В края на предишния сезон на сериала последният терористичен акт на Харпър Диъринг унищожи централата на Военноморската криминална следователска служба, което предизвика обединяване на усилията на всички служби в търсене на престъпника.

Когато трупът на управител по поддръжка на сградите на Военноморската криминална следователска служба е намерен четири месеца след изчезването му по време на бомбардировка във военноморската корабостроителница, екипът трябва да разследва този странен случай.

По време на отпуска си по болест Дъки нарежда ексхумацията на тялото на военноморски командир по случай, затворен преди 12 години. В следствие на това, Гибс възлага на Дъки малко по-различна роля в това разследване.

Екипажът на хеликоптер е открит на брега след инцидент в морето, екипът трябва да разбере каква е причината за катастрофата и да открие изчезналия пилот. Междувременно, Зива предизвиква Тони и Макгий да се „осмелят“.

Офицерски кандидат от флота е застрелян във „Ферари“ на милиардер и разследването води екипа към човек, на когото е кръстен Гибс.

Когато завърнал се скоро то Близкия изток лейтенант от флота е намерен мъртъв при брутално нападение, екипът разпитва приятел на жертвата – морски капитан Джо Уескот. Гибс разбира, че капитанът страда от посттравматичен стрес.

Гибс продължава работата си с капитан Уескот, който се опитва да си припомни стъпките си в опит да помогне на екипа да открие терориста. С наближаващия Ден на благодарността ентусиазмът на Аби относно семейна вечеря на екипа нараства.

Екипът разследва отвличане на тийнеджърка и Зива и Аби работят с приятел на момичето, станал свидетел на престъплението. Тъй като разследването се разгръща, Гибс търси помощ от своя позната от миналото – жена с влиятелни познанства, но със съмнителен морал.

Гибс работи заедно с агента на ФБР Форнел по общото разследване между Военноморската криминална следствена служба и ФБР след като по Форнел е било стреляно, но случаят претърпява неочакван обрат, когато се оказва, че общата им бивша жена Даян Стърлинг е замесена в случая.

Коледа е и Тони Диноцо не може да реши как да се държи с баща си, сър Антъни Диноцо, дошъл да го посети. Междувременно, екипът „следва парите“ в опит да разкрие убийство.

While the NCIS team investigates the link to a dead journalist and a Navy petty officer, Ziva is taken aback by the sudden emotional visit by her father, who she hasn't seen in more than two years. While Ziva questions the purpose of her father's visit as the Director of Mossad, her father insists he is in the U.S. strictly to see his daughter for Shabbat dinner.

In the aftermath of an event that strikes close to home, the NCIS team unites to seek answers and demand justice in order to protect their most vulnerable colleagues.

The NCIS team investigates a Marine’s car accident and ignites some upsetting past memories for Abby as a young girl on the trail of her first “case”.

The NCIS team takes on a renowned hacker who could hold the key to tracking down the most-wanted cyber-terrorist in the world, on NCIS.

On leave from NCIS while still grieving the loss of his wife and his kids’ mother, Director Vance discovers unexpected personal information that causes him to question everything.

The NCIS team races to track down Ducky and Jimmy after the two disappear while transporting a body from a crime scene.

A widowed Marine wife, whose husband was seemingly killed by a Taliban sniper, asks Gibbs' help to find out the truth. Meanwhile Vance is conducting interviews for a nanny.

The team investigates death of a navy medical officer aboard a ship that went through a storm. The prime suspect turns out to be a 4-star admiral, who is also McGee's estranged father.

While the team takes a missing persons case, Tony is disturbed by Ziva's way of coping with her father's death.

Ziva continues to pursue revenge against Eli's killer, Ilan Bodnar, and Vance continues to endorse her actions despite orders from Homeland Security to rein them in.

In retaliation for the murders of Eli David and Jackie Vance, the NCIS team feverishly searches for Bodnar despite orders from Homeland Security to relinquish the case.

A Department of Defense investigator scrutinizes the NCIS team’s response to the Bodnar case involving the murder of Ziva’s father and Vance’s wife. Meanwhile, the team examines whether a Petty Officer is suffering from paranoia or if his claims of being followed are tied to a matter of national security.

The international manhunt for Eli David's killer turns into a federal witch hunt against Gibbs and the team, which questions their unconventional methods and threatens their future at the agency.