Na palubě Air Force 1 dojde k záhadnému úmrtí důstojníka, který měl na starosti atomový kufřík. Mezi různými složkami státních ozbrojených institucí (CIA, FBI, NCIS) začne růst řevnivost, kdo bude případ vyšetřovat. Agentovi NCIS Gibbsovi se podaří díky chytrosti získat pro svůj úřad tělo, aby společně s agentkou tajné služby Caitlin Toddovou zjistili, že na prezidenta se chystá teroristický útok. A právě tomuto útoku se jim podaří na poslední chvíli zabránit. Odhalí totiž falešného novináře. Agentka Toddová poté, co nesouhlasí s chováním svých nadřízených, odchází do NCIS.

NCIS vyšetřuje smrt muže, důstojníka námořní pěchoty, při seskoku padákem. Brzy zjistí, že se nejednalo o nehodu, nýbrž o úkladnou vraždu. Někdo důstojníkovi naleptal šňůry hlavního padáku. Zjistí také, že se muži nepodařilo při seskoku otevřít ani záložní padák, protože i on byl poškozený. Při testech v laboratoři jsou objeveny stopy drog v pouzdře jednoho z padáků. Agenti díky tomuto zjištění odhalí překupníka drog a vraha v jedné osobě. Jeho nadřízený začal mít podezření, a proto musel zemřít.

Parta mladých lidí, kteří mají na pláži večírek, zaslechne střelbu. Následně z moře vyjede na pláž rozstřílený člun. Ráno na to pak moře vyplaví mrtvolu zastřeleného námořního důstojníka. Důstojníci NCIS jsou zprvu přesvědčeni, že by se mohlo jednat o spojení tohoto případu s nálezem dvou mrtvých drogových dealerů o pár kilometrů dál. Další vyšetřování však ukáže, že od jednoho z lídrů místní drogové scény si někdo vypůjčil rychlý člun. Skupina, která si půjčila člun, jak se ukáže, připravuje teroristický útok na elektrickou síť na celém pobřeží. Muž je při jedné přípravné akci překvapil, a proto musel zemřít. NCIS na poslední chvíli plánovanému útoku zabrání.

Vyšetřovací tým pracuje na záhadném utonutí poddůstojníka na křižníku. Muž byl nalezen v moři se závažími kolem nohou a šavlí u boku. Překvapením pro vyšetřovatelé je zjištění, že mladíka natolik pohltila počítačová online hra, že začal věřit ve svou nesmrtelnost. Na důkaz toho, že je skutečně nesmrtelný, skočil se závažími a šavlí do moře. Dojít na pobřeží se mu však skutečně nepodařilo.

Poručík vojenského námořnictva je pohřešován již takřka deset let. Nikdo už nedoufal, že by se mohl vynořit, nebo že by se alespoň podařilo najít jeho ostatky, když přijde zpráva o jistém "lovci jelenů", u něhož se voják našel. Tým NCIS se okamžité vydává na místo za záhadným lovcem. K jejich úděsu najdou už jen mumifikovanou mrtvolu hledaného poručíka. Před vyšetřovateli stojí těžký úkol. Musí zrekonstruovat celý příběh, který se možná udál už před desíti lety a především musí zjistit, co se stalo s jedním milionem dolarů, které měl pohřešovaný na své lodi.

