På Air Force One dör en av marinens befälhavare. Vilket leder till att Agenter från Navy NCIS bestämmer sig för att ta utredningen i egna händer och tvingar även en Secret Service-agent att hjälpa till. Så nu måste NCIS-teamet ta reda på om marinofficerns död var av naturliga orsaker eller inte.

Under ett träningshopp dör en marinsoldat när hans huvudfallskärm inte öppnar upp sig och han misslyckas att dra upp sin reservfallskärm. Så frågan är då vad som hände. Vilket blir Kates första utredning son NCIS-agent efter att hon tvingats lämna FBI.

Den amerikanska flottans befälhavare "Seadog" spolas upp en strand och innan NCIS hinner reda ut den lokala polisens oreda måste de undersöka om två döda knarklangare kanske har med saken att göra.

En simmare hittar en kropp som ser ut att ha blivit nersänkt i en sjö med tunga vikter vid sidan av kroppen när han tar ett dopp från en båt. Och det är en sjöman som försvunnit från en av den amerikanska flottans jagar e. Så NCIS undersöker; Och de hittar en underofficer som de kan koppla till offret och dödsfallet. Men har personen blivit mördad? eller har han begått ett brutalt självmord?

En jägare hittar en lastkapsel från ett flygplan som innehåller en mumifierad kropp av en marin utbetalande officer som försvann från sitt hangarfartyg för 15-år sedan samtidigt som 1,2 miljoner dollar försvann från det skepp som han jobbade på. Så frågan är då varför kroppen inte hittats tidigare?. Och var det verkligen så att personen i fråga stal pengarna från sitt skepp? Eller gjordes det av någon annan?

En kock hittar en naken sjöman i en frys på en restaurang i Rota, Spanien, under ett hamnbesök av USS Enterprise. Och kort därefter till sjöss så flippar en annan sjöman ut precis när ett flygplan är på väg in för landning. Så NCIS måste utreda vad som ligger bakom dessa båda fall. Som inledningsvis verkar ha orsaktats av att sjömännen tagit droger! Men är det verkligen så enkelt?

När två arbetare håller på att frakta bort tunnor från ett lager i en hamn så råkar de tappa en av tunnorna. Och det visar sig då att den innehåller en död kropp av en sjöman som verkar ha arbetat på en ubåt. Så NCIS måste utreda vem personen är och om den har mördats, så att en annan person ska kunna infiltrera en av marinens ubåtar.

När en underofficer av egyptisk härkomst obduceras av NCIS obducent så vissar det sig att han ska ha försökt smuggla ut smaragder från Camp Delta vid Gitmo. Och dessutom hade han med sig 3 personliga brev från en av institutionens arbetare. Så därför kallas NCIS till platsen för att utreda om arbetaren är en säkerhetsrisk och vad för övriga saker som personen kan ha misstat att registrera då den kommit för nära de intagna individer som den ska övervaka.

En ung kvinna vaknar upp från en grav i Rock Creek Park, Washington, DC. Och trots att hon inte minns var hon heter eller vem hon är så säger hon att det finns en bomb ombord på ett marinfartyg och att människor kommer att dö. Så därmed kallas NCIS in för att utreda om hotet är riktigt och var det kommer ske. Vilket försvåras av att NCIS-agenten Kate Tood blir vän med offret.

Teamet tvingas ta till satellitteknologi för att ta reda på vem som ligger bakom mordet på en kommendörkapten

Teamet utreder hur ett avsågat ben med en sjömanstatuering har hamnat i en soptunna.

En officer skjuts ihjäl av en krypskytt som lämnar en vit fjäder efter sig. Och när det händer igen inser Gibbs att man måste agera snabbt för att få tag på skytten. För han kommer att sluta förens han stoppas.

Teamet utreder ett mordfall där den mördade mannen låg i skilsmässa från sin fru. Naturligtvis misstänker man att hustrun ligger bakom mannens död, men hon har ett vattentätt alibi.

Gibbs sätter hela sin karriär på spel när hans före detta överordnade anklagas för svindleri.

Ducky, Gerald och Kate tas som gisslan medan teamet gör sitt bästa för att ta reda på hur en terrorist kunde få arbete på en flottbas.

En av flottans män hittas död efter en fest på en illegal nattklubb.

En före detta marinsoldat rymmer från anstalten där han avtjänar ett fängelsestraff.

Gibbs och hans team utreder ett mord på en kollega som hittas mördad.

När en marinsoldat går upp i rök visar det sig att han inte är den ende i sitt förband som försvunnit under mystiska omständigheter.

När en av flottans män hittas död i ett skogsområde misstänks en lokal milisgrupp ligga bakom mordet.

Teamet misstänker att en kustjägare som uppges ha omkommit under en exercis i själva verket mördats.

Terroristen som tog Ducky, Gerald och Kate som gisslan är tillbaka och den här gången har han Amerikas president i sitt sikte. Det blir ett race mot klockan att avslöja mannens identitet innan han kan sätta sina våldsamma planer i verket.