot. Krátce nato je nalezeno i tělo velitele Hopa s prostřelenou hlavou. Gibbs zapojuje do vyšetřování celý svůj tým. Ziva se s Tonym a McGeem vsadí, že pozvou na rande první ženu, kterou potkají. Shodou okolností je to šéfka záchranných operací Abbygail Borinová.

Gibbs vyšetřuje vraždu mladíka nalezeného v luxusním sportovním autě. Na místě se najde vražedná zbraň, která vyšetřovatele zavede do místní zastavárny. Tam si Gibbs povšimne vystavené čestné medaile. Ačkoliv zákon nedovoluje medaile prodávat, majitelka obchodu přijde s vysvětlením, že ji koupila od staršího válečného veterána, jenž nutně potřeboval peníze. Gibbs se dozvídá, že medaile patřila Leroyi Jethro Moorovi, blízkému příteli jeho otce, po kterém byl Gibbs pojmenován. Otec se však s ním před lety nepohodl a od té doby se ti dva přestali stýkat. Gibbs se tedy rozhodne dát staré přátele dohromady.

Gibbs řeší případ zabití bývalého mariňáka. Jeho kamarád kapitán Westcott tvrdí, že ho usmrtilo pět nebo šest útočníků, kteří je večer sledovali, když se vraceli domů. Gibbs tuší, že s kapitánem Westcottem není něco v pořádku. Trpí posttraumatickým stresem a měl utkvělou představu, že muž, kterého potkali v obchodě, proti nim bojoval v Afghánistánu. Zpočátku to celé vypadá jako blud, ale z vojenské zprávy vyplyne, že onen muž je členem teroristické skupiny, která na půdě Spojených států chystá nějaký velký útok.

Gibbs a jeho tým se pokoušejí dopadnout Kerseyho a zabránit mu v útoku. Bohužel ani prohlídka jeho domu ani výpověď jeho přítelkyně nové informace nepřinesou. Gibbsovi nezbývá než znovu poprosit o pomoc kapitána Westcotta. Ten si postupně vzpomíná na podrobnosti z přepadení v Afghánistánu a začíná rozplétat teroristický plán. Zdá se, že Kersey má v plánu odpálit na den díkuvzdání dům senátora, který zde zrovna hostí velkou část Kongresu. A co víc, zdá se, že mu v tom jeho přítelkyně zdatně pomáhá.

Gibbs řeší případ unesené dívky Rosie. Zpočátku se zdá, že únosci budou žádat výkupné, ale když je v přívěsu nalezeno mrtvé tělo jednoho z pachatelů a v jeho telefonu se najdou vyzývavé fotky unesené dívky, Gibbs rázem pochopí, že se jedná o obchod s bílým masem. Stopa vede do bowlingové herny, kam její otec chodil se svým nejlepším kamarádem hrát ligu.

Námořník Brown se pokusí zastřelit ředitele FBI Fornella. Protože jde o námořníka, případ je svěřen Gibbsovu týmu. Stopa je zavede do baru, kde muž pracoval jako vyhazovač. Tam Gibbs s Fornellem narazí na svou bývalou ženu Diane, která, jak se ukáže, pracuje jako agentka finančního úřadu a v baru vyšetřuje závažný případ krádeží identity a podvodu na finančním úřadu. Ředitel Vance se obává, že by pachatelé mohli usilovat i o Dianin život, a tak prohlásí vyšetřování případu za společné a vedení svěří povedené trojici Fornell, Gibbs a Diane.

Blíží se Vánoce a poručice Megan Hufnerová se vrací z mise domů. Doma najde svého manžela, ten je ale už několik týdnů mrtvý. Vyšetřovatelé v jeho peněžence objeví stodolarovou bankovku, která nebyla dosud dána do oběhu. Zástupce z tiskárny cenin tvrdí, že není možné, aby se jediná bankovka dostala předčasně ven. Při domovní prohlídce u Hufnera je nalezeno dalších čtyři sta tisíc ve stejných bankovkách a jeho mrtvý kumpán Justin. Gibbsovi nezbývá, než se spojit s agentkou Winterovou, aby celé záhadě přišel na kloub. A aby toho nebylo málo, do města přijíždí Tonyho otec, aby s ním strávil letošní Vánoce.

