Az Egyesült Államok elnöke a különgépére hívja meg ebédre az egyik új parancsnokot. A parancsnok azonban az ebéd után rosszul lesz és furcsa körülmények között meghal. Néhányan az elnök elleni merényletre gyanakodnak és az NCIS-t is beavatják a nyomozásba. Leroy Jethro Gibbs, az NCIS vezetője kénytelen bevonni egy titkos-ügynököt, Caitlin Todd-ot is. A lánynak pedig kissé furcsának tűnnek az NCIS eszközei.

Egy tengerésztiszt gyakorlat közben életét veszti - nem nyílik ki az ejtőernyője. Gibbs és társai nyomoznak az ügyben, és az újonnan az NCIS-hez csatlakozott Caitlin Todd is. Kiderül, hogy a tengerésznek volt ugyan tartalék-ernyője, ám ópiumidokat találtak a szervezetében, ráadásul az ejtőernyő köteleivel sem volt minden rendben.

Egy fiatalokból álló csapat az éjszaka közepén lövésekre lesz figyelmes a tengerparton, Virginia-ban, majd megjelenik egy üres motorcsónak is. Nem sokkal később egy halott tengerészt vet partra a víz. A jelek pedig arra utalnak, hogy a férfi minden bizonnyal illegális drogcsempészetbe keveredett.

Néhány fiatal búvárkodás közben a korallokat tanulmányozza, amikor találnak egy halott matrózt súlyokkal a lábán. Az a különös a dologban, hogy a matróz díszegyenruhát és díszkardot visel. Gibbs és csapata azon a hajón néznek körül először, ahol a fiatalember szolgált. Kiderül, hogy a matróz egy valóságos számítógépes zseni volt és szerepjátékkal is játszott.

Egy nemzeti park vadásza talál egy tartályt, amin a Tengerészet jele látható. A tartályban egy férfi elsorvadt holttestére bukkannak, s az NCIS feladata, hogy kiderítse a részleteket. Úgy tűnik, hogy a tartály - amit átalakították teherszállításra - egy vadászrepülőről származik. A férfi pedig egy hadnagy volt és ahogy egyre több részlet derül ki, egyre bonyolultabbá válik a helyzet.

Egy NCIS ügynök, aki korábban Gibbs alatt szolgált, a csapat segítségét kéri, miután egy repülőgép-anyahajó tengerészei kábítószer túladagolásban haldokolnak, holott semmi nyoma sincs bármiféle drogfogyasztásnak.

Egy raktár előtt egy véletlen folytán kiömlik egy tartály sav. A hordóból hirtelen egy holttest is kifordul, amelyet szinte lehetetlen azonosítani. Az NCIS számára nagyon kevés nyom áll a rendelkezésre, amin elindulhatnak. Kiderítik azonban, hogy nagy valószínűséggel azért tették felismerhetetlenné az áldozatot, mert valaki beférkőzött az egyik tengeralattjáró fedélzetén szolgáló tiszt helyére.

A tengerészet egyik tolmácsát holtan találják, miután hazatért Guantánamo-öbölbeli küldetéséről. A helyszínelők csapata Kubába tart, hogy kiderítsék, mi történt.

Miután egy tengerész özvegye hívást kap halottnak hitt férjétől, a helyszínelők nyomozni kezdenek, és exhumálást rendelnek el, hogy kiderítsék vajon a telefonhívás valóban a nő férjétől érkezett-e vagy morbid ugratás áldozata lett.

Egy élve eltemetett nő súlyos amnéziával tér magához a sírból kikelve. Egyedül egy bomba képére emlékszik az egyik hadihajó fedélzetén. Miközben segíteni próbálnak, hogy az ismeretlen nő visszanyerje emlékezetét, a csapatnak arra is rájön, nem minden az, aminek látszik.

Egy tengerészparancsnokot holtan találnak a parton, aki informatikai tanácsadóként dolgozott egy kézi hang lokátort előállító, civil projektben.

A tengerészeti helyszínelőket egy kukában talált, levágott láb ürügyén hívják ki, mivel egy tengerésztetoválást találnak a végtagon. A nyomozás szálai egy kisvárosba vezetnek.

Alvarez őrmestert lelövik, miközben éppen tengerészeket toboroz az erre fenntartott irodájában. Az NCIS-nek nehéz a feladata, hiszen a jelek arra utalnak, hogy csakis egy profi mesterlövész lehet az elkövető, aki nagyon messziről célzott. Majd Gibbs-ék találnak is egy fenyegető levelet az őrmester holmijai között, ráadásul a gyanúsított alibije is hamisnak bizonyul. Közben azonban újabb gyilkosság történik.

