In der nahen Zukunft befindet sich die Erde im Krieg mit Außerirdischen, die Worms genannt werden. Ein Großteil der männlichen Bevölkerung auf der Erde ist vernichtet worden. Die Worms wurden zwar bereits einmal besiegt, doch nun kehren sie zurück und drei junge Mädchen stellen sich ihnen mit ihren Mechas entgegen, um die Erde zu verteidigen. Können diese Mädchen das Überleben der Menschheit sichern?

In the future, Earth is at war with aliens. This heralds the creation of a mecha unit called the Sonic Divers, piloted by three girls to counter the threat.

En el año 2071 unas extrañas criaturas que llamaron WORMS (Weapon Of Raid Machines) comienza a atacar las ciudades de todo el mundo. Durante 3 años trataron de eliminarlos en vano llegando a perder un tercio de la población; como una movida desesperada deciden usar armamentos de destrucción masiva, si bien logran destruir a los WORMS, la humanidad sufre la perdida del 90% de los jovenes muchachos. Asi pasa 10 años y de a poco la población se asentan como puede y con el mínimo recurso. Una parte de la milicia comienza a reclutar a unas civiles (Otoha y Karen) más la transferencia de una joven piloto elite, Eika; comienza a realizar una prueba de unos artefactos prototipos llamados Sonic Diver (SD). Estos SD solo pueden ser manejados por chicas con ciertas características en su ADN. A medida que hacen las pruebas comienzan a hacer pruebas militares con armas y las dudas se confirman cuando les cuentan que recientemente descubrieron que los WORMS no habría desaparecido.

2071年，全世界出现一群以纳米机械为基础，聚集而成的集合体，世界将其统称为"Weapons Of Raid Machine"〈W.O.R.M./虫子〉。 而W.O.R.M.的出现，开始对人类进行一连串的毁灭性攻击，将人类世界的炼油厂、发电厂、军事基地一一进行消灭。

2073年，全世界损失了大约1/3的人口，迫使全球政府组成人类统合军，对W.O.R.M.进行反击。

2074年，失去冷静的人类，使用大规模破坏性武器对W.O.R.M.进行攻击，终于歼灭了W.O.R.M.，但也付出了极大的代价。主要大陆分裂、南极大陆消失、50%的地表被水覆盖，以及超过9成的20~30岁的男性消失。

2084年，两位被军队所征召的少女以及一位为了自己目的的少女，聚集在追滨基地，展开一场翱翔天空的梦想之旅。

西暦2071年。突如出現した機械細胞群ワームにより、人類は総人口の三分の一を失った。同2074年、統合人類軍は地球規模での大量破壊兵器を使用、さらに大きな代償を払いながらワームを殲滅する。そして10年の時が過ぎた・・・。空を飛ぶことを夢見る元気娘、桜野音羽。IQ200の天才、園宮可憐。空軍の若きエース、一条瑛花。三人の少女が横須賀の地へと集められる。そこで三人が目にしたのは、いままでの戦闘概念を根底からくつがえす、まったく新しい設計思想で開発された新兵器、ソニックダイバーであった。今はパイロットを引退した冬后蒼哉の元、ソニックダイバーのパイロット候補としての訓練の日々が始まる。訓練の最中、ソニックダイバーが造られた目的が明らかになり、反発をする冬后、そして音羽たち。しかし、危機はそこまで迫っていた。復興しつつある人類をあざ笑うかのように、10年の時を経てワームが復活したのだ。桜野音羽、園宮可憐、一条瑛花。天翔ける乙女たち。・・・・・・その名もスカイガールズ! 人類の希望と未来を背負い、今、大空へと羽ばたく時が来た!

É ano de 2071 da era Cristã, maquinas de destruição em massa surgiram e começaram a dizimar a humanidade, depois de 2 anos, após a humanidade ter perdido 1/3 de sua população na guerra contra as mortais maquinas chamadas Worms, o governo resolve liberar o uso de armas nucleares e obtiveram sucesso na destruição dos Worms, então começaram a reestruturar sua nova nação unida, após 10 anos eles começam a criar novas armas para destruir um inimigo que se pensava estar instinto.

История происходит во время, когда треть человечества была уничтожена врагами, известными, как Черви. Человечество было вынуждено прибегнуть к использованию оружия массового уничтожения, чтобы выиграть. Но 10 лет спустя, Черви вернулись. Небесные девушки – несколько особых девушек, которые на войне управляют большими механическими сооружениями, названными Звуковыми дайверами.