Dva rybáři vyloví v řece tělo. Ukáže se, že jde o investigativního novináře, který psal články o drogách u námořnictva a mohl tak získat řadu nepřátel. Do města přijíždí inkognito Zivin otec Eli David, aby se tu sešel se svým íránským protějškem a zároveň napravil vztahy se svou dcerou. Ředitel Vance ho se Zivou pozve k sobě na večeři. Tam jsou napadeni neznámým útočníkem. Eli je zabit a Vancova žena je s těžkým zraněním převezena do nemocnice, kde pár hodin nato umírá.

Rozjíždí se vyšetřování vraždy ředitele Mossadu Eliho Davida a manželky ředitele Vance Jackie. Gibbs tuší, že nejlepší stopa je sledovat peníze, které vrahovi přišly tři dny po atentátu na účet. Ziva zažívá těžké období a chce se vrátit i s tělem svého otce do Izraele, aby tam zařídila pohřeb. Z vyšetřování je vyloučena, a protože Gibbs neví, jestli někdo neusiloval i o její život, musí se Ziva na čas ubytovat u Tonyho v bytě.

Gibbsův tým je přivolán k vraku auta, v něm jsou nalezena dvě mrtvá těla. Zpočátku to vypadá, že řidič nezvládl řízení a zřítil se ze stráně. Ducky ale při pitvě zjistí, že dívka byla mrtvá už před srážkou a chlapec byl v bezvědomí. Abby má za úkol prohlédnout vůz, ale prasklé přední sklo ji vrátí do minulosti a připomene jí událost, která ji naprosto rozhodí. Tehdy totiž Abby řešila svůj první případ v životě, kdy v obdobně havarovaném vozu našla plyšového medvěda a rozhodla se vypátrat jeho majitele. Gibbs nechápe, co se s Abby děje, její divné počínání komplikuje vyšetřování. Nicméně postupně se týmu podaří rozplétat složité vztahy mezi rodinami obou zavražděných.

Gibbsovi se podaří dopadnout muže číslo dva ze seznamu kybernetických teroristů, Ajaye Khana, a všichni doufají, že je dovede k číslu jedna. Ten si říká MC. Aby z něj dostali informace, Gibbs zvažuje zastrašovací výlet na Guantanámo, ale zástupce ředitele má z takového postupu obavy. Chan se jim stále vysmívá a není ochoten mluvit. A tak Gibbs vymyslí důmyslný plán, jak Khana vyděsit, aby se bál o svůj život, a tak se mu podařilo potřebné informace získat.

Na základně v Quantiku za záhadných okolností umírá desátník Crowe. Ducky na jeho těle najde známky po zápase. Od jiného vojáka se dozvědí, že Crowe si přivydělával na ilegálních zápasech, ale tam, jak Gibbs zjistí, už tři měsíce nebyl. A když se na základně objeví další mrtvý mariňák se stejnými poraněními, začíná být jasné, že pachatelem bude někdo z armády. Vance zjistí, že si jeho žena založila vlastní účet a že požádala právníka, aby vypracoval záznam o dělení majetku.

Oba patologové jsou přivoláni k ohledání těla muže, který běžel po ulici a byl zakrvácený. Ve chvíli, kdy spatřil údržbářskou dodávku, vhrnul se do ní, vypil čistidlo a zemřel. Patologové tělo naloží do svého vozu a chtějí ho odvézt. Cestou jsou však přepadeni Kubánci, kteří je i s tělem unesou. V malé opuštěné chatě je donutí vyjmout z mrtvého nosič dat, který muž spolknul. Tým rozjíždí akci na záchranu unesených.