Néhány hete Irakban a Szaddam Husszein kétmillió dollárját szállító autó csapdába esett. A sofőrt holtan találták, a felelős beosztású tiszt pedig a pénzzel együtt eltűnt. Ryan ezredes azonban két napja álnéven tért vissza az Államokba, a washingtoni repülőtéren rögzítette őt az FBI kamerája. A Pentagon nem tud róla semmit, ezért kizárt, hogy titkos küldetésről lenne szó, s az FBI szerint maga az ezredes rendezte meg a támadást. Azonban felmerül a kérdés, hogy az igaz hazafiként ismert Ryan ezredes vajon miért tett ilyet? Gibbs-ék erre keresik a választ.

Gibbs ügynök és társai éppen azt vizsgálják, hogy hogyan kaphatott munkát az NCIS-nél - még ha "csak" a büfében is - egy Hámász terrorista, miközben Dr. Mallard-ot az éjszaka közepén hívják be egy fontos boncoláshoz. A holttest azonban nagyon is él, olyannyira, hogy a dokit és Gerald-dot túszul ejti a boncteremben. Nem sokkal később pedig - Abby fóbiája miatt - Kate is a kezei közé kerül. Morrow igazgató és Gibbs az FBI bevonásával próbálják megoldani az ügyet. Ám gyorsan kell cselekedniük, mielőtt bárkinek is komoly baja esne.

Chris Gordon altiszt holttestére furcsa körülmények között találnak rá: egy illegális buli alagsori mennyezetére felkötözve. Doki a helyszínre érkezve megállapítja, hogy a tisztet már a halála után öltöztették fel, Gibbs pedig arra gyanakszik, hogy a férfit elütötték, hiszen a nyomok a parkolóba vezetnek. A boncolás később mindezt alátámasztja, tehát már csak a gyilkosság lehetséges okait kell számba venni. Az NCIS aztán a nyomozás közben Gordon altiszt szobájában 40 ezer dollár készpénzre bukkan.

Egy gyilkosság miatt elítélt altiszt, Jack D. Curtin kijátszva a profi biztonsági rendszert megszökik a börtönből és két civilre ráijeszt a saját házukban. Az NCIS rájön, hogy Jack, aki a felesége megölése miatt került rács mögé, a börtönben tovább folytatta a nyomozást és perdöntő bizonyítékokra bukkant. S minden jel arra utal, hogy szökésének oka: a valódi tettesen bosszút állni.

Egy irodaházban röviddel azután, hogy új riasztót szerelnek fel, több téves riasztás is történik. Az egyik ilyen alkalommal azonban egy brutális kegyetlenséggel meggyilkolt NCIS ügynökre találnak a liftben, akit Gibbs és társai is ismertek. Gibbs felelősnek érzi magát Christopher Pacci haláláért, mert néhány nappal korábban nem hallgatta meg a kollégáját, aki tanácsért fordult hozzá.

Az NCIS egy eltűnt tengerész-őrmester után nyomoz. Gibbs-ék általában nem szoktak ilyen ügyekbe beavatkozni, de a férfi képes arra, hogy élesítsen egy atomfegyvert. Arra gyorsan rájönnek, hogy a férfit egy bárból erőszakkal vitték el, majd az is kiderül, hogy az utóbbi években több bombaszakértő is eltűnt.

Brutális kegyetlenséggel meggyilkolt tengerésztisztre bukkannak egy erdőben. Kiderül, hogy az áldozat egy fegyverszakértő volt, akinek a halálát egy rakéta okozta. Gibbs-ék a helyi bázison kezdik a nyomozást, ahol minden jel arra utal, hogy a férfi illegális fegyverkereskedelemmel foglalkozott.

Gyakorlatozás közben egy hadnagy az életét veszti, amikor egy magas sziklafalról ereszkedik alá és a karabinere eltörik. Minden jel arra utal, hogy baleset történt, azonban Abby kideríti, hogy a törött karabiner darabjai nem azonos anyagból készültek. Valaki tehát direkt kicserélte az egyik alkatrészt.

Gibbs-t hosszú idő elteltével sem hagyja nyugodni egy régi, befejezetlen ügy. Még Todd ügynököt is újból kihallgatja és jellemrajzot kér tőle arról a bizonyos terroristáról, aki egykor betört az NCIS központba, túszul ejtette Kate-et, Dokit és Gerald-ot, majd meglőtte Gibbs-t. Abby és McGee is felajánlják a segítségüket, ugyanis McGee az FBI arcfelismerő szoftverét fejlesztette tovább, egy sokkal komolyabb programot megalkotva. Nem is sejtik, hogy eközben a férfi éppen arra készül, hogy Bush-t és Sharon-t foglyul ejtse.