Stan Berly, bývalý vyšetřovatel NCIS požádá o pomoc svého bývalého nadřízeného Gibbse. Námořníci z obsluhy záchytného zařízení letadel na letadlové lodi byli na vycházce. Jednomu z nich, desátníku Wilksovi, přeskočilo a našli ho nahého v ledničce - pravděpodobně byl pod vlivem drog, protože podobnými záchvaty trpí i narkomani. Gibbs přijíždí se svým týmem na letadlovou loď. Zjišťuje, že poslední rozbor Wilksovy moči před třemi týdny byl negativní a nelze ho obejít, protože systém kontrol je podrobný. Gibbs navštíví na ošetřovně Wilkse a vyslýchá ho. Wilks tvrdí Gibbsovi, že nikdy žádné drogy nebral, ten je však přesvědčený o opaku. Na přistávací ploše mezitím dostane záchvat další námořník z té samé jednotky. Stejně jako Wilks vypovídá, že s drogami neměl nikdy nic společné. Wilks je v zápětí zavražděn. Gibbs zjistí, že v jednotce záchytného zařízení panovaly velmi napjaté vztahy. Velitel Reyes se snažil plnit úkoly na více než 100% a to samé požadoval od svých podřízených, kteří často nebyli schopni jeho nároky splnit. Nakonec se prokáže, že Reyes dodával svým podřízeným drogy, aby splnili všechny jeho náročné pracovní požadavky. Jak však obešel vyšetření moči? Musel mít komplice a Gibbs už ví, kdo jím je...

Specialisté na nebezpečný odpad objeví v jednom ze sudů rozleptané lidské tělo. Po příchodu Dr. Mallarda z NCIS se ukáže, že někdo tělo rozleptal kyselinou fluorovodíkovou, která se používá na různé účely. V námořnictvu je nejčastěji využívají na čistění kovových povrchů. Má silné leptavé účinky, rychle proniká lidskou kůží, rozkládá měkké tkáně a dekalcifikuje kosti. Mallard odhaduje, že oběť byla v sudu méně než 24 hodin. Podle zbytků oděvů patřil znetvořený muž k námořnictvu. Podrobnou expertízou těla dospěje Dr. Mallard k závěru, že smrt způsobil tupý úder. Podle zbytku tetování na těle mrtvoly se ukáže, že neznámy mladík musel působit na některé z nedaleko kotvících ponorek. Gibbs dá rozkaz svým lidem, aby důkladně prohlédli ponorky a on sám se vybere s Kate na ponorku Philadelphia, která vyplula na cvičnou plavbu.

Jeden námořník je sice mrtvý, ale na žádné ponorce nikomu nechybí. Gibbs má podezření, že ho nahradil někdo jiný, nepovolaný s nekalým plánem.

Poddůstojník druhé třídy Chalil Said působil jako tlumočník na Kubě. Zemřel v autě cestou do Fredersburgu, když skoro zajel dva cyklisty. Dr. Mallard v jeho těle najde smaragdy, které spolykal, aby je mohl propašovat do USA. Uvízly mu v trávicím traktu, dostal vnitřní krvácení a zemřel. Gibbs se svým týmem vycestuje na Kubu. Said působil v táboře Delta v Guantanámu a v jeho autě bylo nalezeno pět neodeslaných listů zvláštní agentce Paule Cassidiové. Gibbs se snaží Paule pravý důvod návštěvy zatajit, protože je podezřelá. Všechny důkazy nasvědčují tomu, že byla Saidovou milenkou. NCIS vyslechne i vězně Nassera, o kterém si myslí, že dal Saidovi smaragdy a je do celé záležitosti též zapletený.

Mladá vdova, Sára Kidwellová, je při pohřbu manžela vyrušena telefonátem, který ji vyděsí. V telefonu se jí ozve hlas Jima, který jí tvrdí, aby nevěřila nikomu, protože on stále žije. Po tomto neobvyklém incidentu, na první pohled působícím jako žert, začne pátrat Námořní vyšetřovací úřad.

Major Jim Kidwell a jeho přítel major Peary byli vycvičení pro speciální a tajné mise. Při poslední akci oba zemřeli za záhadných okolností a jejich manželky chtějí zjistit skutečnou příčinu jejich smrti. Tým exhumuje nalezené Kidwellovo tělo a přijdou na to, že major zemřel hroznou smrtí za velmi podezřelých okolností, ale určitě později než byl oficiální pohřeb. Gibbs nechá odposlouchávat Sářin telefon. Jeho lidé se nemohou dostat k potřebným informacím o mrtvých vojácích. Navštíví velícího důstojníka "mariňáků", protože zablokoval celý systém. Ten jim prozradí, že jejich smrt drží v tajnosti záměrně, ne kvůli zahraniční cestě, které se zúčastnili, ale kvůli tomu, že svou úlohu splynout s davem vzali velmi vážně. Nyní se musí Gibbs snažit zjistit, zda druhý major žije a jestli je způsob jak ho zachránit.

