Terwijl op Air Force One een marine-commandant sterft besluiten de agenten van NCIS het onderzoek in eigen handen te nemen. Maar schakelen ook de hulp in van een Secret Service Agent. Het NCIS-team moet uitzoeken of de dood van de marine officier een natuurlijk dood was of dat het een moord was.

Tijdens een oefening schiet de parachute van een marinier niet open en beland hij boven op een geparkeerde auto waar net twee tieners de liefde bedrijven. Het NCIS-team onderzoekt de scène om te bepalen of het een ongeluk of een moord gaat.

Het lichaam van een marine-commandant spoelt aan op de kust samen met twee lichamen van drugskoeriers. Gibbs weigert te geloven dat de marine-commandant erbij betrokken zou zijn.

Het NCIS-team onderzoekt de raadselachtige dood van een marinier. Zijn lichaam wordt aangetroffen op de bodem van de zee in ceremoniële kleding. Het team komt erachter dat hij betrokken was bij een vreemd rollenspel.

Een marine-luitenant die al tien jaar wordt vermist, is gemummificeerd gevonden door een jager. Het NCIS-team start onmiddellijk een onderzoek om duidelijkheid te krijgen over zijn dood en het kapitaal dat hij bezat.

Een NCIS-agent schakelt het team in als op een vliegdekschip mariniers overlijden door een overdosis drugs, terwijl ze geen van allen ooit iets met drugs te maken hebben gehad.

Op een marinebasis worden de stoffelijke overschotten van een lichaam ontdekt in een ton vol zuur. Ducky en Abby komen erachter dat het slachtoffer een bemanningslid van een duikboot was, maar niemand heeft hem als vermist opgegeven.

Het NCIS-team is onderweg naar Cuba en onderzoekt een moord, waarbij een tolk van de marine in verband wordt gebracht met smokkelpraktijken in een gevangenis.

Een vrouw wordt levend begraven, maar weet zichzelf te bevrijden. Ze lijdt aan geheugenverlies, maar herinnert zich nog wel dat er een bom aan boord is op een marineschip.

Wanneer een marine-officier dood wordt aangetroffen, wordt het NCIS-team op de zaak gezet. Om de moordenaar op te sporen, maken ze gebruik van geavanceerde satellieten.

In een afvalcontainer wordt een been gevonden met een tatoeage van de marine. Dit leidt het NCIS-team naar een klein dorpje waar onlangs een moord is gepleegd.

Een marine-officier wordt dood gevonden en na onderzoek blijkt hij te zijn vermoord door een scherpschutter. Het NCIS-team vindt echter geen enkel spoor, behalve een witte veer die op het plaats delict is achtergelaten.

Een tandarts van de marine wordt vermoord wanneer hij een motorrijder met pech wil helpen. Het NCIS-team leidt het moordonderzoek en ontdekt dat de vrouw van het slachtoffer mogelijk meer weet.

De carrière van Gibbs staat op het spel wanneer een oude collega verdacht wordt van fraude.

Een terrorist houdt Ducky, Gerald en Kate gegijzeld, terwijl het NCIS-team onderzoekt hoe de terrorist het terrein van de marine is opgekomen.

Wanneer een marinier wordt vermoord in een illegale nachtclub, onderzoekt het team of chantage het motief voor de moord is geweest.

Het team is op zoek naar een ontsnapte gevangene, die uit is op wraak op de moordenaar van zijn ex-vrouw.

Wanneer een teamlid wordt vermoord tijdens een onderzoek, moet de rest van het team deze moord zien op te lossen.

Nadat een marinier wordt vermist na een afspraak met een journalist, komt het team erachter dat er al drie leden van dezelfde eenheid zijn vermoord.

Wanneer het lijk van een marinier wordt gevonden in het bos, lijkt het motief te liggen in een mislukte wapendeal.

Het team onderzoekt de dood van een marinier die is verongelukt tijdens een oefening. Naarmate het onderzoek vordert, komt het team erachter dat het om een moord gaat.

Een terrorist heeft het plan om een aanslag op de president te plegen. Gibbs en zijn team moeten de identiteit van de terrorist zien te achterhalen en Kate vinden die door de terrorist is ontvoerd.