NCIS总部被炸弹炸毁。吉布斯继续寻找Harper Dearing并一劳永逸地击败了他。

当一名失踪的NCIS军械库管理员的尸体在海军工厂爆炸案当天失踪四个月后被发现时，NCIS团队被指派为他们自己的一名人员调查这起奇怪的案件。与此同时，该团队被要求与危机顾问一起完成强制性的心理评估，吉布斯最担心的是艾比自爆炸案以来反复做噩梦。

在休病假期间，Ducky从12年前结案的案件中挖掘一名海军指挥官的尸体。因此，吉布斯让Ducky在调查中扮演领导者。与此同时，NCIS小组正在调查最近一名海军陆战队士兵的死亡事件。随着这两起案件的展开，小组开始质疑这两者是否有某种联系。

当直升机机组人员在海上漂流，后来在岸上被发现时，NCIS团队必须确定坠机原因并找到失踪飞行员。与此同时，托尼和麦基引导他们内心的“Maverick”和“Iceman”，就像“壮志凌云”一样，Ziva向他们挑战。

一名士官在一辆亿万富翁的法拉利中被枪杀，调查导致NCIS团队发现了吉布斯的名字与一名男子的联系。

当一名最近从中东回国的海军中尉被发现死于一次残酷的袭击时，NCIS小组询问了受害者的朋友、海军陆战队上尉乔·韦斯科特。吉布斯意识到船长患有创伤后应激障碍，但他知道自己在海外的经历也可能与犯罪有关。

吉布斯继续与韦斯科特上尉合作，同时他追踪自己的步伐，以帮助NCIS团队追踪一名恐怖分子。随着感恩节的临近，艾比对NCIS家庭晚宴的热情越来越高，当托尼得知Ziva正在为这部歌剧制定特别计划时，他的好奇心达到了顶峰。

在NCIS团队调查一名少女被绑架事件时，Ziva和Abby与目睹绑架的年轻朋友密切合作。随着调查的展开，吉布斯向过去的联系人米兰达·彭内贝克寻求帮助，她是一位人脉广泛、道德可疑的女性。与此同时，当托尼得知Ziva正在和一个神秘男子制定计划时，他开始嫉妒。

FBI探员Fornell成为凶手行刺的目标，Gibbs决定与Fornell联合调查此事。虽然海军罪案调查处与联邦调查局进行合作并不是什么新鲜事，但Gibbs和Fornell之间却有着十分尴尬的联系——他们有一个共同的前妻，Diane Sterling。怕什么来什么，当Diane也卷入这起案件后，这起案件变得更加复杂、更不可预料了。与此同时，Diane阴差阳错地在McGee家里待了一晚上，调查处内部立刻开始出现流言蜚语。

圣诞节来了，Tony DiNozzo的父亲Anthony DiNozzo Sr.（Robert Wagner）突然登门探亲，毫无心理准备的Tony不知自己在父亲面前是该唱白脸还是唱黑脸。与此同时，调查组为了侦破一起谋杀案而 “following the money”（调查非法资金的流向，该俚语出自1976年纪录片《All The President’s Men》），Abby对节日充满了「激情」。本集将让观众第一次近距离接触Tony公寓的「内部情况」。

当NCIS团队调查与一名已故记者和一名海军士官的联系时，Ziva对她父亲的突然情感访问感到震惊，她已经两年多没有见到父亲了。虽然Ziva质疑她父亲作为摩萨德局长访问的目的，但她的父亲坚称，他来美国是为了看望女儿吃安息日晚餐。

一起悲剧事件涉及一名海军罪案调查处成员的切身利益，所有人 都团结起来寻找答案并保护他们最珍贵的一名同事（Ziva）

NCIS团队调查了一名海军陆战队队员的车祸，并点燃了艾比年轻时在第一个“案件”线索上的一些令人不安的过去记忆。

NCIS团队将与一位著名的黑客展开较量，这位黑客可以在NCIS上找到世界上最受通缉的网络恐怖分子。

Vance仍然沉浸在丧妻之痛中，然而他意外发现的一条个人信息给他带来了更多烦恼，以至于他开始怀疑自己的人生，怀疑自己的一切。

在这一集中我们看到，Vance试图重新振作起来 ——至少为了他的两个孩子。他回到了NCIS总 部，受到了同事们的热烈欢迎。虽然他的心情仍然十分沉重，但他还是强装笑脸：No, I’m fine. I can handle this. 不过明眼人一看就知道，他不再是从前那个Vance了。与此同时，Vance在整理 Jackie的个人物品时有了一系列「多面」的发现。他发现了妻子的真实情感以及对他所从事的工作的真实态度。作为海军罪案调查处处长的妻 子，Jackie感觉自己有必要做一些事情；来确保生活的安稳，“

在Ducky和Jimmy从犯罪现场运送尸体时失踪后，NCIS团队竞相追踪他们。

Gibbs的理发师找到他，称自己的儿子可能卷入了一起案件。更要命的是，媒体正在大肆炒作这起尚未侦破的案件，他担心儿子会因此成为臭名昭著的坏蛋。Gibbs答应帮他调查真相，还他儿子一个清白。Gibbs派Tony去美丽的巴哈马群岛收集相关线索，这意味着Tony有机会在海滩上与性感的比基尼美女调情！

一场暴风雨过后，NCIS调查组登上了海军战舰 「Borealis」号。舰上发生一起凶案，大自然并非唯一的凶手——本质上来说，舰上每一个人都有嫌疑。McGee发现自己的父亲——海军上将 John McGee——在事件发生时就在舰上。他们 的关系本来就不好，这件事更加激化了两人的矛 盾。

一名海军预备役士兵返回家中，发现她的丈夫已经失踪，卧室中洒满血迹。她向海军罪案调查处报了案，希望他们能寻回丈夫。与此同时，Tony怀疑Ziva正计划采取大胆行动来为父亲报仇。

本集故事开始为季终剧情做准备，剧集总监在谈论Ziva的行为时这样说：“Ziva is about to uncover a clue trail that will lead straight to her father’s killer, put the integrity of the team at risk and bring her closer to Tony in ways we never saw coming.”

Ziva继续对杀害Eli的凶手Ilan Bodnar进行报复，Vance继续支持她的行为，尽管国土安全部命令他们远离。

为了给死去的Eli David和Jackie Vance报仇，海军罪案调查处全力以赴追踪Bodnar——尽管国土安全部再三警告他们放弃调查。

与Ziva的父亲和Vance的妻子遇害案有直接关联的 Bodnar死了，国防部感觉情况可疑，于是委派一名调查专员对海军罪案调查处进行彻查——看他们是否存在行为失当的问题。与此同时，一名海军军士患上奇怪的妄想症，总声称自己被人跟踪了，海军罪案调查处必须查明他所描述的情形是否与一系列关乎国家安全的事情 有关。

国际社会对杀害Eli David的凶手的追捕变成了对Gibbs和团队的联邦政治迫害，这对他们的非常规方法提出了质疑，并威胁到他们在该机构的未来。