Vystrašené ženě se podaří vyhrabat z hrobu a zastaví na lesní cestě okolo jedoucí auto. Jeho řidiče požádá o pomoc. Nepamatuje si nic ze své minulosti, jen to, že se jí někdo pokusil zavraždit a nedaleko v lese pohřbít. Je přesvědčená o tom, že do jedné z vojenských lodí někdo nastražil bombu.

Případem je pověřen Gibbs a jeho tým. Agentka Kate Toddová navštíví oběť v nemocnici - vezme její otisky prstů a šatstvo, které pošle na důkladnou expertízu. Na oblečení se najdou chemikálie, které se používají k výrobě nebezpečných trhavin. Agenti nenajdou u hrobu oběti žádné podezřelé stopy - jen klíč. Ten je od hotelového apartmánu, který si na delší dobu pronajal jistý Richter, majitel německé společnosti. Vyšetřovatelé však zjistí, že Richtera někdo zavraždil. V apartmánu se najdou otisky prstů ženy se ztrátou paměti. Kate ji přivede do márnice a doufá, že když uvidí Richterovu tvář, tak si vybaví nějaké souvislosti. Tvrdí, že ho určitě nezná, ale Kate má pocit, že nemluví pravdu...

Na vojenskou základnu ve Virginii zavolá anonym a oznámí vraždu muže. Jde o důstojníka Thomase Egana, případu se ujímá Námořní vyšetřovací úřad. Oběť působila jako technický poradce a civilní dodavatel pro základnu. Podle výpovědí kolegů odešel Egan brzy ráno provést testy jednoho jejich podvodního zařízení. Měl u sebe speciální ruční zbraň, která využívá ozvěny zvuků na vytvoření vizuálních obrazů - jako sonogram. Jejich novou verzi však unese i potápěč. Vynalezli tento koncept a předali jeho jediný prototyp armádě. Egan byl odborník na radarové ozvěny a přístroj testoval.

NCIS zjistí, že anonymní hovor byl z budovy CIA. Gibbs navštíví šéfa CIA a žádá ho o spolupráci, protože někdo z jeho lidí je podezřelý ze satelitní špionáže americké základny. Žádá o nahrávky satelitních přenosů, ovšem neúspěšně. Gibbs však ví jak obejít "úředního šimla" a požádá Abby, aby zatelefonovala svému dávnému příteli z NASA, který má na starosti kontrolu vojenských satelitů a neoficiální cestou ho požádala o zjištění, který satelit se v inkriminované době nacházel nad místem zločinu a kdo ze CIA jej obsluhoval. Poté co Gibbs, takto nestandardně, zjistí dotyčnou osobu - mladého technika Wortha, tak ho spolu s Kate vyslechne a přinutí mluvit. Zjistí, že nešlo o špionáž americké základny, ale Worth pouze obešel interní předpisy CIA a sledoval z vojenského satelitu nahou ženu opalující se na pláži. Při té příležitosti se mimo jiné stal svědkem vraždy a byl to právě on, kdo telefonoval na vojenskou základnu. Gibbs zatelefonuje řediteli CIA a opět žádá o spolupráci, jinak vše zveřejní. Dotyčné záběry získává, ale vraha se mu přesto nepodaří identifikovat.

Jeho tým se tedy zaměří na hledání oné tajemné a neznámé nahé ženy ze záběrů. Jedná se o zaměstnankyni vojenské základny Ginu. Ta sice z dálky viděla nějakou hádku, ale odešla z pláže dříve, než k vraždě došlo. Jediným vodítkem pro Gibbse je to, že Gina si je jistá tím, že s Eganem na místě činu byla žena a hodně nahlas se spolu hádali.

