Bij een explosie op de militaire golfbaan vindt een mariniers-kolonel de dood en moet het team samenwerken met de Criminal Investigative Unit van het leger om de moordenaar te vinden.

Een onderscheiden ex-marinier vindt onder verdachte omstandigheden de dood in een hotel in Washington D.C. Het team moet de naam van de veteraan zuiveren.

McGee neemt het heft in handen als zijn zus Sarah bebloed en verward op zijn stoep staat. Intussen onderzoekt het team een moord, die misschien te maken heeft met Sarah.

De resten van een seriemoordenaar worden gevonden en het team onderzoekt de zaak. Wanneer ze de seriemoordenaar identificeren, wil de FBI de zaak van hen overnemen.

Een strikt geheim robotapparaat wordt gesaboteerd en vermoordt een marine-luitenant die aan een belangrijk project meewerkte van het Ministerie van Defensie.

Een hooggeplaatst agent bij de marine wordt vermoord in de motelkamer van een kleine stad. Het team haast zich ter plekke, maar de plaats van het misdrijf is al betreden en de autopsie is al dagen eerder uitgevoerd door de lokale overheidsdienaars.

Gibbs en het team steken de koppen bij elkaar om 10 kilo zeer giftige chemische wapens te vinden, maar ontdekken dat de wapens in het bezit zijn van de gezochte terrorist Mamoun Sharif.

Het team denkt dat de schipper die in een verlaten gebouw is aangetroffen het slachtoffer is van een overdosis drugs totdat een veelzeggende in bloed geschreven boodschap wordt ontdekt.

Een man die dood was ingevroren komt vlak voor de autopsie door Ducky ineens tot leven! Als het team probeert uit te vinden wie de man voor dood heeft achtergelaten, ontdekken ze een link met Gibb's verleden.

Twee agenten van Paula Cassidy's team komen om als ze in de val worden gelokt. Gibb's team is geschokt, want eigenlijk zouden zij de weekenddienst draaien.

Wanneer Jenny een ontmoeting onder vier ogen met een informant heeft, wordt de informant vermoord. Jenny denkt dat La Grenouille erachter zit en wil deze tweede kans pakken om La Grenouille te arresteren.

Het team gebruikt een foto die door een blinde fotograaf is genomen om een misdaad te onderzoeken. Ondertussen hebben zowel Tony als Gibbs relatieproblemen en probeert Abby te stoppen met cafeïne.

Directeur Shepard is in Parijs en Gibbs neemt haar rol over. Als een man wordt vermoord in een taxi die op weg was naar het hoofdkwartier van NCIS, heeft Gibbs geen tijd meer voor zijn nieuwe functie. Intussen heeft Jenny een gesprek met Trent Kort.

De leden van het team moeten een leugendetectortest doen. Gibbs ontdekt dat ze achter Jenny aanzitten, en ontdekt dat La Grenouille misschien de orders voor de test heeft gegeven. Intussen houdt een drugsdealer Tony en zijn vriendin Jeanne gegijzeld.

Het team komt achter een groot geheim wanneer de missie om La Grenouille gevangen te nemen tot een dodelijk einde leidt.

Het levenloze lichaam van La Grenouille komt eindelijk boven water en heel het NCIS-bureau wordt onderzocht door de FBI, waarbij Jenny de hoofdverdachte is voor de moord.

DiNozzo wordt herenigd met zijn ex-vriendin Jeanne Benoit, die inmiddels getrouwd is, wanneer opstandelingen in Soedan een groep vrijwillige hulpverleners aanvallen.