An Bord der Air Force One stirbt ein junger Offizier aus der nächsten Umgebung des Präsidenten offenbar an einem Schlaganfall. Kate Todd, Agentin beim Secret Service, und ihr Kollege Baer werden von dem Ermittler-Team des NCIS unter der Leitung von Leroy Jethro Gibbs verhört: Es stellt sich heraus, dass der junge Offizier mit einem schwer nachweisbaren Schlangengift getötet wurde …

Bei einem Trainingssprung verunglückt Larry Fuentes, ein Fallschirmjäger der Marines, tödlich. Die Navy CIS findet bald heraus, dass der Hauptschirm defekt war und der Reserveschirm sich nicht öffnen ließ, offensichtlich ein geplanter Mord. Gibbs und sein Team befragen daraufhin die Kameraden des Verunglückten – zunächst ohne Erfolg. Dann finden sich im Spind von Corporal Ramsey belastende Beweisstücke – der streitet jedoch alles ab …

Der Navy Commander Brian Farrell wird, als er mit seinem Boot zum Fischen fährt, erschossen. Farrell hat sich mit seiner Stiftung „Urban Lights“ für Jugendliche eingesetzt. Wie der NCIS in Zusammenarbeit mit der DEA feststellt, wurde nicht nur Farrell getötet, sondern ganz in der Nähe auch zwei Drogendealer. Das nährt den Verdacht, Farrell sei in Drogengeschäfte verstrickt gewesen. Gibbs und sein Team stoßen auf die Spur eines saudischen Terroristen, der vom FBI gesucht wird …

Seaman MacDonald, ein Besatzungsmitglied des Zerstörers U.S.S. Foster, wird tot am Meeresboden gefunden. Die Todesursache ist genauso obskur wie der ganze Fall: Das Opfer war mit Eisenketten und Gewichten um den Körper beschwert im Meer ertrunken. Langsam gerät das NCIS-Team in eine Welt zwischen Fantasie und Realität, denn das Opfer und ein anderes Besatzungsmitglied lieferten sich einen erbitterten Krieg bei einem Computerspiel.

Zehn Jahre nach seinem Verschwinden wird in einem Frachtbehälter die mumifizierte Leiche von Lieutenant Schilz gefunden. Der Mann galt, seitdem auf seinem Flugzeugträger 1,2 Millionen Dollar gestohlen worden waren, als vermisst und man nahm an, dass er seinen Tod nur vorgetäuscht hat, um mit dem Geld zu verschwinden. Gibbs und sein Team stoßen auf der Suche nach dem Mörder auf seine ehemalige Kameradin Erin Toner, die seit einem ominösen Lottogewinn in Reichtum lebt …

Ein junger Petty Officer rastet bei einem Landgang völlig aus. Bald stellt sich heraus, dass er unter Drogen stand, obwohl er selbst behauptet, nie welche genommen zu haben. Als ein zweites Crewmitglied des Flugzeugträgers mit den gleichen Symptomen in die Krankenstation eingeliefert wird, werden Gibbs und sein Team misstrauisch, denn die Crew gilt als eine der besten und schnellsten …

Eine von Säure zerfressene Leiche wird gefunden. Das NCIS-Team recherchiert, dass es sich bei dem Toten um einen jungen Seemann handelt, der auf einem U-Boot gedient hat. Sein Verschwinden wurde jedoch von seinen Kameraden nicht bemerkt, weil ein Unbekannter seinen Platz eingenommen hat. Tony und McGee finden heraus, dass es sich um einen Öko-Terroristen handelt, der die gesamte Besatzung umbringen will, weil U-Boote mit ihren Sonartests Wale gefährden …