Gibbse požádá o pomoc jeho přítel, holič Frankie. Má totiž strach, že sériový vrah, jehož portrét dala místní policie právě do televize, by mohl být jeho syn Cameron. Gibbs zjistí, že se sériový vrah zaměřuje na drogově závislé ženy. S řešením tohoto problému mu nakonec pomůže Abby a její známý, kterým se podaří odhalit, že vzorek krve nalezený na místě jednoho z činů neodpovídá Cameronovi. Tím však celý případ pro Gibbse nekončí, jeho lidé pomohou odhalit skutečného vraha.

Manželka mrtvého mariňáka Toda Lemera přijde Gibbse požádat o pomoc. Jejího muže, který byl psovodem v Afghánistánu, zabil odstřelovač. Den před svou smrtí jí poslal videonahrávku, ve které se zmínil, že se do něčeho zapletl a že naštval pár lidí. Pár dní nato přijde manželce zásilka a v ní je zlatý medailon. Gibbs má podezření, že někdo z Afghánistánu vyváží cennosti.

Na palubě torpédoborce Borealis je během prudké bouře nalezen mrtvý palubní lékař. Ducky při ohledání zjistí malý vpich na krku a Abby následným rozborem potvrdí, že lékař byl otráven strychninem. V době vraždy se konalo vojenské cvičení, jehož se účastnil také Timův otec admirál McGee. Jejich vztahy jsou velmi napjaté, a když se do toho vloží Gibbs, admirál se přizná, že má rakovinu. Pro Tima je to příležitost se s otcem udobřit.

Tým řeší případ uneseného manžela příslušnice námořnictva, Callie Danielsové. To, co se zprvu jeví jako únos, se v průběhu vyšetřování ukazuje jako podvod. Gibbsovi lidé zjistí, že Danielsová se svým mužem Noahem vymysleli způsob, jak se dostat k penězům z fondů, které Noah spravoval...

Do Zivy a Tonyho najede auto. Vystoupí z něj Bodnar. Varuje Zivu, aby od něj dala ruce pryč. Když McGee najde auto, kterým Bodnar z místa činu ujel, rozhodnou se se zásahovým komandem vrazit do domu, na jehož adrese je auto registrované. Při přestřelce zabijí Bodnarova komplice. Muž je z Jižní Afriky a právě tam má Bodnar namířeno. Chce vyměnit krvavé diamanty za hotovost a zmizet. Chystá se odplout libyjskou nákladní lodí, ale tam už na něj čeká Ziva, aby se konečně pomstila.

Na NCIS přijíždí agent Parsons, aby zpracoval pro Úřad národní bezpečnosti závěrečnou zprávu o Bodnarově případu. Když ale ostře slovně napadne Zivu, pojme Gibbsův tým podezření, že tím něco sleduje. Nejprve si myslí, že jde po Zivě. Pak to vypadá, že jde po řediteli Vansovi. Když ale Ziva od svého kontaktu na ministerstvu spravedlnosti zjistí, že si procházel případy NCIS z dob, kdy tam ještě ani Ziva ani Vance nepracovali, začne to vypadat, že jeho cílem není nikdo jiný než sám Gibbs.

Parsons vznese proti Gibbsovi závažné obvinění, že kryl chyby svého týmu a obcházel zákony. Vance Gibbsovi obstará vynikajícího právníka, který má 48 hodin na to, aby se mohl připravit k obžalovacímu soudu. Mezitím Vance pátrá, proč chce Parsons potopit NCIS. Od bývalého ředitele Morrowa se dozvídá, že CIA stála za vraždou ředitele Iránské bezpečnostní služby Kazmiho a že NCIS se do celé věci s Bodnarem zapletla nešťastnou náhodou. A ctižádostivý Parsons jen přilil olej do ohně.