Podezřelými se stávají Eganova nadřízená Lauren Tylerová a trochu překvapivě jeho manželka. První je podezřelá, protože měla s mrtvým intimní poměr a druhá z toho, že na to pravděpodobně přišla a manžela zabila. Gibbs nastraží na Eganovu manželku past tím, že jí sdělí, že Eganova nadřízená je podezřelá z vraždy a prvořadým úkolem vyšetřovatelů je nalézt ztracenou ruční zbraň, která by Lauren usvědčila. Past zabere a Eganovu manželku usvědčí. Gibbs jí se svým týmem přichytí přímo při tom, když si dojede na tajné místo pro dotyčnou ruční zbraň.

Bezdomovec najde v kontejneru lidskou nohu. Svůj šokující objev nahlásí na policii. Případem je pověren Námořní vyšetřovací úřad a agent Gibbs vycestuje se svým týmem na místo činu do Západní Virginie. Noha patří vojákovi. Podle odhadu lékaře Mallarda byla končetina oddělená od těla až po smrti. Mallard rentgenem zjistí, že muž musel podstoupit náročnou operaci členkového kloubu. Na základě výrobního čísla umělého kloubu se jim podaří zkontaktovat s ošetřujícím lékařem. 22-ti letý voják Námořní pěchoty Thomas Dorn sice podstoupil náročný zákrok ve vojenské nemocnici, ale před dvěma lety zemřel na nečekaný infarkt. Pitva nebyla provedena a jeho tělo bylo po podepsání úmrtního listu okamžitě zpopelněné. Gibbs zjistí, že Dorn podepsal těsně před smrtí vysokou životní pojistku.

NCIS je povolána vyšetřit vraždu náboráře námořní pěchoty přímo v jeho kanceláři. Agenti zjistí, že střelec postupuje jako velmi zkušený a inteligentní odstřelovač. Ve chvíli, kdy agenti zjistí, že to musí být někdo, koho Námořní pěchota odmítla, dojde k další vraždě. Gibbs s Kate se rozhodnou vlákat střelce do pasti. Návnadou je sám Gibbs a Kate.

NCIS vyšetřuje vraždy mužů ze základny letectva. Všechny oběti vykazují znaky vražd sériového vraha. Oběť zastaví u silnice, aby někomu pomohla, následně je zastřelena, svlečena a spoutána. Na stopě těchto vražd NCIS spolupracuje s místní šerifkou, ta však věnuje mnohem větší pozornost Gibbsovi než případu. Postupně se zjistí, že vraždit by mohla manželka jedné z obětí. Ostatní vraždy mohla spáchat proto, aby od sebe odpoutala pozornost. NCIS však naráží na problém. Žena má skálopevné alibi, které vyvracejí nález DNA na místě jednoho z činů. Její alibi však padnou ve chvíli, kdy agenti zjistí, že žena má sestru dvojče.

Na NCIS se obrátí FBI s prosbou o vyhledání zběhlého plukovníka z Iráku. Gibbs ho ze svého předchozího působení důvěrně zná, a proto nevěří, že muž zběhl a ukradl při tom dva miliony dolarů. Plukovník ovšem sám Gibbse vyhledá a začne mu vykládat o podivném spiknutí a vykrádání armádních peněz. Gibbs, který riskuje svou kariéru, aby starému příteli pomohl, sice spiknutí a vykrádání peněz odhalí, ale také pochopí, že jeho přítel trpí schizofrenií.

Do pitevny NCIS vnikne neznámý vetřelec a vezme si za rukojmí patologa i s jeho asistentem. Později se mu díky Katyině neopatrnosti podaří získat jako rukojmí i jí. Gibbs sice zjistí, co se v pitevně děje i jaký je důvod nezvané návštěvy, není však schopen útočníka zneškodnit. Díky malé lsti útočník unikne.

Na panských záchodech nočního klubu bylo nalezeno tělo mrtvého vojenského skladníka. NCIS má zprvu podezření, že mladíka někdo srazil autem a schoval na záchodky a že důvodem této vraždy byly úplatky. Všechny stopy však selžou a tým musí své pátrání začít znovu od začátku. Správná stopa se nakonec konečně najde. Tým zjistí, že jeden z údajných kamarádů zavražděného připravil jeho vraždu poté, co ho oběť vydírala, když přišla na jeho peněžní podvod. Vraždu vrah ovšem nastražil tak, aby vypadala jako smrt v důsledku nehody.