Der Dolmetscher Sa’id wird tot in seinem Wagen gefunden. In seinem Bauch findet man Smaragde, die den Tod durch innere Verletzungen herbeigeführt haben. Gibbs befürchtet, dass Sa’id, der als Übersetzer in Guantanamo Bay gearbeitet hat, mit einigen arabischen Häftlingen Geschäfte gemacht hat. Er verhört dessen Kollegin Paula Cassidy, die Gibbs auf die Spur von Nasir bringt. Dieser behauptet, unschuldig im Gefängnis zu sitzen …

Auf der Trauerfeier ihres Mannes erhält Sarah Kidwell einen Anruf von ihrem toten Gatten. Um herauszufinden, wer hinter diesen Anrufen steckt, muss das NCIS-Team die Leiche des tot geglaubten Marines exhumieren und stellt dabei fest, dass er bei seiner Einbalsamierung noch am Leben war. Gibbs und seine Leute kommen einem Verbrechen auf die Spur, dessen Opfer Kidwell und sein Partner, Major Peary, werden sollten.

Eine Frau, die lebendig begraben wurde, schafft es, sich zu befreien. Das Einzige, an das sie sich erinnern kann, ist, dass auf einem Schiff der Navy eine Bombe explodieren wird. Gibbs und sein Team werden eingeschaltet, um das Verbrechen zu verhindern. Es stellt sich heraus, dass die Frau für eine deutsche Firma arbeitet, die Bombensuchgeräte und Sprengstoffe herstellt. Gibbs hält die Frau für eine Terroristin, die selbst plant, ein Schiff in die Luft zu sprengen …

Lieutenant Commander Egan wurde auf seinem Navy-Stützpunkt ermordet. Das NCIS-Team findet heraus, dass das Opfer mit einer Firma an der Entwicklung eines tragbaren Sonargeräts gearbeitet hat – allerdings ist dieses Gerät seit Egans Tod verschwunden. Bald wird klar, dass hinter dem Mord nicht unbedingt einer von seinen Kollegen stecken muss …

In einer Mülltonne wird das Bein des Marines Thomas Dorn gefunden. Im Zuge ihrer Nachforschungen stoßen Gibbs und seine Leute auf die Ärztin Dr. Chalmers. Sie behauptet, dass Thomas Dorn vor zwei Jahren bei ihr in der Praxis an Herzversagen gestorben ist und eingeäschert wurde. Zusammen mit Kate versucht Gibbs herauszufinden, wem der Fuß aus der Mülltonne gehört. Dabei finden sie sich schnell in einem Netz aus Lügen und Betrug wieder …

Ein Offizier wird während seines Dienstes in seinem Büro erschossen. Während Gibbs und seine Leute noch mit dem Mord beschäftigt sind, wird bereits ein zweiter Offizier nach dem selben Muster getötet. Beide wurden mit äußerster Präzision aus weiter Entfernung erschossen. Außerdem hinterlässt der Täter bei jedem seiner Opfer eine weiße Feder. Zusammen mit Kate versucht Gibbs, den Serienmörder zu stoppen, bevor er ein weiteres Mal zuschlägt …

Auf einem Navy-Stützpunkt in Virginia wurden mehrere Männer ermordet. Laura Seeger, die Frau des dritten Opfers, und die Marineärztin Margret Green haben beide ein Tatmotiv, doch leider auch ein hieb- und stichfestes Alibi. Da die Opfer nichts gemeinsam haben, glaubt Gibbs, dass die Morde in Wirklichkeit der Tarnung eines anderen Verbrechens dienen sollen …

Im Irak ist ein amerikanischer Geldtransporter überfallen worden. Colonel Ryan, ein alter Freund von Gibbs, ist seither mit zwei Millionen Dollar verschwunden. Kurze Zeit später erhält Gibbs ein Päckchen von Ryan. Heimlich treffen sich die beiden in einer alten Lagerhalle. Dort erzählt Ryan, dass er umgebracht werden soll, da er von einer Verschwörung bis in die höchsten Regierungskreise weiß …

