לאחר שהארפר דירינג מפוצץ את מכוניתו של ואנס והורס את מרבית בנין אן-סי-איי-אס, מגבירים הסוכנים את מאמציהם ללכוד אותו, ואף מקבלים אישור מן הנשיא להורגו במידת הצורך.

צוות אן-סי-איי-אס חוקר נסיבות של רצח מסתורי של עובד אן-סי-איי-אס שנמצא מספר שבועות לאחר פיצוץ הבניין. בינתיים, חברי הצוות צריכים לעבור הערכה פסיכיאטרית, והדבר גורם לגיבס לדאוג לאבי.

בזמן חופשת מחלה, מחליט דאקי לפתוח מחדש תיק בן 12 שנים, כשהוא מזמין הוצאה מהקבר של גופת מפקד חייל הים. בינתיים הצוות חוקר מקרה מוות של חייל מארינס, העשוי להיות קשור למקרה הישן של דאקי.

אנשי צוות של מסוק שהתרסק בים נסחפים אל החוף והטייס החסר נמצא מאוחר יותר במים, הרוג מפצע ירי. צוות אן-סי-איי-אס מנסה לפענח מה התרחש במסוק לפני ההתרסקות.

אדם נהרג במכונית ספורט שהושאלה מאיש עסקים בעל הון רב. כלי הרצח מוביל את הצוות לחנות בה מוצא גיבס מדליית כבוד של של חבר ותיק של אביו, שעל שמו הוא נקרא.

שני חיילים ששבו לאחרונה מן המזרח התיכון מותקפים. האחד מת והשני סובל מפוסט טראומה ומתקשה להפריד בין מה שקרה במזרח התיכון ובין ההתקפה הנוכחית. גיבס מסייע לו לפענח מה התרחש.

גיבס ממשיך בחקירתו לעבוד עם קפטן המארינס הסובל מפוסט טראומה כדי לאתר ולתפוס טרוריסט. אבי מתכננת ארוחת חג עבור הצוות. זיוה מנסה להשיג כרטיסים לאופרה, וטוני מוצא דרך לעזור לה.

הצוות חוקר את חטיפתה של נערה מתבגרת, בזמן שזיוה ואבי חוברות כדי להגן על חבר שהיה עד לחטיפה. גיבס מחפש עוד מידע באמצעות קשרים מן העבר.

גיבס חובר לפורנל לחקירה משותפת, לאחר שפורנל הופך למטרה באירוע ירי. הם עומדים בפני תפנית מפתיעה בחקירה, כאשר האישה לשעבר של שניהם - דיאן סטרלינג, הופכת למעורבת בפרשה.

בעלה של קצינת חיל הים נרצח. הצוות מוצא אותו מחובר לשטרות של 100 דולר, שנגנבו ממשרד האוצר והיו מיועדים להשמדה. אבא של טוני מגיע לביקור ומנסה ליצור חופשה משפחתית עבורו ועבור טוני.

הצוות חוקר מקרה רצח של עיתונאי. זיוה מופתעת מביקור של אביה שאותו לא ראתה כשנתיים. על אף טענתו כי הביקור ידידותי, הביקור הסודי מתגלה על ידי אויבים ומוביל לתקרית ירי.

הצוות והמוסד חוברים יחד לפענח את הרצח של אביה של זיוה ושל עוברת האורח החפה מפשע, אשתו של ואנס, ג'קי.

תאונת דרכים שגבתה שני קורבנות מעוררת באבי פלאשבקים של מקרה דומה בילדותה.

גיבס והצוות לוכדים את מספר 2 ברשימת פושעי האינטרנט, ומנסים לגרום לו להסגיר את הבוס שלו. הצוות נדרש להשתמש בשיטות ישנות, כדי להתגבר על השיטות ההיי-טקיות של הפושע ולפצח את התעלומה.

הצוות חוקר את מותו של איש מארינס שנמצא עם פצעים מרובים בגופו מאירועי אלימות שונים. הצוות מגלה כי היה מעורב בקטטות קיצוניות עם חיילי מארינס אחרים.

לאחר שאספו גופה מזירת פשע, נחטפים דאקי וג'ימי יחד עם המנוח. הם נאלצים לבצע נתיחה בגופה, משום שהחוטפים רוצים לגלות מידע שהיה ברשות הקורבן.

חייל מארינס נורה למוות. אלמנתו יוצרת קשר עם אן-סי-איי-אס לאחר שמגלה דוא"ל ממנו המלמד כי חקר מקרה רגיש. הצוות מגלה כי נרצח משום שחשף חפצי ערך גנובים. ואנס עורך ראיונות למציאת מטפלת.

במהלך סערה בים, נהרג רופא הספינה בשעה שכל צוות הספינה מנסה להציל חיים ולהשאיר את הספינה מעל לפני הים. מאוחר יותר מגלה הצוות כי הרופא נרצח בגלל סמים.

אישה פונה לצוות אן-סי-איי-אס לאחר שמצאה את ביתה הפוך ובעלה נעדר. הבעל ירש לאחרונה קרן נאמנות ויתכן כי זו הסיבה לחטיפתו. טוני חושש כי זיוה מתכננת מבצע מסוכן כדי לנקום את מות אביה.

סוכן מוסד נהרג בעת שהמתין לאיש הקשר שלו. המנהל החדש של המוסד עובד עם גיבס ומק'גי כדי למצוא את הרוצח. זיוה וטוני נוסעים בעקבות רמזים לברלין כדי למצוא את רוצח אביה של זיוה.

טוני וזיוה סובלים מחבלות קלות בעקבות תאונת הדרכים בה היו מעורבים. הצוות ממשיך לחפש את רוצח אביה של זיווה ואשתו של ואנס, הם מאתרים אותו, וזיוה זוכה לנקמה לה חיכתה.

טבח ממשחתת הצי מגלה שעוקבים אחריו אך אינו יודע מדוע. צוות אן-סי-איי-אס נחקר על ידי נציג מהמחלקה לבטחון בנוגע לתגובתם למקרה בודנר.

פרק סיום העונה. המפקח הכללי ממשיך לחקור את גיבס על כך שהוא עושה קיצורי דרך בדרכו לפתרון פשעים.הצוות חוקר את החוקר כדי לברר מדוע הוא מתעקש לתבוע את גיבס. נמצא ראש של קצין חיל הים.