Lidé s NCIS tentokrát musí vyšetřit vraždu svého kolegy. Někdo ho zastřelil a poté doslova vykuchal. Gibbs a jeho tým zjistí, že jejich kolega rozkryl podivné okolnosti tři roky starého případu zpronevěry dvaceti milionů dolarů. Díky paměťové kartě, kterou oběť spolkla, zjistí, že se jejich kolega zajímal o jakousi ženu. Když podezřelou začnou sledovat, objeví, že žena je předělaný muž, pachatel oné zpronevěry a ke všemu teď už i vrah.

Největší ostudu si vysloužil nenapravitelný DiNozzo, který v rámci sledování podezřelé(ho) s ní(m) navázal intimnější vztah (vášnivě se líbali v restauraci) aniž by tušil, že ona je on.

NCIS je přivolána k pátrání po zmizelém specialistovi na výbušniny. Po tomto absolutně ztraceném vojákovi pátrá celý tým včetně agenta DiNozza. A právě ten se dostane do ohrožení svého vlastního život, když ho kdosi také unese. DiNozzo se probudí přivázán v kanalizaci za nohu k jakýmsi řetězům. K jeho překvapení se vedle něj nachází přivázaný ztracený voják. DiNozzo se však nevzdává a oba dokáže osvobodit.

Tím také zjistí, že za vším je tři roky starý případ smrti tří mladých žen v nákladním prostoru vojenské lodi. Vojáci dívky chtěli propašovat z jejich vlasti do Států, ony však nešťastnou náhodou v podpalubí zemřely až na jednu. A ta se teď mstí.

NCIS vyšetřuje vraždu podivného zbrojíře, seržanta Thomase Grimma. Muž byl nalezený s prostřelenou hrudí protitankovou střelou. Zprvu vše vypadá na to, že se tento muž stal obětí nějaké militantní skupiny, se kterou se nepohodl, když se jim pokoušel načerno prodávat zbraně z vojenských zásob. Byl skvělým boxerem, v námořnictvu byl od svých 17 let a vypracoval se na špičku.

Agenti NCIS však narazí na agentku jiné tajné služby, která byla do kšeftů se zbraněmi přímo zapletena a za smrt muže je přímo odpovědná. Grimm jí chtěl před smrtí předat zbraně, domluvil si s ní schůzku, na kterou však nepřišel.

Při nočním cvičení speciální jednotky SEALS dojde k úmrtí. Slaňujícímu poručíkovi se přetrhne skoba. Muž se na místě zabije. NCIS jsou v časovém presu, protože jednotka má odjet na utajenou misi. Vojáci jsou smrtí svého velitele otřeseni a jejich mise je ohrožena v situaci, kdy se zjistí, že skoba byla vyměněna za jinou, nekvalitní...

Kate ve městě zahlédne Gibbsem hledaného teroristu, který v minulosti vnikl na pitevnu NCIS, bohužel ve snaze tohoto muže dopadnout naskočí do auta, kde jedou jeho komplicové. Ti ji zajmou a Kate musí přihlížet, jak se teroristi připravují zaútočit na presidentský vrtulník. Mezi tím se podaří MacGeemu konečně pro Gibbse zjistit teroristovu totožnost. Ke svému zděšení zjistí, že muž je agent Mosadu vyslaný infiltrovat buňku palestinské skupiny Hammas. V té chvíli i Kate zjistí, že muž není teroristou a že jen rafinovaně likviduje arabské teroristy. Gibbs si však vymíní na svých nadřízených setkání s tímto mužem. Mezi čtyřma očima si vyjasní své postoje. Gibbs se s ním však rozloučí sobě vlastním způsobem. Oplatí mu zranění, které tento muž způsobil pomocníkovi patologa. Střelí ho do ramene.