Bei einer Autopsie werden Ducky und Gerald von einem Terroristen überwältigt, der sich in einem Leichensack versteckt gehalten hatte. Er nennt sich selbst Ari und fordert die Herausgabe der Leiche und der Blutprobe eines anderen Hamas-Anhängers namens Qassam. Wenn seine Forderungen nicht erfüllt werden, wird er Gerald und Ducky töten. Bei dem Versuch, den Entführer zu täuschen, fällt auch Kate Ari in die Hände. Gibbs und ein Spezialkommando wollen die Geiseln befreien …

Ein junger Navy-Angehöriger wird in der Decke eines alten Lagerhauses tot aufgefunden. Untersuchungen ergeben, dass er bei einem Autounfall ums Leben gekommen ist. Als das NCIS-Team herausfindet, dass der Mann 40.000 Dollar in seinem Zimmer liegen hatte, wird der vermeintliche Unfall zu einem mörderischen Verbrechen. Am Abend vor seiner Ermordung hatte das Opfer noch mit seinen Freunden in dem Lagerhaus eine Party gefeiert, die mit einem tödlichen Streich endete …

Chris Pacci, einer von Gibbs’ Special Agents, ist bestialisch ermordet worden. Den Tag zuvor hatte er Gibbs um seine Hilfe bei einem drei Jahre alten Fall gebeten. Damals hatte Lieutenant Commander Voss die Navy per Kreditkartenbetrug um Millionenbeträge erleichtert. Kurz vor Prozessbeginn starb Voss allerdings bei einem Autounfall. In diesem Zusammenhang beschattet das NCIS-Team die junge Amanda Reed. Schnell findet Gibbs heraus, dass sie etwas mit Paccis Tod zu tun haben muss.

Sergeant Bill Atlas ist verschwunden – Gibbs nimmt die Suche auf. Das NCIS-Team findet heraus, dass Atlas vor seinem Verschwinden um sein Leben fürchtete, da bereits mehrere seiner Kameraden entführt und verhungert sind. Die Opfer haben etwas gemeinsam: Sie dienten, wie Bill Atlas, 1992 unter Major Joe Sacco in Okinawa. Gibbs vermutet Sacco hinter den Serienmorden, doch als Tony plötzlich verschwindet, steht fest, dass Sacco nicht allein dahinter steckt …

Im Wald wird die Leiche eines Marines gefunden. Gibbs und sein Team finden heraus, dass Sergeant Thomas Grimm scheinbar in illegale Waffengeschäfte verwickelt war. Er muss jedoch Komplizen aus den eigenen Reihen gehabt haben, dennoch hat jeder der Kameraden ein wasserdichtes Alibi. Bei einem Undercover-Einsatz im Waffenhändlermilieu begibt sich Gibbs in große Gefahr …

Beim Training für eine streng geheime Mission stürzt Lieutenant Rick Johnson, Mitglied der Navy Spezial-Einheit Seals, beim Klettern in die Tiefe und verunglückt tödlich. Obwohl zuerst alles nach einem Unfall aussieht, wird Gibbs hellhörig, als herauskommt, dass die Kletterausrüstung manipuliert wurde. Das NCIS-Team hat weniger als 48 Stunden Zeit, um den Mord an Johnson aufzuklären, da sonst der Sondereinsatz der Seals gefährdet sein könnte …

Seit dem Geiseldrama, bei dem Kate und Ducky von einem Hamas-Terroristen gefangen gehalten wurden, plagen Gibbs schreckliche Albträume. Er ist sich sicher, dass der Verbrecher zurückkehren wird, um Kate zu töten. Als der Geiselnehmer tatsächlich auftaucht, scheint sich Gibbs’ Vorahnung zu erfüllen, denn Kate wird entführt. Doch Gibbs ist ihm bereits auf den Fersen, denn es steht nicht nur Kates Leben auf dem Spiel. Die Terroristen planen einen Anschlag auf den Präsidenten …